7pjf

Inhibiting parasite proliferation using a rationally designed anti-tubulin agent

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 121.0 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–451	未记录	Tubulin beta-3 chain × 1 （Q13509） Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；100 mM Bis-TrisMethane, pH 5.5, supplemented with 200 mM ammonium sulfate and 25% PEG3350	分辨率 1.86 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7PJF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2E4H Solution structure of cytoskeletal protein in complex with tubulin tail 提交 2006-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 416–451（36 aa）片段：C-tail, residues 416-451	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；303 K；压力 ambient NMR样品组成 0.9mM U-15N,13C CLIP: Nonlabel tubulin; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9mM U-15N CLIP: Nonlabel tubulin; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9mM U-15N,13C tubulin: Nonlabel CLIP; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9mM U-15N tubulin: Nonlabel CLIP; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5IJ0 Cryo EM density of microtubule assembled from human TUBB3 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–437（437 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5IJ9 Cryo EM density of microtubule assembled from human TUBB3-D417H mutant 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–437（437 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
5N5N Cryo-EM structure of tsA201 cell alpha1B and betaI and betaIVb microtubules 提交 2017-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 1–437（437 aa）链 H 1–437（437 aa）链 I 1–437（437 aa）链 J 1–437（437 aa）链 K 1–437（437 aa）链 L 1–437（437 aa）	未记录	G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 12 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；BRB80 with GMPCPP (80mM PIPES, 2mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT, 1mM GMPCPP) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6E7B 13-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules 提交 2018-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–437（437 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6E7C 14-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta2B microtubules 提交 2018-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–437（437 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
6I2I Refined 13pf Hela Cell Tubulin microtubule (EML4-NTD decorated) 提交 2018-11-01	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 TA1 TAXOL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；25mM PIPES, 1.5mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT, 30mM NaCl,1mM GMPCPP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6J4V Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 431–451（21 aa）	突变：E450C	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.2；293 K；For crystallization of V2c-SVBP C58S in complex with the maTail peptide the components were mixed in a 1:3 molar ratio and incubated at room temperature for 24 h before setting up crystallization trials. The resulting V2c-SVBP S58C-maTail complex was crystallized in 1.4 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2.	分辨率 2.10 Å R-free 0.200
6QUS HsCKK (human CAMSAP1) decorated 13pf taxol-GDP microtubule 提交 2019-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 O 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 TA1 TAXOL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；BRB20 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6QUY NgCKK (N.Gruberi CKK) decorated 13pf taxol-GDP microtubule 提交 2019-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 TA1 TAXOL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；BRB20 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6QVE NgCKK (Naegleria Gruberi CKK) decorated 14pf taxol-GDP microtubule 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 TA1 TAXOL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；BRB20 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6QVJ HsCKK (human CAMSAP1) decorated 14pf taxol-GDP microtubule 提交 2019-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 O 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 TA1 TAXOL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；BRB20 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6S8L Structure, Thermodynamics, and Kinetics of Plinabulin Binding to two Tubulin Isotypes 提交 2019-07-10	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PN6 (3Z,6Z)-3-benzylidene-6-[(5-tert-butyl-1H-imidazol-4-yl)methylidene]piperazine-2,5-dione × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Bis-TrisMethane, pH 5.5, supplemented with 200 mM ammonium sulfate and 25% PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.266
7LXB HeLa-tubulin in complex with cryptophycin 52 提交 2021-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 G 1–451（451 aa）链 I 1–451（451 aa）链 K 1–451（451 aa）链 M 1–451（451 aa）链 O 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 YGY Cryptophycin 52 × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
7M18 HeLa-tubulin in complex with cryptophycin 1 提交 2021-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 G 1–451（451 aa）链 I 1–451（451 aa）链 K 1–451（451 aa）链 M 1–451（451 aa）链 O 1–451（451 aa）	未记录	YNP Cryptophycin 1 × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
7M20 18-mer HeLa-tubulin rings in complex with Cryptophycin 1 提交 2021-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 G 1–451（451 aa）链 I 1–451（451 aa）链 K 1–451（451 aa）链 M 1–451（451 aa）链 O 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 YNP Cryptophycin 1 × 9 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
7SJ7 Undecorated 13pf wildtype microtubule from recombinant human tubulin 提交 2021-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 J 1–451（451 aa）链 K 1–451（451 aa）链 L 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7SJ8 13pf wildtype microtubule from recombinant human tubulin decorated with kinesin 提交 2021-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 J 1–451（451 aa）链 K 1–451（451 aa）链 L 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；30 second adsorption time onto grid. blot force 15, 4 second blot time, 37 degrees, and 100 percent humidity. 0.5 second drain time.	分辨率 3.60 Å
7SJ9 13pf E254A microtubule from recombinant human tubulin decorated with EB3 提交 2021-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 J 1–451（451 aa）链 K 1–451（451 aa）链 L 1–451（451 aa）	突变：E254A 突变：E254A 突变：E254A 突变：E254A 突变：E254A 突变：E254A	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7SJA Undecorated 13pf E254N microtubule from recombinant human tubulin 提交 2021-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 J 1–451（451 aa）链 K 1–451（451 aa）链 L 1–451（451 aa）	突变：E254N 突变：E254N 突变：E254N 突变：E254N 突变：E254N 突变：E254N	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7Z6S MATCAP bound to a human 14 protofilament microtubule 提交 2022-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 A 1–451（451 aa）链 K 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7ZCW Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8T42 Model of TTLL6 MTBH1-2 bound to microtubule 提交 2023-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–451（451 aa）链 F 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was blotted with Whatman #5 blotting paper on both sides of the grid for 3 s with a blot offset of -1 using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific) with a chamber set to 30C at 100% humidity and subsequently plunged into liquid ethane.	分辨率 3.60 Å
8U3Z Model of TTLL6 bound to microtubule from composite map 提交 2023-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–451（451 aa）链 F 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8V2J Structure of alpha1B and betaI/IVb microtubule bound to GDP 提交 2023-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–451（451 aa）链 D 1–451（451 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；5 ul of microtubules were applied to glow-discharged cryo-EM grid and allowed to absorb for 30 sec.	分辨率 2.90 Å
8VA2 Symmetry expanded map of 2 gamma-tubulins bound to 2 alpha tubulins in gamma tubulin ring complex capped microtubule end. 提交 2023-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 a 1–451（451 aa）链 b 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
8VRJ Rigid body fitted model for gamma tubulin ring complex capped microtubule 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 1 1–451（451 aa）链 O 1–451（451 aa）链 P 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D 突变：E254D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
8VRK Rigid body fitted model for refined density map of gamma tubulin ring complex capped microtubule 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 1 1–451（451 aa）链 O 1–451（451 aa）链 P 1–451（451 aa）链 Q 1–451（451 aa）链 R 1–451（451 aa）链 S 1–451（451 aa）链 T 1–451（451 aa）链 U 1–451（451 aa）链 V 1–451（451 aa）链 W 1–451（451 aa）链 X 1–451（451 aa）链 Y 1–451（451 aa）链 Z 1–451（451 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.50 Å
8VT7 Structure of the gamma tubulin ring complex nucleated microtubule protofilament. 提交 2024-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–451（451 aa）链 J 1–451（451 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.66 Å
9BP6 Structure of alpha1B and betaI/IVb microtubule bound to GMPCPP 提交 2024-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–451（451 aa）链 I 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Double-cycled GMPCPP microtubules were diluted to 2.5uM in Brb80 buffer. 5 ul of microtubules were applied to glow-discharged cryo-EM grid and allowed to absorb for 30 sec.	分辨率 3.10 Å
9CMM Two protofilament structure of alpha1B and betaI/IVb microtubule bound to GMPCPP 提交 2024-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 E 1–451（451 aa）链 I 1–451（451 aa）	未记录	G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Double-cycled GMPCPP microtubules were diluted to 2.5uM in Brb80 buffer. 5 ul of microtubules were applied to glow-discharged cryo-EM grid and allowed to absorb for 30 sec.	分辨率 3.10 Å
9COC Two protofilament structure of alpha1B and betaI/IVb microtubule bound to GDP 提交 2024-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）链 D 1–451（451 aa）链 I 1–451（451 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；5 ul of microtubules were applied to glow-discharged electron microscopy grids and allowed to absorb for 30 sec.	分辨率 2.90 Å
9F3B Undecorated 13pf E254Q microtubule from recombinant human tubulin 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 1–42（42 aa）链 A 47–441（395 aa）链 C 1–42（42 aa）链 C 47–441（395 aa）链 E 1–42（42 aa）链 E 47–441（395 aa）链 G 1–42（42 aa）链 G 47–441（395 aa）链 I 1–42（42 aa）链 I 47–441（395 aa）链 K 1–42（42 aa）链 K 47–441（395 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9F3H Undecorated 13pf mosaic 20%E254Q - 80% E254QN microtubule from recombinant human tubulin 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 47–441（395 aa）链 C 47–441（395 aa）链 E 47–441（395 aa）链 G 47–441（395 aa）链 I 47–441（395 aa）链 K 47–441（395 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9F3R 13pf E254Q microtubule from recombinant human tubulin decorated with EB3 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 A 1–42（42 aa）链 A 47–441（395 aa）链 C 1–42（42 aa）链 C 47–441（395 aa）链 E 1–42（42 aa）链 E 47–441（395 aa）链 G 1–42（42 aa）链 G 47–441（395 aa）链 I 1–42（42 aa）链 I 47–441（395 aa）链 K 1–42（42 aa）链 K 47–441（395 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9F3S 13pf mosaic 20%E254Q - 80% E254N microtubule from recombinant human tubulin decorated with EB3 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 A 1–42（42 aa）链 A 47–441（395 aa）链 C 1–42（42 aa）链 C 47–441（395 aa）链 E 1–42（42 aa）链 E 47–441（395 aa）链 G 1–42（42 aa）链 G 47–441（395 aa）链 I 1–42（42 aa）链 I 47–441（395 aa）链 K 1–42（42 aa）链 K 47–441（395 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9HQ4 TTLL11 bound to microtubule 提交 2024-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–451（451 aa）链 C 1–451（451 aa）	未记录	G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 TA1 TAXOL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；40 mM Tris-HCl, pH 7.0, 1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 % glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9SMX CM1-activated gTuRC in complex with nascent alpha-E254D mutant microtubules 提交 2025-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric	链 BA 1–451（451 aa）链 CA 1–451（451 aa）链 DA 1–451（451 aa）链 EA 1–451（451 aa）链 FA 1–451（451 aa）链 GA 1–451（451 aa）链 HA 1–451（451 aa）链 IA 1–451（451 aa）链 JA 1–451（451 aa）链 KA 1–451（451 aa）链 LA 1–451（451 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å

共 38 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	TBA1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–451； UniProt 1–451

Tubulin beta-3 chain

Homo sapiens

UniProt Q13509

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–450	未记录	Tubulin alpha-1B chain × 1 （P68363） Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1 × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；100 mM Bis-TrisMethane, pH 5.5, supplemented with 200 mM ammonium sulfate and 25% PEG3350	分辨率 1.86 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7PJF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
22AJ GDP human alpha1A/beta3 S239C microtubule 提交 2026-01-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–450（450 aa）	突变：S239C	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.48 Å
22AK GDP human alpha1A/beta3 microtubule 提交 2026-01-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–450（450 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.41 Å
5IJ0 Cryo EM density of microtubule assembled from human TUBB3 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–426（426 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5IJ9 Cryo EM density of microtubule assembled from human TUBB3-D417H mutant 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–426（426 aa）	突变：D417H	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
5JCO Structure and dynamics of single-isoform recombinant neuronal human tubulin 提交 2016-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–426（426 aa）链 D 1–426（426 aa）链 I 1–426（426 aa）链 J 1–426（426 aa）链 K 1–426（426 aa）链 L 1–426（426 aa）	未记录	G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 12 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6E7B 13-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules 提交 2018-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–426（426 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6S8L Structure, Thermodynamics, and Kinetics of Plinabulin Binding to two Tubulin Isotypes 提交 2019-07-10	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PN6 (3Z,6Z)-3-benzylidene-6-[(5-tert-butyl-1H-imidazol-4-yl)methylidene]piperazine-2,5-dione × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Bis-TrisMethane, pH 5.5, supplemented with 200 mM ammonium sulfate and 25% PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.266
6WSL Cryo-EM structure of VASH1-SVBP bound to microtubules 提交 2020-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7LXB HeLa-tubulin in complex with cryptophycin 52 提交 2021-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 H 1–450（450 aa）链 J 1–450（450 aa）链 L 1–450（450 aa）链 N 1–450（450 aa）链 P 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 YGY Cryptophycin 52 × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
7M18 HeLa-tubulin in complex with cryptophycin 1 提交 2021-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 H 1–450（450 aa）链 J 1–450（450 aa）链 L 1–450（450 aa）链 N 1–450（450 aa）链 P 1–450（450 aa）	未记录	YNP Cryptophycin 1 × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
7M20 18-mer HeLa-tubulin rings in complex with Cryptophycin 1 提交 2021-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 H 1–450（450 aa）链 J 1–450（450 aa）链 L 1–450（450 aa）链 N 1–450（450 aa）链 P 1–450（450 aa）链 R 1–450（450 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 YNP Cryptophycin 1 × 9 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
7SJ7 Undecorated 13pf wildtype microtubule from recombinant human tubulin 提交 2021-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 G 1–450（450 aa）链 H 1–450（450 aa）链 I 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7SJ8 13pf wildtype microtubule from recombinant human tubulin decorated with kinesin 提交 2021-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 G 1–450（450 aa）链 H 1–450（450 aa）链 I 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；30 second adsorption time onto grid. blot force 15, 4 second blot time, 37 degrees, and 100 percent humidity. 0.5 second drain time.	分辨率 3.60 Å
7SJ9 13pf E254A microtubule from recombinant human tubulin decorated with EB3 提交 2021-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 G 1–450（450 aa）链 H 1–450（450 aa）链 I 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7SJA Undecorated 13pf E254N microtubule from recombinant human tubulin 提交 2021-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 G 1–450（450 aa）链 H 1–450（450 aa）链 I 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7Z6S MATCAP bound to a human 14 protofilament microtubule 提交 2022-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 B 1–450（450 aa）链 H 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8VRJ Rigid body fitted model for gamma tubulin ring complex capped microtubule 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 2 1–450（450 aa）链 o 1–450（450 aa）链 p 1–450（450 aa）链 q 1–450（450 aa）链 r 1–450（450 aa）链 s 1–450（450 aa）链 t 1–450（450 aa）链 u 1–450（450 aa）链 v 1–450（450 aa）链 w 1–450（450 aa）链 x 1–450（450 aa）链 y 1–450（450 aa）链 z 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
8VRK Rigid body fitted model for refined density map of gamma tubulin ring complex capped microtubule 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 2 1–450（450 aa）链 o 1–450（450 aa）链 p 1–450（450 aa）链 q 1–450（450 aa）链 r 1–450（450 aa）链 s 1–450（450 aa）链 t 1–450（450 aa）链 u 1–450（450 aa）链 v 1–450（450 aa）链 w 1–450（450 aa）链 x 1–450（450 aa）链 y 1–450（450 aa）链 z 1–450（450 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.50 Å
8VT7 Structure of the gamma tubulin ring complex nucleated microtubule protofilament. 提交 2024-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.66 Å
9F3B Undecorated 13pf E254Q microtubule from recombinant human tubulin 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 N 1–450（450 aa）链 P 1–450（450 aa）链 R 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9F3H Undecorated 13pf mosaic 20%E254Q - 80% E254QN microtubule from recombinant human tubulin 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 N 1–450（450 aa）链 P 1–450（450 aa）链 R 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9F3R 13pf E254Q microtubule from recombinant human tubulin decorated with EB3 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 N 1–450（450 aa）链 P 1–450（450 aa）链 R 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9F3S 13pf mosaic 20%E254Q - 80% E254N microtubule from recombinant human tubulin decorated with EB3 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 B 1–450（450 aa）链 D 1–450（450 aa）链 F 1–450（450 aa）链 N 1–450（450 aa）链 P 1–450（450 aa）链 R 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9SMX CM1-activated gTuRC in complex with nascent alpha-E254D mutant microtubules 提交 2025-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric	链 BB 1–450（450 aa）链 CB 1–450（450 aa）链 DB 1–450（450 aa）链 EB 1–450（450 aa）链 FB 1–450（450 aa）链 GB 1–450（450 aa）链 HB 1–450（450 aa）链 IB 1–450（450 aa）链 JB 1–450（450 aa）链 KB 1–450（450 aa）链 LB 1–450（450 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å
9WD7 GMPCPP-stabilizsd human alpha1A/beta3 microtubule 提交 2025-08-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 b 1–450（450 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.34 Å
9WD9 GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 S239C microtubule 提交 2025-08-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 b 1–450（450 aa）	突变：S239C	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.26 Å
9WDA Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule 提交 2025-08-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 b 1–450（450 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.35 Å
9WDB Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 S239C microtubule 提交 2025-08-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 b 1–450（450 aa）	突变：S239c	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 TA1 TAXOL × 1 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.39 Å

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBB3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–450； UniProt 1–450

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pjf
沉积日期 deposition_date	2021-08-24
结构标题 title	Inhibiting parasite proliferation using a rationally designed anti-tubulin agent
关键词 keywords	Tubulin, Microtubules, Protozoa, Apicomplexa, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.93 Å
零角强度 I(0) i0	198813000.00
分子量 molecular_weight	111020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137750 Å³
包络体积 envelope_volume	166820 Å³
水化壳体积 shell_volume	42612 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.91 Å
包络 Rg envelope_rg	34.34 Å
形状 Rg shape_rg	33.94 Å
总 Rg total_rg	34.25 Å
总原子数 total_atoms	7794
残基数 n_residues	1002
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	198800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7455
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.625
峰度 Kurtosis kurtosis	0.027
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.644; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.759; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1B chain
分子量 formula_weight	50204.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8262

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta-3 chain
分子量 formula_weight	50481.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPSGNYVGDSDLQLERISVYYNEASSHKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGAFGHLFRPDNFIFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKECENCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKVREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSIHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLATPTYGDLNHLVSATMSGVTTSLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTARGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVATVFRGRMSMKEVDEQMLAIQSKNSSYFVEWIPNNVKVAVCDIPPRGLKMSSTFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEEGEMYEDDEEESEAQGPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
分子量 formula_weight	16662.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

DLGKKLLEAARAGQDDEVRILMANGADVNATDASGLTPLHLAATYGHLEIVEVLLKHGADVNAIDIMGSTPLHLAALIGHLEIVEVLLKHGADVNAVDTWGDTPLHLAAIMGHLEIVEVLLKHGADVNAQDKFGKTAFDISIDNGNEDLAEILQKLN

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	438

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	7pjfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	7pjfA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	7pjfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	7pjfB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	7pjfB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	73.784 Å
晶胞边长 b length_b	91.312 Å
晶胞边长 c length_c	82.657 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.862 Å
最低分辨率 resolution_low	45.660 Å
R 因子 r_factor	0.1855
R_work r_work	0.1837
R_free r_free	0.2185

fit	/app/data/saxs_computation/pj/7pjf/7pjf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pj/7pjf/7pjf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pj/7pjf/7pjf.dat

Inhibiting parasite proliferation using a rationally designed anti-tubulin agent

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tubulin beta-3 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)