7lep

The composite LBD-TMD structure combined from all hippocampal AMPAR subtypes at 3.25 Angstrom resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 148.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 2

物种未注明

UniProt C9K0Z0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 417–840 链 D; UniProt 417–840 未记录 Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4) × 1 Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX) × 1 Protein cornichon homolog 2 × 2 (O35089) Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW2) ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 30 C14 TETRADECANE × 1 D10 DECANE × 1 XVD 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 OCT N-OCTANE × 2 D12 DODECANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C9K0Z0_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–424; UniProt 417–840 作者链 D; PDB构建体 1–424; UniProt 417–840

Protein cornichon homolog 2

物种未注明

UniProt O35089

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 2–160 链 F; UniProt 2–160 未记录 Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4) × 1 Glutamate receptor 2 × 2 (C9K0Z0) Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX) × 1 Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit × 2 (Q8VHW2) ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 30 C14 TETRADECANE × 1 D10 DECANE × 1 XVD 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 OCT N-OCTANE × 2 D12 DODECANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNIH2_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–159; UniProt 2–160 作者链 F; PDB构建体 1–159; UniProt 2–160

Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit

物种未注明

UniProt Q8VHW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 19–233 链 H; UniProt 19–233 未记录 Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4) × 1 Glutamate receptor 2 × 2 (C9K0Z0) Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX) × 1 Protein cornichon homolog 2 × 2 (O35089) ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 30 C14 TETRADECANE × 1 D10 DECANE × 1 XVD 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol × 2 OCT N-OCTANE × 2 D12 DODECANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG8_MOUSE
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–215; UniProt 19–233 作者链 H; PDB构建体 1–215; UniProt 19–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7lep

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7lep
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7lep
沉积日期 deposition_date2021-01-14
结构标题 titleThe composite LBD-TMD structure combined from all hippocampal AMPAR subtypes at 3.25 Angstrom resolution
关键词 keywordsNative hippocampal ion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.12
零角强度 I(0) i0676607000.00
分子量 molecular_weight234760.0 kDa
排除体积 excluded_volume301530 ų
包络体积 envelope_volume422790 ų
水化壳体积 shell_volume77003 ų
包络直径 envelope_diameter154.2
壳层 Rg shell_rg50.34
包络 Rg envelope_rg44.55
形状 Rg shape_rg45.14
总 Rg total_rg45.31
总原子数 total_atoms16558
残基数 n_residues2222
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.4
Rg (实空间) rg_real45.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13
I(0) (实空间) i0_real6.7660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.78
I(0) (倒空间) i0_reciprocal676700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6800
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.7
偏度 Skewness skewness0.217
峰度 Kurtosis kurtosis-0.402
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha71570000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.771

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id7lepB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id7lepD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id7lepG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id7lepH01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)