7jps

ORC-DNA: Human Origin Recognition Complex (ORC) with DNA bound in the core

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 150.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Origin recognition complex subunit 1

Homo sapiens

UniProt Q13415

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 471–861 未记录 Origin recognition complex subunit 2 × 1 (Q13416) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (Q9UBD5) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (O43929) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (O43913) ;DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*T)-3') ; × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ORC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–392; UniProt 471–861

Origin recognition complex subunit 2

Homo sapiens

UniProt Q13416

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–577 未记录 Origin recognition complex subunit 1 × 1 (Q13415) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (Q9UBD5) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (O43929) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (O43913) ;DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*T)-3') ; × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ORC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–577; UniProt 1–577

Origin recognition complex subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q9UBD5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–712 未记录 Origin recognition complex subunit 1 × 1 (Q13415) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (Q13416) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (O43929) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (O43913) ;DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*T)-3') ; × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ORC3_HUMAN
Isoform Q9UBD5-2
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–712; UniProt 1–712

Origin recognition complex subunit 4

Homo sapiens

UniProt O43929

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–436 未记录 Origin recognition complex subunit 1 × 1 (Q13415) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (Q13416) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (Q9UBD5) Origin recognition complex subunit 5 × 1 (O43913) ;DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*T)-3') ; × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ORC4_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–436; UniProt 1–436

Origin recognition complex subunit 5

Homo sapiens

UniProt O43913

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 1–435 未记录 Origin recognition complex subunit 1 × 1 (Q13415) Origin recognition complex subunit 2 × 1 (Q13416) Origin recognition complex subunit 3 × 1 (Q9UBD5) Origin recognition complex subunit 4 × 1 (O43929) ;DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*T)-3') ; × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ORC5_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–435; UniProt 1–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7jps

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7jps
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7jps
沉积日期 deposition_date2020-08-09
结构标题 titleORC-DNA: Human Origin Recognition Complex (ORC) with DNA bound in the core
关键词 keywordsreplication, AAA+, ORC, DNA-binding, cryoEM, replication-DNA complex; replication/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.51
零角强度 I(0) i0791592000.00
分子量 molecular_weight232870.0 kDa
排除体积 excluded_volume291850 ų
包络体积 envelope_volume407810 ų
水化壳体积 shell_volume76314 ų
包络直径 envelope_diameter158.2
壳层 Rg shell_rg49.25
包络 Rg envelope_rg43.90
形状 Rg shape_rg44.53
总 Rg total_rg44.67
总原子数 total_atoms16352
残基数 n_residues1958
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax150.8
Rg (实空间) rg_real44.53
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.73
I(0) (实空间) i0_real7.9160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal791600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8674
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.7
偏度 Skewness skewness0.394
峰度 Kurtosis kurtosis-0.231
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha118900000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.782

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)