SAXSdb — 7qe0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Helicase SKI2W

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–1246	未记录	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ; × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7QE0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7QDR Apo human SKI complex in the closed state 提交 2021-11-29	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1246（1246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
7QDS Apo human SKI complex in the open state 提交 2021-11-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1246（1246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
7QDY RNA-bound human SKI complex 提交 2021-12-01	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1246（1246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
7QDZ 80S-bound human SKI complex in the closed state 提交 2021-12-01	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1246（1246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.60 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 A 1–1246（1246 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 A 1–1246（1246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 A 1–1246（1246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 A 1–1246（1246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å
9G8Q 40S-bound human SKI238 complex in the open state (Gatekeeping module) 提交 2024-07-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1246（1246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
9G8R human SKI7-SKI238 complex in the open state 提交 2024-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–774（774 aa）链 A 1049–1246（198 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKIV2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1246； UniProt 1–1246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7qe0
沉积日期 deposition_date	2021-12-01
结构标题 title	80S-bound human SKI complex in the open state
关键词 keywords	multiprotein complex, RNA helicase, DExH-box helicase, ATPase, RNA binding, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.49 Å
零角强度 I(0) i0	186643000.00
分子量 molecular_weight	108670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135790 Å³
包络体积 envelope_volume	201590 Å³
水化壳体积 shell_volume	45732 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.4 Å
壳层 Rg shell_rg	42.65 Å
包络 Rg envelope_rg	36.76 Å
形状 Rg shape_rg	37.50 Å
总 Rg total_rg	37.82 Å
总原子数 total_atoms	7618
残基数 n_residues	958
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	186600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8615
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.290
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.686
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.352

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Helicase SKI2W
分子量 formula_weight	137913.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7618

MMETERLVLPPPDPLDLPLRAVELGCTGHWELLNLPGAPESSLPHGLPPCAPDLQQEAEQLFLSSPAWLPLHGVEHSARKWQRKTDPWSLLAVLGAPVPSDLQAQRHPTTGQILGYKEVLLENTNLSATTSLSLRRPPGPASQSLWGNPTQYPFWPGGMDEPTITDLNTREEAEEEIDFEKDLLTIPPGFKKGMDFAPKDCPTPAPGLLSLSCMLEPLDLGGGDEDENEAVGQPGGPRGDTVSASPCSAPLARASSLEDLVLKEASTAVSTPEAPEPPSQEQWAIPVDATSPVGDFYRLIPQPAFQWAFEPDVFQKQAILHLERHDSVFVAAHTSAGKTVVAEYAIALAQKHMTRTIYTSPIKALSNQKFRDFRNTFGDVGLLTGDVQLHPEASCLIMTTEILRSMLYSGSDVIRDLEWVIFDEVHYINDVERGVVWEEVLIMLPDHVSIILLSATVPNALEFADWIGRLKRRQIYVISTVTRPVPLEHYLFTGNSSKTQGELFLLLDSRGAFHTKGYYAAVEAKKERMSKHAQTFGAKQPTHQGGPAQDRGVYLSLLASLRTRAQLPVVVFTFSRGRCDEQASGLTSLDLTTSSEKSEIHLFLQRCLARLRGSDRQLPQVLHMSELLNRGLGVHHSGILPILKEIVEMLFSRGLVKVLFATETFAMGVNMPARTVVFDSMRKHDGSTFRDLLPGEYVQMAGRAGRRGLDPTGTVILLCKGRVPEMADLHRMMMGKPSQLQSQFRLTYTMILNLLRVDALRVEDMMKRSFSEFPSRKDSKAHEQALAELTKRLGALEEPDMTGQLVDLPEYYSWGEELTETQHMIQRRIMESVNGLKSLSAGRVVVVKNQEHHNALGVILQVSSNSTSRVFTTLVLCDKPLSQDPQDRGPATAEVPYPDDLVGFKLFLPEGPCDHTVVKLQPGDMAAITTKVLRVNGEKILEDFSKRQQPKFKKDPPLAAVTTAVQELLRLAQAHPAGPPTLDPVNDLQLKDMSVVEGGLRARKLEELIQGAQCVHSPRFPAQYLKLRERMQIQKEMERLRFLLSDQSLLLLPEYHQRVEVLRTLGYVDEAGTVKLAGRVACAMSSHELLLTELMFDNALSTLRPEEIAALLSGLVCQSPGDAGDQLPNTLKQGIERVRAVAKRIGEVQVACGLNQTVEEFVGELNFGLVEVVYEWARGMPFSELAGLSGTPEGLVVRCIQRLAEMCRSLRGAARLVGEPVLGAKMETAATLLRRDIVFAASLYTQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	2710.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

UUUUUUUUU

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	76838

fit	/app/data/saxs_computation/qe/7qe0/7qe0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qe/7qe0/7qe0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qe/7qe0/7qe0.dat

80S-bound human SKI complex in the open state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Helicase SKI2W

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)