7noz

Structure of the nanobody stablized properdin bound alternative pathway proconvertase C3b:FB:FP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 227.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C3 beta chain

物种未注明

UniProt P01024

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 8 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–667 链 B; UniProt 752–1663 未记录 Properdin × 1 (P27918) Properdin × 1 (P27918) Complement factor B × 1 (P00751) hFPNb1 nanobody × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.05 M Na-acetate pH 5.3, 0.1 M Mg-formate,7% PEG5000 MME 分辨率 3.90 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、117 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CO3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–645; UniProt 23–667 作者链 B; PDB构建体 1–912; UniProt 752–1663

Properdin

Homo sapiens

UniProt P27918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 8 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 28–190 链 D; UniProt 255–461 未记录 Complement C3 beta chain × 1 (P01024) Complement C3 alpha chain × 1 (P01024) Complement factor B × 1 (P00751) hFPNb1 nanobody × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.05 M Na-acetate pH 5.3, 0.1 M Mg-formate,7% PEG5000 MME 分辨率 3.90 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PROP_HUMAN
Isoform
PDB实体 3, 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–163; UniProt 28–190 作者链 D; PDB构建体 1–207; UniProt 255–461

Complement factor B

Homo sapiens

UniProt P00751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 8 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 35–764 突变:D279G Complement C3 beta chain × 1 (P01024) Complement C3 alpha chain × 1 (P01024) Properdin × 1 (P27918) Properdin × 1 (P27918) hFPNb1 nanobody × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.05 M Na-acetate pH 5.3, 0.1 M Mg-formate,7% PEG5000 MME 分辨率 3.90 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CFAB_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–730; UniProt 35–764

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7noz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7noz
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7noz
沉积日期 deposition_date2021-02-26
结构标题 titleStructure of the nanobody stablized properdin bound alternative pathway proconvertase C3b:FB:FP
关键词 keywordsprotease, complement, cascade, proconvertase, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier60.31
回转半径 Rg (电子) rg_electron60.97
零角强度 I(0) i01453690000.00
分子量 molecular_weight313280.0 kDa
排除体积 excluded_volume390380 ų
包络体积 envelope_volume630660 ų
水化壳体积 shell_volume94124 ų
包络直径 envelope_diameter259.5
壳层 Rg shell_rg54.40
包络 Rg envelope_rg62.95
形状 Rg shape_rg60.91
总 Rg total_rg61.00
总原子数 total_atoms21992
残基数 n_residues2754
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax227.6
Rg (实空间) rg_real61.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.00
I(0) (实空间) i0_real1.4520e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal59.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1449000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7987
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary61.3
偏度 Skewness skewness0.793
峰度 Kurtosis kurtosis0.354
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0169
最高正则化参数 α highest_alpha112700000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.520; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.873

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id7nozB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology130 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id7nozB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7nozB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id7nozB04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id7nozC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology100 — TSP-1 type 1 repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
结构域编号 domain_id7nozR01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)