7hik

Group deposition for combi-soaks of Chikungunya virus nsP3 macrodomain -- Crystal structure of Chikungunya virus nsP3 macrodomain in complex with Z1741976468, Z362020366 and Z19674820 (CHIKV_MacB-x1742)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 3

Chikungunya virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	DIMETHYL SULFOXIDE × 6 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CHLORIDE ION × 2 imidazolidin-2-one × 1 [1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-3-amine × 1 4-HYDROXY-BENZOIC ACID METHYL ESTER × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 imidazolidin-2-one × 1 [1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-3-amine × 1 4-HYDROXY-BENZOIC ACID METHYL ESTER × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	DIMETHYL SULFOXIDE × 4 CHLORIDE ION × 2 [1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-3-amine × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	DIMETHYL SULFOXIDE × 3 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CHLORIDE ION × 1 imidazolidin-2-one × 1 [1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-3-amine × 1 4-HYDROXY-BENZOIC ACID METHYL ESTER × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLN_CHIKS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–163； UniProt 1334–1493 作者链 B； PDB构建体 4–163； UniProt 1334–1493 作者链 C； PDB构建体 4–163； UniProt 1334–1493 作者链 D； PDB构建体 4–163； UniProt 1334–1493

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7hik
沉积日期 deposition_date	2024-10-02
最后修订 last_revision	2024-10-16
结构标题 title	Group deposition for combi-soaks of Chikungunya virus nsP3 macrodomain -- Crystal structure of Chikungunya virus nsP3 macrodomain in complex with Z1741976468, Z362020366 and Z19674820 (CHIKV_MacB-x1742)
关键词 keywords	;Diamond Light Source, I04-1, READDI, Chikungunya Virus, crystallographic fragment screening, combi-soaks, PanDDA, XChemExplorer, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7hik__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7hik__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7hik__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.93 Å
Rg（电子密度）	14.57 Å
总 Rg	15.84 Å
原子数	1272
残基数	159
排除体积	22580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7hik__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7hik__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7hik__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7hik__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Non-structural protein 3
分子量 formula_weight	17819.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.84
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5816

GAMAPSYRVKRMDIAKNDEECVVNAANPRGLPGDGVCKAVYKKWPESFKNSATPVGTAKTVMCGTYPVIHAVGPNFSNYTESEGDRELAAAYREVAKEVTRLGVNSVAIPLLSTGVYSGGKDRLTQSLNHLFTAMDSTDADVVIYCRDKEWEKKISEAIQMRT

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya Virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya Virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya Virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	imidazolidin-2-one
分子量 formula_weight	86.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya Virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-3-amine
分子量 formula_weight	134.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya Virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	4-HYDROXY-BENZOIC ACID METHYL ESTER
分子量 formula_weight	152.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya Virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	603

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晶胞边长 a length_a	87.311 Å
晶胞边长 b length_b	87.311 Å
晶胞边长 c length_c	85.622 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.510 Å
最低分辨率 resolution_low	75.610 Å
R 因子 r_factor	0.1894
R_work r_work	0.1877
R_free r_free	0.2233

Group deposition for combi-soaks of Chikungunya virus nsP3 macrodomain -- Crystal structure of Chikungunya virus nsP3 macrodomain in complex with Z1741976468, Z362020366 and Z19674820 (CHIKV_MacB-x1742)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7hik__assembly_4__model_1

7hik__assembly_4__model_1 | I(q)

7hik__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

Group deposition for combi-soaks of Chikungunya virus nsP3 macrodomain -- Crystal structure of Chikungunya virus nsP3 macrodomain in complex with Z1741976468, Z362020366 and Z19674820 (CHIKV_MacB-x1742)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7hik__assembly_4__model_1

7hik__assembly_4__model_1 | I(q)

7hik__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)