7n43

Alpha-conotoxin OmIA with unusual pharmacological properties at alpha7 nicotinic receptors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

Lymnaea stagnalis

UniProt P58154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–229 链 B; UniProt 20–229 链 C; UniProt 20–229 链 D; UniProt 20–229 链 E; UniProt 20–229 未记录 Alpha-conotoxin OmIA × 5 (P0C1R7) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.2 M ammonium sulfate, 5% PEG4000 and 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6 分辨率 2.47 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHP_LYMST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–210; UniProt 20–229 作者链 B; PDB构建体 1–210; UniProt 20–229 作者链 C; PDB构建体 1–210; UniProt 20–229 作者链 D; PDB构建体 1–210; UniProt 20–229 作者链 E; PDB构建体 1–210; UniProt 20–229

Alpha-conotoxin OmIA

物种未注明

UniProt P0C1R7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–17 链 G; UniProt 1–17 链 H; UniProt 1–17 链 I; UniProt 1–17 链 J; UniProt 1–17 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Acetylcholine-binding protein × 5 (P58154) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.2 M ammonium sulfate, 5% PEG4000 and 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6 分辨率 2.47 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CA1A_CONOM
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–17; UniProt 1–17 作者链 G; PDB构建体 1–17; UniProt 1–17 作者链 H; PDB构建体 1–17; UniProt 1–17 作者链 I; PDB构建体 1–17; UniProt 1–17 作者链 J; PDB构建体 1–17; UniProt 1–17

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7n43

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7n43
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7n43
沉积日期 deposition_date2021-06-03
结构标题 titleAlpha-conotoxin OmIA with unusual pharmacological properties at alpha7 nicotinic receptors
关键词 keywordsAlpha-conotoxin, Acetylcholine-binding protein, CHOLINE-BINDING PROTEIN; CHOLINE-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.19
零角强度 I(0) i0262892000.00
分子量 molecular_weight124080.0 kDa
排除体积 excluded_volume153170 ų
包络体积 envelope_volume193520 ų
水化壳体积 shell_volume50422 ų
包络直径 envelope_diameter94.3
壳层 Rg shell_rg39.75
包络 Rg envelope_rg29.49
形状 Rg shape_rg30.17
总 Rg total_rg31.09
总原子数 total_atoms8722
残基数 n_residues1104
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.6
Rg (实空间) rg_real31.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real2.6290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.78
I(0) (倒空间) i0_reciprocal262900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9067
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.8
偏度 Skewness skewness-0.105
峰度 Kurtosis kurtosis-0.646
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha52250000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.919

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)