7pe6

Crystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-binding protein (Ls-AChBP) Q55R/M114V double mutant complexed with Flupyrimin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

Lymnaea stagnalis

UniProt P58154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 AaA; UniProt 21–229 链 BaB; UniProt 21–229 链 CaC; UniProt 21–229 链 DaD; UniProt 21–229 链 EaE; UniProt 21–229 突变:Q55R, N66D, M114V 7OF (~{N}~{E})-~{N}-[1-[(6-chloranylpyridin-3-yl)methyl]pyridin-2-ylidene]-2,2,2-tris(fluoranyl)ethanamide × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;14-18% PEG3350, 0.1-0.25M diammonium hydrogen citrate, 15% glycerol 分辨率 2.01 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHP_LYMST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AaA; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 BaB; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 CaC; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 DaD; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229 作者链 EaE; PDB构建体 2–210; UniProt 21–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7pe6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7pe6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7pe6
沉积日期 deposition_date2021-08-09
结构标题 titleCrystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-binding protein (Ls-AChBP) Q55R/M114V double mutant complexed with Flupyrimin
关键词 keywordsAcetylcholine, protein, insecticide, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.64
零角强度 I(0) i0219031000.00
分子量 molecular_weight114670.0 kDa
排除体积 excluded_volume142320 ų
包络体积 envelope_volume182700 ų
水化壳体积 shell_volume48561 ų
包络直径 envelope_diameter94.8
壳层 Rg shell_rg39.07
包络 Rg envelope_rg28.99
形状 Rg shape_rg29.63
总 Rg total_rg30.54
总原子数 total_atoms8083
残基数 n_residues998
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.2
Rg (实空间) rg_real31.13
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real2.1900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal219100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9042
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.6
偏度 Skewness skewness-0.103
峰度 Kurtosis kurtosis-0.607
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha57330000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.948

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)