7fru

PanDDA analysis group deposition of ground-state model of PTP1B, using pre-clustering, cluster 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1

Homo sapiens

UniProt P18031

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–321 突变:C32S/C92V TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;0.1 M HEPES, 0.3 M magnesium acetate, 13.5% PEG 8000, 2% ethanol, and 1 mM BME 分辨率 1.98 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 440 个其他 PDB 条目、469 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–321; UniProt 1–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7fru

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7fru
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7fru
沉积日期 deposition_date2022-10-26
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition of ground-state model of PTP1B, using pre-clustering, cluster 2
关键词 keywords;PanDDA, Diamond i24 fragment screening, protein tyrosine phosphatase, PTP, protein tyrosine phosphatase 1B, PTP1B, enzyme, allostery, multiconformer, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.85
零角强度 I(0) i018714000.00
分子量 molecular_weight32783.0 kDa
排除体积 excluded_volume41078 ų
包络体积 envelope_volume47361 ų
水化壳体积 shell_volume20722 ų
包络直径 envelope_diameter68.8
壳层 Rg shell_rg25.53
包络 Rg envelope_rg19.24
形状 Rg shape_rg18.84
总 Rg total_rg19.83
总原子数 total_atoms2305
残基数 n_residues281
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.5
Rg (实空间) rg_real19.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real1.8710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18710000.0000
解质量估计 total_estimate0.6491
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.9
偏度 Skewness skewness0.268
峰度 Kurtosis kurtosis-0.234
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5357000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)