7jqw

The external aldimine crystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase mutant beta-S377A in complex with cesium ion at the metal coordination site. The single beta-Q114 rotamer conformation allows a hydrogen bond to form with the PLP oxygen at the position 3 in the ring

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)

UniProt P00929

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–268 未记录 Tryptophan synthase beta chain × 1 (P0A2K1) DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 18 2AF 2-AMINOPHENOL × 2 CL CHLORIDE ION × 12 KOU (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-serine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SER SERINE × 1 CS CESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 4 mM Spermine, pH 8.0 分辨率 1.70 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 112 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPA_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268

Tryptophan synthase beta chain

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)

UniProt P0A2K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–397 突变:S377A Tryptophan synthase alpha chain × 1 (P00929) DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 18 2AF 2-AMINOPHENOL × 2 CL CHLORIDE ION × 12 KOU (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-serine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SER SERINE × 1 CS CESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 4 mM Spermine, pH 8.0 分辨率 1.70 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 119 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPB_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–397; UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7jqw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7jqw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7jqw
沉积日期 deposition_date2020-08-11
结构标题 titleThe external aldimine crystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase mutant beta-S377A in complex with cesium ion at the metal coordination site. The single beta-Q114 rotamer conformation allows a hydrogen bond to form with the PLP oxygen at the position 3 in the ring
关键词 keywordsLYASE, inhibitor complex, LYASE-LYASE INHIBITOR complex; LYASE/LYASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.49
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.71
零角强度 I(0) i085877700.00
分子量 molecular_weight72180.0 kDa
排除体积 excluded_volume89881 ų
包络体积 envelope_volume103020 ų
水化壳体积 shell_volume32372 ų
包络直径 envelope_diameter99.3
壳层 Rg shell_rg34.08
包络 Rg envelope_rg27.04
形状 Rg shape_rg26.68
总 Rg total_rg27.50
总原子数 total_atoms5010
残基数 n_residues648
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.4
Rg (实空间) rg_real27.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65
I(0) (实空间) i0_real8.5880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal85880000.0000
解质量估计 total_estimate0.8696
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.0
偏度 Skewness skewness0.468
峰度 Kurtosis kurtosis-0.209
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20480000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)