7hmk

PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of TRIM21 in complex with Z271004858

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

Mus musculus

UniProt Q62191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 291–470 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SFY 4-amino-N-(pyridin-2-yl)benzenesulfonamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;4 % PEG 400, 2 M AmmSO4, 0.1 M HEPES pH 8 分辨率 1.35 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 112 个其他 PDB 条目、112 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RO52_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 9–188; UniProt 291–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7hmk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7hmk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7hmk
沉积日期 deposition_date2024-11-04
最后修订 last_revision2024-11-27
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of TRIM21 in complex with Z271004858
关键词 keywordsSGC - Diamond I04-1 fragment screening, PanDDA, XChemExplorer, TRIM21, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.45
零角强度 I(0) i09098230.00
分子量 molecular_weight21587.0 kDa
排除体积 excluded_volume26676 ų
包络体积 envelope_volume29797 ų
水化壳体积 shell_volume15853 ų
包络直径 envelope_diameter52.4
壳层 Rg shell_rg21.83
包络 Rg envelope_rg15.79
形状 Rg shape_rg15.44
总 Rg total_rg16.56
总原子数 total_atoms1523
残基数 n_residues185
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.6
Rg (实空间) rg_real16.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23
I(0) (实空间) i0_real9.0980e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0080e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9098000.0000
解质量估计 total_estimate0.8827
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.3
偏度 Skewness skewness0.057
峰度 Kurtosis kurtosis-0.415
角度范围 angular_range— – 0.4700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2910000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)