SAXSdb — 7pm1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin light chain 6B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Unconventional myosin-Va × 1 （Q02440） Actin, alpha skeletal muscle × 1 （P68135） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 Jasplakinolide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYL6B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–151； UniProt 59–208

Unconventional myosin-Va

Gallus gallus

UniProt Q02440

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Myosin light chain 6B × 1 （P14649） Actin, alpha skeletal muscle × 1 （P68135） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 Jasplakinolide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYO5A_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–792； UniProt 1–792

Actin, alpha skeletal muscle

物种未注明

UniProt P68135

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Myosin light chain 6B × 1 （P14649） Unconventional myosin-Va × 1 （Q02440） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 Jasplakinolide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACTS_RABIT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pm1
沉积日期 deposition_date	2021-09-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, young JASP-stabilized F-actin, class 2)
关键词 keywords	Motor protein, myosin, cytoskeleton, F-actin, jasplakinolide; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7pm1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7pm1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7pm1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.32 Å
Rg（电子密度）	44.83 Å
总 Rg	44.95 Å
原子数	10169
残基数	1260
排除体积	181550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7pm1__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Myosin light chain 6B
分子量 formula_weight	17090.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	10169

MIEFNKDQLEEFKEAFELFDRVGDGKILYSQCGDVMRALGQNPTNAEVLKVLGNPKSDELKSRRVDFETFLPMLQAVAKNRGQGTYEDYLEGFRVFDKEGNGKVMGAELRHVLTTLGEKMTEEEVETVLAGHEDSNGCINYEAFLKHILSV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Unconventional myosin-Va
分子量 formula_weight	91364.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MAASELYTKYARVWIPDPEEVWKSAELLKDYKPGDKVLQLRLEEGKDLEYCLDPKTKELPPLRNPDILVGENDLTALSYLHEPAVLHNLKVRFIDSKLIYTYCGIVLVAINPYEQLPIYGEDIINAYSGQNMGDMDPHIFAVAEEAYKQMARDERNQSIIVSGESGAGKTVSAKYAMRYFATVSGSASEANVEEKVLASNPIMESIGNAKTTRNDNSSRFGKYIEIGFDKRYRIIGANMRTYLLEKSRVVFQAEEERNYHIFYQLCASAALPEFKTLRLGNANYFHYTKQGGSPVIDGIDDAKEMVNTRQACTLLGISDSYQMGIFRILAGILHLGNVEFASRDSDSCAIPPKHDPLTIFCDLMGVDYEEMAHWLCHRKLATATETYIKPISKLHAINARDALAKHIYANLFNWIVDHVNKALHSTVKQHSFIGVLDIYGFETFEINSFEQFCINYANEKLQQQFNMHVFKLEQEEYMKEQIPWTLIDFYDNQPCINLIEAKMGVLDLLDEECKMPKGSDDTWAQKLYNTHLNKCALFEKPRLSNKAFIIKHFADKVEYQCEGFLEKNKDTVYEEQIKVLKSSKKFKLLPELFQDEEKAISPTSATPSGRVPLSRTPVKPAKARPGQTSKEHKKTVGHQFRNSLHLLMETLNATTPHYVRCIKPNDFKFPFTFDEKRAVQQLRACGVLETIRISAAGFPSRWTYQEFFSRYRVLMKQKDVLSDRKQTCKNVLEKLILDKDKYQFGKTKIFFRAGQVAYLEKIRADKLRAACIRIQKTIRGWLMRKKYMRMRR

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	42110.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	Jasplakinolide
分子量 formula_weight	709.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7pm1A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	530 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	107022

Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, young JASP-stabilized F-actin, class 2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin light chain 6B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Unconventional myosin-Va

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin, alpha skeletal muscle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pm1__assembly_1__model_1

7pm1__assembly_1__model_1 | I(q)

7pm1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the actomyosin-V complex in the rigor state (central 1er, young JASP-stabilized F-actin, class 2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin light chain 6B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Unconventional myosin-Va

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin, alpha skeletal muscle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pm1__assembly_1__model_1

7pm1__assembly_1__model_1 | I(q)

7pm1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)