7k04

Structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33/DNA in DNA opening

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD33

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） Damaged DNA strand × 1 Undamaged DNA strand × 1 DNA repair protein RAD4 × 1 （P14736） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD33_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

物种未注明

UniProt Q02939

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	DNA repair protein RAD33 × 1 （Q04231） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） Damaged DNA strand × 1 Undamaged DNA strand × 1 DNA repair protein RAD4 × 1 （P14736） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–513； UniProt 1–513

DNA repair helicase RAD3

物种未注明

UniProt P06839

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	DNA repair protein RAD33 × 1 （Q04231） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） Damaged DNA strand × 1 Undamaged DNA strand × 1 DNA repair protein RAD4 × 1 （P14736） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–778； UniProt 1–778

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1

物种未注明

UniProt P32776

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	DNA repair protein RAD33 × 1 （Q04231） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） Damaged DNA strand × 1 Undamaged DNA strand × 1 DNA repair protein RAD4 × 1 （P14736） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 2–642； UniProt 2–642

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4

物种未注明

UniProt Q12004

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	DNA repair protein RAD33 × 1 （Q04231） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） Damaged DNA strand × 1 Undamaged DNA strand × 1 DNA repair protein RAD4 × 1 （P14736） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFB4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 4； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338

General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1

物种未注明

UniProt Q04673

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	DNA repair protein RAD33 × 1 （Q04231） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） Damaged DNA strand × 1 Undamaged DNA strand × 1 DNA repair protein RAD4 × 1 （P14736） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 6； PDB构建体 1–461； UniProt 1–461

DNA repair protein RAD4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P14736

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	DNA repair protein RAD33 × 1 （Q04231） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） Damaged DNA strand × 1 Undamaged DNA strand × 1 DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–754； UniProt 1–754

DNA repair helicase RAD25

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q00578

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	DNA repair protein RAD33 × 1 （Q04231） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） Damaged DNA strand × 1 Undamaged DNA strand × 1 DNA repair protein RAD4 × 1 （P14736） RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 （Q3E7C1） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 7； PDB构建体 1–843； UniProt 1–843

RNA polymerase II transcription factor B subunit 5

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q3E7C1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 2	DNA repair protein RAD33 × 1 （Q04231） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 × 1 （Q02939） DNA repair helicase RAD3 × 1 （P06839） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 × 1 （P32776） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 （Q12004） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 （Q04673） Damaged DNA strand × 1 Undamaged DNA strand × 1 DNA repair protein RAD4 × 1 （P14736） DNA repair helicase RAD25 × 1 （Q00578） CALCIUM ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFB5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 5； PDB构建体 1–72； UniProt 1–72

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7k04
沉积日期 deposition_date	2020-09-03
结构标题 title	Structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33/DNA in DNA opening
关键词 keywords	TFIIH, Rad4, Rad4/23, XPC, NER, Nucleotide Excision Repair, GG-NER, NUCLEAR PROTEIN, NUCLEAR PROTEIN-DNA complex; NUCLEAR PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7k04__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7k04__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7k04__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.62 Å
Rg（电子密度）	58.40 Å
总 Rg	58.44 Å
原子数	32727
残基数	3679
排除体积	490540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7k04__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD33
分子量 formula_weight	20291.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	32727

MSKSTNVSYERVELFENPKVPIEVEDEILEKYAESSLDHDMTVNELPRFFKDLQLEPTIWKLVRNEDVIIEGTDVIDFTKLVRCTCQLLILMNNLTVIDDLWSMLIRNCGRDVDFPQVALRDHVLSVKDLQKISNLIGADQSSGTIEMISCATDGKRLFMTYLDFGCVLGKLGYLKM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
分子量 formula_weight	58602.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MSDYSLKHSVTQYLEEIPQQVQNRLYTSPATCLAIYRILPPLAKFFIMAMVFNENEVPLLDLDKWVNSNGKLQFQNAIKSMKSLHLLIPNKSSGTLMINLNPTFKISLRNALTGGEVQNSFGVVVEENVVSLDLLDEYSANKWETILHFMVGTPLAKIPSEKVLNLLKHSKLMEEVNSTGEFKITNEGFQFLLQEINSQLWTLLLQYLKMIETSKMDLVDVLHFIFMLGALEVGKAYKIDALSETQRIMLQDMRDYGLVFQKHSNDSIFYPTKLALMLTSDTKTIRSASNAMDSVLRQNREEPSVNEDGANGKSTTDITTSDDLNKAGLKNQDIPDGSLIVETNFKIYSYSNSPLQIAVLSLFVHLKARFVNMVLGQITRESIRRALTNGITADQIIAYLETHAHPQMRRLAEEKLEKKLELDPNCKEPLQVLPPTVVDQIRLWQLELDRVITYEGSLYSDFETSQEYNLLSKYAQDIGVLLWKDDKKKKFFISKEGNSQVLDFAKRKLKKKQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA repair helicase RAD3
分子量 formula_weight	89899.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0

MKFYIDDLPVLFPYPKIYPEQYNYMCDIKKTLDVGGNSILEMPSGTGKTVSLLSLTIAYQMHYPEHRKIIYCSRTMSEIEKALVELENLMDYRTKELGYQEDFRGLGLTSRKNLCLHPEVSKERKGTVVDEKCRRMTNGQAKRKLEEDPEANVELCEYHENLYNIEVEDYLPKGVFSFEKLLKYCEEKTLCPYFIVRRMISLCNIIIYSYHYLLDPKIAERVSNEVSKDSIVIFDEAHNIDNVCIESLSLDLTTDALRRATRGANALDERISEVRKVDSQKLQDEYEKLVQGLHSADILTDQEEPFVETPVLPQDLLTEAIPGNIRRAEHFVSFLKRLIEYLKTRMKVLHVISETPKSFLQHLKQLTFIERKPLRFCSERLSLLVRTLEVTEVEDFTALKDIATFATLISTYEEGFLLIIEPYEIENAAVPNPIMRFTCLDASIAIKPVFERFSSVIITSGTISPLDMYPRMLNFKTVLQKSYAMTLAKKSFLPMIITKGSDQVAISSRFEIRNDPSIVRNYGSMLVEFAKITPDGMVVFFPSYLYMESIVSMWQTMGILDEVWKHKLILVETPDAQETSLALETYRKACSNGRGAILLSVARGKVSEGIDFDHQYGRTVLMIGIPFQYTESRILKARLEFMRENYRIRENDFLSFDAMRHAAQCLGRVLRGKDDYGVMVLADRRFSRKRSQLPKWIAQGLSDADLNLSTDMAISNTKQFLRTMAQPTDPKDQEGVSVWSYEDLIKHQNSRKDQGGFIENENKEGEQDEDEDEDIEMQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
分子量 formula_weight	72959.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

PSHSGAAIFEKVSGIIAINEDVSPAELTWRSTDGDKVHTVVLSTIDKLQATPASSEKMMLRLIGKVDESKKRKDNEGNEVVPKPQRHMFSFNNRTVMDNIKMTLQQIISRYKDADIYEEKRRREESAQHTETPMSSSSVTAGTPTPHLDTPQLNNGAPLINTAKLDDSLSKEKLLTNLKLQQSLLKGNKVLMKVFQETVINAGLPPSEFWSTRIPLLRAFALSTSQKVGPYNVLSTIKPVASSENKVNVNLSREKILNIFENYPIVKKAYTDNVPKNFKEPEFWARFFSSKLFRKLRGEKIMQNDRGDVIIDRYLTLDQEFDRKDDDMLLHPVKKIIDLDGNIQDDPVVRGNRPDFTMQPGVDINGNSDGTVDILKGMNRLSEKMIMALKNEYSRTNLQNKSNITNDEEDEDNDERNELKIDDLNESYKTNYAIIHLKRNAHEKTTDNDAKSSADSIKNADLKVSNQQMLQQLSLVMDNLINKLDLNQVVPNNEVSNKINKRVITAIKINAKQAKHNNVNSALGSFVDNTSQANELEVKSTLPIDLLESCRMLHTTCCEFLKHFYIHFQSGEQKQASTVKKLYNHLKDCIEKLNELFQDVLNGDGESMSNTCTAYLKPVLNSITLATHKYDEYFNEYNNNSN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
分子量 formula_weight	37506.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MDAISDPTFKHARSRKQVTEESPSLLTVIIEIAPKLWTTFDEEGNEKGSIIKVLEALIVFLNAHLAFNSANKVAVIAAYSQGIKYLYPESTSALKASESENKTRSDLKIINSDMYRRFRNVDETLVEEIYKLFELEKKQIEQNSQRSTLAGAMSAGLTYVNRISKESVTTSLKSRLLVLTCGSGSSKDEIFQYIPIMNCIFSATKMKCPIDVVKIGGSKESTFLQQTTDATNGVYLHVESTEGLIQYLATAMFIDPSLRPIIVKPNHGSVDFRTSCYLTGRVVAVGFICSVCLCVLSIIPPGNKCPACDSQFDEHVIAKLKRKPVVPRLKAKKKVTKP

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
分子量 formula_weight	52370.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MAPVVISESEEDEDRVAITRRTKRQVHFDGEGDDRVDQQQQQHSSSHRDRDKHVQRKKKKRLSNRNLQGSNGGYAWEDEIKRSWDLVKVDDEGDMASLVASIVEARKKRTAKKNITPYQRGIIRSLILTLDCSEAMLEKDLRPNRHAMIIQYAIDFVHEFFDQNPISQMGIIIMRNGLAQLVSQVSGNPQDHIDALKSIRKQEPKGNPSLQNALEMARGLLLPVPAHCTREVLIVFGSLSTTDPGDIHQTIDSLVSEKIRVKVLGLSAQVAICKELCKATNYGDESFYKILLDETHLKELFNEAVTPLPVNKINKGFTLVKMGFPTRIFEDTPTFCSCHSKLVYGGYFCPNCHSKVCSLPTVCPCCDLMLILSTHLARSYHHLMPLKTFAEVPTTEKFRSEDCFSCQSRFPILKNHKNGKLLTSSRYRCEDCKQEFCVDCDVFIHEILHNCPGCESKPVIT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Damaged DNA strand
分子量 formula_weight	8641.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

TATCTCGCAATGXTGGATGTTGAGTCA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Undamaged DNA strand
分子量 formula_weight	8855.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W

TTGACTCAACATCCAAACACTGCGAGATA

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD4
分子量 formula_weight	87374.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MNEDLPKEYFELIRKALNEKEAEKAPLSRRRRVRRKNQPLPDAKKKFKTGLNELPRESVVTVNLDSSDDGVVTVPTDDSVEEIQSSEEDYDSEEFEDVTDGNEVAGVEDISVEIKPSSKRNSDARRTSRNVCSNEERKRRKYFHMLYLVCLMVHGFIRNEWINSKRLSRKLSNLVPEKVFELLHPQKDEELPLRSTRKLLDGLKKCMELWQKHWKITKKYDNEGLYMRTWKEIEMSANNKRKFKTLKRSDFLRAVSKGHGDPDISVQGFVAMLRACNVNARLIMSCQPPDFTNMKIDTSLNGNNAYKDMVKYPIFWCEVWDKFSKKWITVDPVNLKTIEQVRLHSKLAPKGVACCERNMLRYVIAYDRKYGCRDVTRRYAQWMNSKVRKRRITKDDFGEKWFRKVITALHHRKRTKIDDYEDQYFFRRDESEGIPDSVQDLKNHPYYVLEQDIKQTQIVKPGCKECGYLKVHGKVGKVLKVYAKRDIADLKSARQWYMNGRILKTGSRCKKVIKRTVGRPKGEAEEEDERLYSFEDTELYIPPLASASGEITKNTFGNIEVFAPTMIPGNCCLVENPVAIKAARFLGVEFAPAVTSFKFERGSTVKPVLSGIVVAKWLREAIETAIDGIEFIQEDDNRKEHLLGALESWNTLLLKLRIRSKLNSTYGKIAEEEPNVTKEQNIADNHDNTETFMGGGFLPGIANHEARPYSEPSEPEDSLDYVSVDKAEESATDDDVGEDYSDFMKELEMSEESD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA repair helicase RAD25
分子量 formula_weight	95461.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

MTDVEGYQPKSKGKIFPDMGESFFSSDEDSPATDAEIDENYDDNRETSEGRGERDTGAMVTGLKKPRKKTKSSRHTAADSSMNQMDAKDKALLQDTNSDIPADFVPDSVSGMFRSHDFSYLRLRPDHASRPLWISPSDGRIILESFSPLAEQAQDFLVTIAEPISRPSHIHEYKITAYSLYAAVSVGLETDDIISVLDRLSKVPVAESIINFIKGATISYGKVKLVIKHNRYFVETTQADILQMLLNDSVIGPLRIDSDHQVQPPEDVLQQQLQQTAGKPATNVNPNDVEAVFSAVIGGDNEREEEDDDIDAVHSFEIANESVEVVKKRCQEIDYPVLEEYDFRNDHRNPDLDIDLKPSTQIRPYQEKSLSKMFGNGRARSGIIVLPCGAGKTLVGITAACTIKKSVIVLCTSSVSVMQWRQQFLQWCTLQPENCAVFTSDNKEMFQTESGLVVSTYSMVANTRNRSHDSQKVMDFLTGREWGFIILDEVHVVPAAMFRRVVSTIAAHAKLGLTATLVREDDKIGDLNFLIGPKLYEANWMELSQKGHIANVQCAEVWCPMTAEFYQEYLRETARKRMLLYIMNPTKFQACQFLIQYHERRGDKIIVFSDNVYALQEYALKMGKPFIYGSTPQQERMNILQNFQYNDQINTIFLSKVGDTSIDLPEATCLIQISSHYGSRRQEAQRLGRILRAKRRNDEGFNAFFYSLVSKDTQEMYYSTKRQAFLVDQGYAFKVITHLHGMENIPNLAYASPRERRELLQEVLLKNEEAAGIEVGDDADNSVGRGSNGHKRFKSKAVRGEGSLSGLAGGEDMAYMEYSTNKNKELKEHHPLIRKMYYKNLKK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
分子量 formula_weight	8243.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

MARARKGALVQCDPSIKALILQIDAKMSDIVLEELDDTHLLVNPSKVEFVKHELNRLLSKNIYNPMDEEENQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	73146

Structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33/DNA in DNA opening

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD33

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair helicase RAD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair protein RAD4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA repair helicase RAD25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase II transcription factor B subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7k04__assembly_1__model_1

7k04__assembly_1__model_1 | I(q)

7k04__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment