7p27

NMR solution structure of Chikungunya virus macro domain

Method: SOLUTION NMR Dmax: 45.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyprotein P1234

Chikungunya virus (strain S27-African prototype)

UniProt Q8JUX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1334–1493 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 1 NMR样品组成:0.6 mM [U-99% 15N] Chikungunya virus macro domain, 20 mM no sodium chloride, 10 mM no HEPES, 2 mM no DTT, 2 mM no EDTA, 0.25 mM no DSS, 10 % no D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Chikungunya virus macro domain, 20 mM no sodium chloride, 10 mM no HEPES, 2 mM no DTT, 2 mM no EDTA, 0.25 mM no DSS, 10 % no D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.3 mM no Chikungunya virus macro domain, 20 mM no sodium chloride, 2 mM no HEPES, 2 mM no DTT, 2 mM no EDTA, 0.25 mM no DSS, 10 % no D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 163 个其他 PDB 条目、604 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLN_CHIKS
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 9–168; UniProt 1334–1493

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7p27

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7p27
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7p27
沉积日期 deposition_date2021-07-04
结构标题 titleNMR solution structure of Chikungunya virus macro domain
关键词 keywordsCHIKV, macro domain, viral replication, ADP-ribose, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.11
零角强度 I(0) i01975880000.00
分子量 molecular_weight368000.0 kDa
排除体积 excluded_volume456690 ų
包络体积 envelope_volume36653 ų
水化壳体积 shell_volume18049 ų
包络直径 envelope_diameter52.2
壳层 Rg shell_rg23.19
包络 Rg envelope_rg16.80
形状 Rg shape_rg15.08
总 Rg total_rg15.33
总原子数 total_atoms51324
残基数 n_residues3360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.1
Rg (实空间) rg_real15.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.17
I(0) (实空间) i0_real1.9760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1976000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8288
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.7
偏度 Skewness skewness-0.002
峰度 Kurtosis kurtosis-0.512
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha793400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)