7lc6

Cryo-EM Structure of KdpFABC in E2-P state with BeF3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 153.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P03959

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–557 突变:Q116R Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit × 1 (P03960) Potassium-transporting ATPase KdpC subunit × 1 (P03961) Potassium-transporting ATPase KdpF subunit × 1 (P36937) K POTASSIUM ION × 1 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;The beryllium fluoride in the buffer was added to the protein mixture containing all other buffer components in the form of a pre-incubated mixture with the final concentrations 2.5 mM BeSO4 and 10 mM NaF. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3 uL of protein mixture applied to grid. Blot time 4 seconds, blot force 0, no wait before plunging. 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KDPA_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–557; UniProt 1–557

Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P03960

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–682 突变:S162A Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit × 1 (P03959) Potassium-transporting ATPase KdpC subunit × 1 (P03961) Potassium-transporting ATPase KdpF subunit × 1 (P36937) K POTASSIUM ION × 1 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;The beryllium fluoride in the buffer was added to the protein mixture containing all other buffer components in the form of a pre-incubated mixture with the final concentrations 2.5 mM BeSO4 and 10 mM NaF. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3 uL of protein mixture applied to grid. Blot time 4 seconds, blot force 0, no wait before plunging. 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KDPB_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–682; UniProt 1–682

Potassium-transporting ATPase KdpC subunit

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P03961

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–190 未记录 Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit × 1 (P03959) Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit × 1 (P03960) Potassium-transporting ATPase KdpF subunit × 1 (P36937) K POTASSIUM ION × 1 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;The beryllium fluoride in the buffer was added to the protein mixture containing all other buffer components in the form of a pre-incubated mixture with the final concentrations 2.5 mM BeSO4 and 10 mM NaF. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3 uL of protein mixture applied to grid. Blot time 4 seconds, blot force 0, no wait before plunging. 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KDPC_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–190; UniProt 1–190

Potassium-transporting ATPase KdpF subunit

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P36937

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–29 未记录 Potassium-transporting ATPase potassium-binding subunit × 1 (P03959) Potassium-transporting ATPase ATP-binding subunit × 1 (P03960) Potassium-transporting ATPase KdpC subunit × 1 (P03961) K POTASSIUM ION × 1 9Y0 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;The beryllium fluoride in the buffer was added to the protein mixture containing all other buffer components in the form of a pre-incubated mixture with the final concentrations 2.5 mM BeSO4 and 10 mM NaF. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3 uL of protein mixture applied to grid. Blot time 4 seconds, blot force 0, no wait before plunging. 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KDPF_ECOLI
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–29; UniProt 1–29

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7lc6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7lc6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7lc6
沉积日期 deposition_date2021-01-09
结构标题 titleCryo-EM Structure of KdpFABC in E2-P state with BeF3
关键词 keywordsP-type ATPase, ATP-dependent potassium pump, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.51
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.11
零角强度 I(0) i0316764000.00
分子量 molecular_weight153420.0 kDa
排除体积 excluded_volume195740 ų
包络体积 envelope_volume254290 ų
水化壳体积 shell_volume52826 ų
包络直径 envelope_diameter165.1
壳层 Rg shell_rg43.61
包络 Rg envelope_rg43.97
形状 Rg shape_rg43.16
总 Rg total_rg42.94
总原子数 total_atoms21954
残基数 n_residues1440
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.3
Rg (实空间) rg_real44.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.91
I(0) (实空间) i0_real3.1680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal316600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7798
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.3
偏度 Skewness skewness0.646
峰度 Kurtosis kurtosis-0.140
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha44130000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.661; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.673; Smooth: 0.475

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7lc6B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)