7qn9

Cryo-EM structure of human full-length extrasynaptic alpha4beta3delta GABA(A)R in complex with GABA, histamine and nanobody Nb25 in a pre-open/closed state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 123.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-4

Homo sapiens

UniProt P48169

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–554 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 × 3 (P28472) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit delta × 1 (O14764) Nanobody Nb25 × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 HSM HISTAMINE × 3 R16 HEXADECANE × 1 D10 DECANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRA4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–554; UniProt 1–554

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

Homo sapiens

UniProt P28472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–473 链 C; UniProt 1–473 链 D; UniProt 1–473 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-4 × 1 (P48169) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit delta × 1 (O14764) Nanobody Nb25 × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 HSM HISTAMINE × 3 R16 HEXADECANE × 1 D10 DECANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 94 个其他 PDB 条目、94 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–473; UniProt 1–473 作者链 C; PDB构建体 1–473; UniProt 1–473 作者链 D; PDB构建体 1–473; UniProt 1–473

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit delta

Homo sapiens

UniProt O14764

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–452 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-4 × 1 (P48169) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 × 3 (P28472) Nanobody Nb25 × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 HSM HISTAMINE × 3 R16 HEXADECANE × 1 D10 DECANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRD_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–452; UniProt 1–452

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7qn9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7qn9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7qn9
沉积日期 deposition_date2021-12-20
结构标题 titleCryo-EM structure of human full-length extrasynaptic alpha4beta3delta GABA(A)R in complex with GABA, histamine and nanobody Nb25 in a pre-open/closed state
关键词 keywordspentameric ligand-gated ion channel, neurotransmitter receptor, GABA receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.46
零角强度 I(0) i0670390000.00
分子量 molecular_weight222460.0 kDa
排除体积 excluded_volume282320 ų
包络体积 envelope_volume355740 ų
水化壳体积 shell_volume73945 ų
包络直径 envelope_diameter123.5
壳层 Rg shell_rg46.66
包络 Rg envelope_rg38.11
形状 Rg shape_rg38.50
总 Rg total_rg38.79
总原子数 total_atoms15686
残基数 n_residues1889
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.1
Rg (实空间) rg_real38.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01
I(0) (实空间) i0_real6.7040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal670500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8915
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.2
偏度 Skewness skewness0.165
峰度 Kurtosis kurtosis-0.444
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha105900000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.910

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7qn9L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7qn9M01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)