7k01

Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） ZINC ION × 5 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–642； UniProt 1–642

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4

物种未注明

UniProt Q12004

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） ZINC ION × 5 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TFB4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 4； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338

DNA repair helicase RAD25

物种未注明

UniProt Q00578

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） ZINC ION × 5 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RAD25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 7； PDB构建体 1–843； UniProt 1–843

RNA polymerase II transcription factor B subunit 5

物种未注明

UniProt Q3E7C1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） ZINC ION × 5 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TFB5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 5； PDB构建体 1–72； UniProt 1–72

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

物种未注明

UniProt Q02939

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） ZINC ION × 5 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TFB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–513； UniProt 1–513

DNA repair helicase RAD3

物种未注明

UniProt P06839

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） ZINC ION × 5 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–778； UniProt 1–778

General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1

物种未注明

UniProt Q04673

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） ZINC ION × 5 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 6； PDB构建体 1–461； UniProt 1–461

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7k01
沉积日期 deposition_date	2020-09-02
结构标题 title	Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex
关键词 keywords	TFIIH, Rad4, Rad4/23, XPC, NER, Nucleotide Excision Repair, GG-NER, NUCLEAR PROTEIN, NUCLEAR PROTEIN-Transferase complex; NUCLEAR PROTEIN/Transferase
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7k01__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7k01__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7k01__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.08 Å
Rg（电子密度）	49.75 Å
总 Rg	49.82 Å
原子数	21052
残基数	2916
排除体积	370770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7k01__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
分子量 formula_weight	72993.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	21052

MSHSGAAIFEKVSGIIAINEDVSPAELTWRSTDGDKVHTVVLSTIDKLQATPASSEKMMLRLIGKVDESKKRKDNEGNEVVPKPQRHMFSFNNRTVMDNIKMTLQQIISRYKDADIYEEKRRREESAQHTETPMSSSSVTAGTPTPHLDTPQLNNGAPLINTAKLDDSLSKEKLLTNLKLQQSLLKGNKVLMKVFQETVINAGLPPSEFWSTRIPLLRAFALSTSQKVGPYNVLSTIKPVASSENKVNVNLSREKILNIFENYPIVKKAYTDNVPKNFKEPEFWARFFSSKLFRKLRGEKIMQNDRGDVIIDRYLTLDQEFDRKDDDMLLHPVKKIIDLDGNIQDDPVVRGNRPDFTMQPGVDINGNSDGTVDILKGMNRLSEKMIMALKNEYSRTNLQNKSNITNDEEDEDNDERNELKIDDLNESYKTNYAIIHLKRNAHEKTTDNDAKSSADSIKNADLKVSNQQMLQQLSLVMDNLINKLDLNQVVPNNEVSNKINKRVITAIKINAKQAKHNNVNSALGSFVDNTSQANELEVKSTLPIDLLESCRMLHTTCCEFLKHFYIHFQSGEQKQASTVKKLYNHLKDCIEKLNELFQDVLNGDGESMSNTCTAYLKPVLNSITLATHKYDEYFNEYNNNSN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
分子量 formula_weight	37506.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MDAISDPTFKHARSRKQVTEESPSLLTVIIEIAPKLWTTFDEEGNEKGSIIKVLEALIVFLNAHLAFNSANKVAVIAAYSQGIKYLYPESTSALKASESENKTRSDLKIINSDMYRRFRNVDETLVEEIYKLFELEKKQIEQNSQRSTLAGAMSAGLTYVNRISKESVTTSLKSRLLVLTCGSGSSKDEIFQYIPIMNCIFSATKMKCPIDVVKIGGSKESTFLQQTTDATNGVYLHVESTEGLIQYLATAMFIDPSLRPIIVKPNHGSVDFRTSCYLTGRVVAVGFICSVCLCVLSIIPPGNKCPACDSQFDEHVIAKLKRKPVVPRLKAKKKVTKP

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA repair helicase RAD25
分子量 formula_weight	95461.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

MTDVEGYQPKSKGKIFPDMGESFFSSDEDSPATDAEIDENYDDNRETSEGRGERDTGAMVTGLKKPRKKTKSSRHTAADSSMNQMDAKDKALLQDTNSDIPADFVPDSVSGMFRSHDFSYLRLRPDHASRPLWISPSDGRIILESFSPLAEQAQDFLVTIAEPISRPSHIHEYKITAYSLYAAVSVGLETDDIISVLDRLSKVPVAESIINFIKGATISYGKVKLVIKHNRYFVETTQADILQMLLNDSVIGPLRIDSDHQVQPPEDVLQQQLQQTAGKPATNVNPNDVEAVFSAVIGGDNEREEEDDDIDAVHSFEIANESVEVVKKRCQEIDYPVLEEYDFRNDHRNPDLDIDLKPSTQIRPYQEKSLSKMFGNGRARSGIIVLPCGAGKTLVGITAACTIKKSVIVLCTSSVSVMQWRQQFLQWCTLQPENCAVFTSDNKEMFQTESGLVVSTYSMVANTRNRSHDSQKVMDFLTGREWGFIILDEVHVVPAAMFRRVVSTIAAHAKLGLTATLVREDDKIGDLNFLIGPKLYEANWMELSQKGHIANVQCAEVWCPMTAEFYQEYLRETARKRMLLYIMNPTKFQACQFLIQYHERRGDKIIVFSDNVYALQEYALKMGKPFIYGSTPQQERMNILQNFQYNDQINTIFLSKVGDTSIDLPEATCLIQISSHYGSRRQEAQRLGRILRAKRRNDEGFNAFFYSLVSKDTQEMYYSTKRQAFLVDQGYAFKVITHLHGMENIPNLAYASPRERRELLQEVLLKNEEAAGIEVGDDADNSVGRGSNGHKRFKSKAVRGEGSLSGLAGGEDMAYMEYSTNKNKELKEHHPLIRKMYYKNLKK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
分子量 formula_weight	8243.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

MARARKGALVQCDPSIKALILQIDAKMSDIVLEELDDTHLLVNPSKVEFVKHELNRLLSKNIYNPMDEEENQ

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
分子量 formula_weight	58602.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MSDYSLKHSVTQYLEEIPQQVQNRLYTSPATCLAIYRILPPLAKFFIMAMVFNENEVPLLDLDKWVNSNGKLQFQNAIKSMKSLHLLIPNKSSGTLMINLNPTFKISLRNALTGGEVQNSFGVVVEENVVSLDLLDEYSANKWETILHFMVGTPLAKIPSEKVLNLLKHSKLMEEVNSTGEFKITNEGFQFLLQEINSQLWTLLLQYLKMIETSKMDLVDVLHFIFMLGALEVGKAYKIDALSETQRIMLQDMRDYGLVFQKHSNDSIFYPTKLALMLTSDTKTIRSASNAMDSVLRQNREEPSVNEDGANGKSTTDITTSDDLNKAGLKNQDIPDGSLIVETNFKIYSYSNSPLQIAVLSLFVHLKARFVNMVLGQITRESIRRALTNGITADQIIAYLETHAHPQMRRLAEEKLEKKLELDPNCKEPLQVLPPTVVDQIRLWQLELDRVITYEGSLYSDFETSQEYNLLSKYAQDIGVLLWKDDKKKKFFISKEGNSQVLDFAKRKLKKKQ

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA repair helicase RAD3
分子量 formula_weight	89899.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0

MKFYIDDLPVLFPYPKIYPEQYNYMCDIKKTLDVGGNSILEMPSGTGKTVSLLSLTIAYQMHYPEHRKIIYCSRTMSEIEKALVELENLMDYRTKELGYQEDFRGLGLTSRKNLCLHPEVSKERKGTVVDEKCRRMTNGQAKRKLEEDPEANVELCEYHENLYNIEVEDYLPKGVFSFEKLLKYCEEKTLCPYFIVRRMISLCNIIIYSYHYLLDPKIAERVSNEVSKDSIVIFDEAHNIDNVCIESLSLDLTTDALRRATRGANALDERISEVRKVDSQKLQDEYEKLVQGLHSADILTDQEEPFVETPVLPQDLLTEAIPGNIRRAEHFVSFLKRLIEYLKTRMKVLHVISETPKSFLQHLKQLTFIERKPLRFCSERLSLLVRTLEVTEVEDFTALKDIATFATLISTYEEGFLLIIEPYEIENAAVPNPIMRFTCLDASIAIKPVFERFSSVIITSGTISPLDMYPRMLNFKTVLQKSYAMTLAKKSFLPMIITKGSDQVAISSRFEIRNDPSIVRNYGSMLVEFAKITPDGMVVFFPSYLYMESIVSMWQTMGILDEVWKHKLILVETPDAQETSLALETYRKACSNGRGAILLSVARGKVSEGIDFDHQYGRTVLMIGIPFQYTESRILKARLEFMRENYRIRENDFLSFDAMRHAAQCLGRVLRGKDDYGVMVLADRRFSRKRSQLPKWIAQGLSDADLNLSTDMAISNTKQFLRTMAQPTDPKDQEGVSVWSYEDLIKHQNSRKDQGGFIENENKEGEQDEDEDEDIEMQ

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
分子量 formula_weight	52370.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MAPVVISESEEDEDRVAITRRTKRQVHFDGEGDDRVDQQQQQHSSSHRDRDKHVQRKKKKRLSNRNLQGSNGGYAWEDEIKRSWDLVKVDDEGDMASLVASIVEARKKRTAKKNITPYQRGIIRSLILTLDCSEAMLEKDLRPNRHAMIIQYAIDFVHEFFDQNPISQMGIIIMRNGLAQLVSQVSGNPQDHIDALKSIRKQEPKGNPSLQNALEMARGLLLPVPAHCTREVLIVFGSLSTTDPGDIHQTIDSLVSEKIRVKVLGLSAQVAICKELCKATNYGDESFYKILLDETHLKELFNEAVTPLPVNKINKGFTLVKMGFPTRIFEDTPTFCSCHSKLVYGGYFCPNCHSKVCSLPTVCPCCDLMLILSTHLARSYHHLMPLKTFAEVPTTEKFRSEDCFSCQSRFPILKNHKNGKLLTSSRYRCEDCKQEFCVDCDVFIHEILHNCPGCESKPVIT

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7k01001
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7k01401
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	56101

Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair helicase RAD25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase II transcription factor B subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair helicase RAD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k01__assembly_1__model_1

7k01__assembly_1__model_1 | I(q)

7k01__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer