7m3s

The internal aldimine form of the wild-type Salmonella Typhimurium Tryptophan Synthase in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzoyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F6F) inhibitor at the alpha-and beta-site, sodium ion at the metal coordination site, and another F6F molecule at the enzyme beta-site at 1.55 Angstrom resolution. One of the beta-Q114 rotamer conformations allows a hydrogen bond to form with the PLP oxygen at the position 3 in the ring

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)

UniProt P00929

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–268 未记录 Tryptophan synthase beta chain × 1 (P0A2K1) F6F 2-{[4-(TRIFLUOROMETHOXY)BENZOYL]AMINO}ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 CL CHLORIDE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;298 K;50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 2 mM Spermine, pH 7.8 分辨率 1.55 Å R-free 0.201
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–268 未记录 Tryptophan synthase beta chain × 2 (P0A2K1) F6F 2-{[4-(TRIFLUOROMETHOXY)BENZOYL]AMINO}ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 CL CHLORIDE ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;298 K;50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 2 mM Spermine, pH 7.8 分辨率 1.55 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 112 个其他 PDB 条目、114 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPA_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268

Tryptophan synthase beta chain

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)

UniProt P0A2K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–397 未记录 Tryptophan synthase alpha chain × 1 (P00929) F6F 2-{[4-(TRIFLUOROMETHOXY)BENZOYL]AMINO}ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 CL CHLORIDE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;298 K;50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 2 mM Spermine, pH 7.8 分辨率 1.55 Å R-free 0.201
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–397 未记录 Tryptophan synthase alpha chain × 2 (P00929) F6F 2-{[4-(TRIFLUOROMETHOXY)BENZOYL]AMINO}ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 CL CHLORIDE ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;298 K;50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 2 mM Spermine, pH 7.8 分辨率 1.55 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 119 个其他 PDB 条目、121 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPB_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–397; UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7m3s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7m3s
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7m3s
沉积日期 deposition_date2021-03-18
结构标题 titleThe internal aldimine form of the wild-type Salmonella Typhimurium Tryptophan Synthase in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzoyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F6F) inhibitor at the alpha-and beta-site, sodium ion at the metal coordination site, and another F6F molecule at the enzyme beta-site at 1.55 Angstrom resolution. One of the beta-Q114 rotamer conformations allows a hydrogen bond to form with the PLP oxygen at the position 3 in the ring
关键词 keywordsinhibitor, internal aldimine form, LYASE, LYASE-LYASE INHIBITOR complex; LYASE/LYASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.42
零角强度 I(0) i084072900.00
分子量 molecular_weight71507.0 kDa
排除体积 excluded_volume89209 ų
包络体积 envelope_volume102410 ų
水化壳体积 shell_volume32390 ų
包络直径 envelope_diameter93.9
壳层 Rg shell_rg33.96
包络 Rg envelope_rg26.74
形状 Rg shape_rg26.41
总 Rg total_rg27.18
总原子数 total_atoms5014
残基数 n_residues661
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.6
Rg (实空间) rg_real27.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real8.4070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal84070000.0000
解质量估计 total_estimate0.6674
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.4
偏度 Skewness skewness0.464
峰度 Kurtosis kurtosis-0.239
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30430000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.786; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.127; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.950

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)