7kbn

1.60 Angstrom resolution crystal structure of the beta-Q114A mutant of Tryptophan Synthase in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the enzyme alpha-site, cesium ion at the metal coordination site, and 2-aminophenol quinonoid at the enzyme beta site

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)

UniProt P00929

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–268 未记录 Tryptophan synthase beta chain × 1 (P0A2K1) DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 19 F9F 2-({[4-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]SULFONYL}AMINO)ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 CL CHLORIDE ION × 7 1D0 (2E)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]-3-[(2-hydroxyphenyl)amino]propanoic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 2AF 2-AMINOPHENOL × 1 CS CESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;298 K;50 mM Bicine-CsOH, 8% PEG 8,000, 4 mM Spermine, pH 7.6 分辨率 1.60 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 112 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPA_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268

Tryptophan synthase beta chain

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)

UniProt P0A2K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–397 突变:Q114A Tryptophan synthase alpha chain × 1 (P00929) DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 19 F9F 2-({[4-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]SULFONYL}AMINO)ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 CL CHLORIDE ION × 7 1D0 (2E)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]-3-[(2-hydroxyphenyl)amino]propanoic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 2AF 2-AMINOPHENOL × 1 CS CESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.6;298 K;50 mM Bicine-CsOH, 8% PEG 8,000, 4 mM Spermine, pH 7.6 分辨率 1.60 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 119 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPB_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–397; UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7kbn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7kbn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7kbn
沉积日期 deposition_date2020-10-02
结构标题 title1.60 Angstrom resolution crystal structure of the beta-Q114A mutant of Tryptophan Synthase in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the enzyme alpha-site, cesium ion at the metal coordination site, and 2-aminophenol quinonoid at the enzyme beta site
关键词 keywordsinhibitor, tryptophan synthase, LYASE, LYASE-LYASE INHIBITOR complex; LYASE/LYASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.21
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.38
零角强度 I(0) i091251300.00
分子量 molecular_weight74203.0 kDa
排除体积 excluded_volume92340 ų
包络体积 envelope_volume105170 ų
水化壳体积 shell_volume33152 ų
包络直径 envelope_diameter94.0
壳层 Rg shell_rg34.08
包络 Rg envelope_rg26.69
形状 Rg shape_rg26.34
总 Rg total_rg27.23
总原子数 total_atoms5154
残基数 n_residues663
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.5
Rg (实空间) rg_real27.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real9.1250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal91250000.0000
解质量估计 total_estimate0.8627
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.0
偏度 Skewness skewness0.453
峰度 Kurtosis kurtosis-0.242
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha32070000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.750; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.982

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)