SAXSdb — 7fj2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Forkhead box protein M1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 222–337 链 B； UniProt 222–337	未记录	;DNA (5'-D(APCPCPGPTPAPAPAPCPAPTPGPTPTPTPAPCPGPGPT)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；277 K；50 mM Sodium acetate pH 4.7 250 mM Sodium chloride 15% PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 222–337 链 F； UniProt 222–337	未记录	;DNA (5'-D(APCPCPGPTPAPAPAPCPAPTPGPTPTPTPAPCPGPGPT)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；277 K；50 mM Sodium acetate pH 4.7 250 mM Sodium chloride 15% PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7FJ2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3G73 Structure of the FOXM1 DNA binding 提交 2009-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 222–360（139 aa）片段：DNA-binding domain, UNP residues 222-360 链 B 222–360（139 aa）片段：DNA-binding domain, UNP residues 222-360	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；24% PEG3350, 0.2M Sodium Malonate, pH7.5, 3uL Protein at 12g/L mixed with DNA at 0.5mM added tO 3uL of reservoir, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.21 Å R-free 0.234
9XS1 Crystal structure of FOXM1 DNA binding domain to specific dsDNA substrate 提交 2025-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 223–360（138 aa）片段：DNA binding domain 链 G 223–360（138 aa）片段：DNA binding domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% PEG 20000, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.0) and 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
9XS1 Crystal structure of FOXM1 DNA binding domain to specific dsDNA substrate 提交 2025-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 223–360（138 aa）片段：DNA binding domain	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% PEG 20000, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.0) and 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FOXM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–117； UniProt 222–337 作者链 B； PDB构建体 2–117； UniProt 222–337 作者链 E； PDB构建体 2–117； UniProt 222–337 作者链 F； PDB构建体 2–117； UniProt 222–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7fj2
沉积日期 deposition_date	2021-08-02
结构标题 title	Structure of FOXM1 homodimer bound to a palindromic DNA site
关键词 keywords	Forkhead transcription factors, FOXM1, Dimer, DNA binding, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.49 Å
零角强度 I(0) i0	90618100.00
分子量 molecular_weight	60583.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69061 Å³
包络体积 envelope_volume	101440 Å³
水化壳体积 shell_volume	27084 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.41 Å
包络 Rg envelope_rg	30.42 Å
形状 Rg shape_rg	31.48 Å
总 Rg total_rg	32.01 Å
总原子数 total_atoms	4180
残基数 n_residues	394
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8873
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.129
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.836
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7402000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.926; Smooth: 0.929

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Forkhead box protein M1
分子量 formula_weight	13680.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	4180

GPSRPSASWQNSVSERPPYSYMAMIQFAINSTERKRMTLKDIYTWIEDHFPYFKHIAKPGWKNSIRHNLSLHDMFVRETSANGKVSFWTIHPSANRYLTLDQVFKPLDPGSPQLPEH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPCPGPTPAPAPAPCPAPTPGPTPTPTPAPCPGPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6133.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D,G,H

ACCGTAAACATGTTTACGGT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.387 Å
晶胞边长 b length_b	45.456 Å
晶胞边长 c length_c	133.591 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.098 Å
最低分辨率 resolution_low	49.303 Å
R 因子 r_factor	0.2208
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2654

fit	/app/data/saxs_computation/fj/7fj2/7fj2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fj/7fj2/7fj2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fj/7fj2/7fj2.dat

Structure of FOXM1 homodimer bound to a palindromic DNA site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Forkhead box protein M1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)