7lep

The composite LBD-TMD structure combined from all hippocampal AMPAR subtypes at 3.25 Angstrom resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4) × 1 Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX) × 1 Protein cornichon homolog 2 × 2 （O35089） Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW2） {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 30 TETRADECANE × 1 DECANE × 1 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 N-OCTANE × 2 DODECANE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C9K0Z0_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–424； UniProt 417–840 作者链 D； PDB构建体 1–424； UniProt 417–840

Protein cornichon homolog 2

物种未注明

UniProt O35089

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4) × 1 Glutamate receptor 2 × 2 （C9K0Z0） Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX) × 1 Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 （Q8VHW2） {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 30 TETRADECANE × 1 DECANE × 1 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 N-OCTANE × 2 DODECANE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNIH2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–159； UniProt 2–160 作者链 F； PDB构建体 1–159； UniProt 2–160

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

物种未注明

UniProt Q8VHW2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4) × 1 Glutamate receptor 2 × 2 （C9K0Z0） Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX) × 1 Protein cornichon homolog 2 × 2 （O35089） {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 30 TETRADECANE × 1 DECANE × 1 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 N-OCTANE × 2 DODECANE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCG8_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–215； UniProt 19–233 作者链 H； PDB构建体 1–215； UniProt 19–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7lep
沉积日期 deposition_date	2021-01-14
结构标题 title	The composite LBD-TMD structure combined from all hippocampal AMPAR subtypes at 3.25 Angstrom resolution
关键词 keywords	Native hippocampal ion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7lep__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7lep__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7lep__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.79 Å
Rg（电子密度）	45.12 Å
总 Rg	45.31 Å
原子数	16558
残基数	2222
排除体积	301530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7lep__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4)
分子量 formula_weight	43650.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16559

TAAVTTIAEAPYVMLKKNAAAAEGNAAYEGYCVALAAEIAKHAGAAYAAAIVADGKYGARDAATKAWNGMVGELVYGRAAAAAAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSXXXXXXXXXXXNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLAAGSTKEFFRRSKIAVAAKMWAYMASAEPSVFAATTAAGAARVRKAKGKAAALLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGAATPKGSALRAPVNLAVLKLAEQGALDKLKNKWWYDKGECGAAAAASKAKTSALSLSNVAGVFYILAGGLGLAMAVALIEFCYK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor 2
分子量 formula_weight	47252.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

VVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLWFSLGAFMRQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEEGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKSR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX)
分子量 formula_weight	43702.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

TAVVTTILEDPYVMAKKNAAAAEGNAAYEGYCVALAAEIAKHAAYAYAAAIVADGKYGARDAATKAWNGMVGELVYGAADAAAAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSXXXXXXXXXXNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLAAGSTKEFFRRSKIAVAAKMWAYMASAEPSVFAATTAAGAARVRKAKGKAAALLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGAATPKGSALRAPVNLAVLKLAEQGALDKLKAKWWYDKGECGAAAAASKDKTSALSLSNVAGVFYILAGGLGLAMAVALIEFCYK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein cornichon homolog 2
分子量 formula_weight	18755.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

AFTFAAFCYMLTLVLCASLIFFVIWHIIAFDELRTDFKNPIDQGNPARARERLKNIERICCLLRKLVVPEYSIHGLFCLMFLCAAEWVTLGLNIPLLFTHLWRYFHRPADGSEVMYDAVSIMNADILNYCQKESWCKLAFYLLSFFYYLYSMVYTLVSF

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
分子量 formula_weight	23242.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

VQVLLTTIGAFSAFGLMTIAISTDYWLYTRALICNTTNLTAGDDGPPHRGGSGSSEKKDPGGLTHSGLWRICCLEGLKRGVCVKINHFPEDTDYDHDSAEYLLRVVRASSIFPILSAILLLLGGVCVAASRVYKSKRNIILGAGILFVAAGLSNIIGVIVYISANAGEPGPKRDEEKKNHYSYGWSFYFGGLSFILAEVIGVLAVNIYIERSREA

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid
分子量 formula_weight	409.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	TETRADECANE
分子量 formula_weight	198.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
分子量 formula_weight	328.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7lepB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	7lepD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	7lepG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7lepH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	116710

The composite LBD-TMD structure combined from all hippocampal AMPAR subtypes at 3.25 Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein cornichon homolog 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7lep__assembly_1__model_1

7lep__assembly_1__model_1 | I(q)

7lep__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)