7lde

native AMPA receptor

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 14 其他聚合物 5	Glutamate receptor × 2 （G5E8H1） Protein cornichon homolog 2 × 2 （O35089） Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW2） 11B8 scFv × 2 15F1 Fab light chain × 2 15F1 Fab heavy chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 HEXADECANE × 2 N-OCTANE × 6 HEPTANE × 4 DECANE × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 DODECANE × 6 TETRADECANE × 6 nonane × 4 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRIA1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–907； UniProt 1–907 作者链 C； PDB构建体 1–907； UniProt 1–907

Glutamate receptor

物种未注明

UniProt G5E8H1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 14 其他聚合物 5	Glutamate receptor 1 × 2 （P23818） Protein cornichon homolog 2 × 2 （O35089） Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW2） 11B8 scFv × 2 15F1 Fab light chain × 2 15F1 Fab heavy chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 HEXADECANE × 2 N-OCTANE × 6 HEPTANE × 4 DECANE × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 DODECANE × 6 TETRADECANE × 6 nonane × 4 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G5E8H1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883 作者链 D； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883

Protein cornichon homolog 2

物种未注明

UniProt O35089

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 14 其他聚合物 5	Glutamate receptor 1 × 2 （P23818） Glutamate receptor × 2 （G5E8H1） Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW2） 11B8 scFv × 2 15F1 Fab light chain × 2 15F1 Fab heavy chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 HEXADECANE × 2 N-OCTANE × 6 HEPTANE × 4 DECANE × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 DODECANE × 6 TETRADECANE × 6 nonane × 4 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNIH2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 F； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

物种未注明

UniProt Q8VHW2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 14 其他聚合物 5	Glutamate receptor 1 × 2 （P23818） Glutamate receptor × 2 （G5E8H1） Protein cornichon homolog 2 × 2 （O35089） 11B8 scFv × 2 15F1 Fab light chain × 2 15F1 Fab heavy chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 HEXADECANE × 2 N-OCTANE × 6 HEPTANE × 4 DECANE × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 DODECANE × 6 TETRADECANE × 6 nonane × 4 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCG8_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423 作者链 H； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7lde
沉积日期 deposition_date	2021-01-13
结构标题 title	native AMPA receptor
关键词 keywords	neurotransmitter, hippocampus, ion-channel, glycosylation, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7lde__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7lde__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7lde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	76.02 Å
Rg（电子密度）	75.89 Å
总 Rg	75.33 Å
原子数	34422
残基数	4990
排除体积	607160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7lde__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor 1
分子量 formula_weight	101679.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	34424

MPYIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQFVLQLRPELQEALISIIDHYKWQTFVYIYDADRGLSVLQRVLDTAAEKNWQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIVKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPARIMQQWRTSDARDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGPVNLAVLKLSEQGVLDKLKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASGGSGSGENGRVVSQDFPKSMQSIPCMSHSSGMPLGATGL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor
分子量 formula_weight	98899.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MQKIMHISVLLSPVLWGLIFGVSSNSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNINNDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLWFSLGAFMRQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLRNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKSRAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein cornichon homolog 2
分子量 formula_weight	18948.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MAFTFAAFCYMLTLVLCASLIFFVIWHIIAFDELRTDFKNPIDQGNPARARERLKNIERICCLLRKLVVPEYSIHGLFCLMFLCAAEWVTLGLNIPLLFYHLWRYFHRPADGSEVMYDAVSIMNADILNYCQKESWCKLAFYLLSFFYYLYSMVYTLVSF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
分子量 formula_weight	43502.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MESLKRWNEERGLWCEKGVQVLLTTIGAFSAFGLMTIAISTDYWLYTRALICNTTNLTAGDDGPPHRGGSGSSEKKDPGGLTHSGLWRICCLEGLKRGVCVKINHFPEDTDYDHDSAEYLLRVVRASSIFPILSAILLLLGGVCVAASRVYKSKRNIILGAGILFVAAGLSNIIGVIVYISANAGEPGPKRDEEKKNHYSYGWSFYFGGLSFILAEVIGVLAVNIYIERSREAHCQSRSDLLKAGGGAGGSGGSGPSAILRLPSYRFRYRRRSRSSSRGSSEASPSRDASPGGPGGPGFASTDISMYTLSRDPSKGSVAAGLASAGGGGSGAGVGAYGGAAGAAGGGGAGSERDRGSSAGFLTLHNAFPKEAASGVTVTVTGPPAAPAPAPAPPAPAAPAPGTLSKEAAASNTNTLNRKTTPV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	11B8 scFv
分子量 formula_weight	27511.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,L

EVKLLESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFDFSEYWMSWVRQAPGKGLEWIGEINPDSSSIDYTPSLKDKIIISRDNAKKTLYLQLSKVRSEDTALYYCARPRGNYVVMDYWGQGTSVTVSSSGGGGSGGGGSGGGGNIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDSYGSSFVHWYQQKPGQPPKLLIFLASKLESGVPARFSGSGSRTDFTLTIDPVEADDAATYYCQQTNEDPYTFGGGTKLEIKRASNWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	15F1 Fab light chain
分子量 formula_weight	25111.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,M

MEIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLSWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLHSGVPSRFSGSGSGIDYSLTINNLEQEDFATYFCQQGNTLPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNECSNWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	15F1 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	27975.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,N

MVSAIVLYVLLAAAAHSAFAMQAQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTNYGVHWVRQPPGKGLEWLGVIWAGGSTNYNSALMSRVSISKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTVMYYCAREDYDYDWHFDVWGAGTTVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKLEVLFQGPGSGSADTITIRGYVRDNR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
分子量 formula_weight	409.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	HEXADECANE
分子量 formula_weight	226.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	HEPTANE
分子量 formula_weight	100.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	TETRADECANE
分子量 formula_weight	198.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	nonane
分子量 formula_weight	128.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
分子量 formula_weight	328.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7ldeJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ldeJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ldeM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ldeM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	157000

native AMPA receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein cornichon homolog 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7lde__assembly_1__model_1

7lde__assembly_1__model_1 | I(q)

7lde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 non-polymer

实体 16 Entity 16 non-polymer

实体 17 Entity 17 non-polymer

实体 18 Entity 18 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)