7p1n

Crystal structure of human acetylcholinesterase in complex with (2R,3R,4S,5S,6R)-2-{4-[1-(4-{5-hydroxy-6-[(E)-(hydroxyimino)methyl]pyridin-2-yl}butyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl]butoxy}-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol oxime

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 131.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholinesterase

Homo sapiens

UniProt P22303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 3 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 293–574 链 B; UniProt 293–574 链 aa; UniProt 33–289 链 bb; UniProt 33–289 未记录 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 4J1 (2R,3R,4S,5S,6R)-2-[4-[1-[4-[6-[(Z)-hydroxyiminomethyl]-5-oxidanyl-pyridin-2-yl]butyl]-1,2,3-triazol-4-yl]butoxy]-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol × 2 SO4 SULFATE ION × 13 CL CHLORIDE ION × 26 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.5 M LiSO4, 100 mM HEPES pH7, 60 mM MgSO4 分辨率 2.95 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 77 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 aa; PDB构建体 1–257; UniProt 33–289 作者链 bb; PDB构建体 1–257; UniProt 33–289 作者链 A; PDB构建体 1–282; UniProt 293–574 作者链 B; PDB构建体 1–282; UniProt 293–574

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7p1n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7p1n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7p1n
沉积日期 deposition_date2021-07-02
结构标题 titleCrystal structure of human acetylcholinesterase in complex with (2R,3R,4S,5S,6R)-2-{4-[1-(4-{5-hydroxy-6-[(E)-(hydroxyimino)methyl]pyridin-2-yl}butyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl]butoxy}-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol oxime
关键词 keywordscholinesterase, glucoconjugated oximes, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.94
零角强度 I(0) i0234246000.00
分子量 molecular_weight122770.0 kDa
排除体积 excluded_volume152620 ų
包络体积 envelope_volume190180 ų
水化壳体积 shell_volume43284 ų
包络直径 envelope_diameter139.6
壳层 Rg shell_rg42.27
包络 Rg envelope_rg37.75
形状 Rg shape_rg37.92
总 Rg total_rg38.26
总原子数 total_atoms8620
残基数 n_residues1069
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.4
Rg (实空间) rg_real38.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.59
I(0) (实空间) i0_real2.3420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal234200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8125
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.4
偏度 Skewness skewness0.498
峰度 Kurtosis kurtosis-0.505
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha74490000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.605; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.839; Smooth: 0.907

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)