SAXSdb — 7ra0

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–120	未记录	2JI (5-ethyl-2-methyl-1H-indol-3-yl)acetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Sodium formate, 20% PEG 3350	分辨率 1.36 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7RA0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3ECI Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha isoform A (MAP1ALC3) 提交 2008-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；32 % PEG 4000, 0.1 M NA ACETATE, PH 4.50, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, CRYOPROTECTION 20% GLYCEROL, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.304
3ECI Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha isoform A (MAP1ALC3) 提交 2008-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；32 % PEG 4000, 0.1 M NA ACETATE, PH 4.50, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, CRYOPROTECTION 20% GLYCEROL, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.304
3WAL Crystal structure of human LC3A_2-121 提交 2013-05-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–121（120 aa）	未记录	MLT D-MALATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3WAN Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2013-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–121（120 aa）片段：UNP RESIDUES 436-447, 2-121 链 B 2–121（120 aa）片段：UNP RESIDUES 436-447, 2-121	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；12% MPD, 0.1M Sodium chloride, 0.1M Sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.77 Å R-free 0.227
4ZDV Crystal structure of LC3 in complex with FAM134B LIR 提交 2015-04-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–120（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% Tacsimate (Hampton Research) pH 8.0, 20% Poly ethylene glycol 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
5CX3 Crystal structure of FYCO1 LIR in complex with LC3A 提交 2015-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–121（121 aa）链 C 1–121（121 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
5CX3 Crystal structure of FYCO1 LIR in complex with LC3A 提交 2015-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–121（121 aa）链 D 1–121（121 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
5CX3 Crystal structure of FYCO1 LIR in complex with LC3A 提交 2015-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）链 C 1–121（121 aa）链 D 1–121（121 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–121（120 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–121（120 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–121（120 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–121（120 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
6TBE LC3A in complex with (3R,4S,5R,6R)-5-hydroxy-6-((4-hydroxy-3-(4-hydroxy-3-isopentylbenzamido)-8-methyl-2-oxo-2H-chromen-7-yl)oxy)-3-methoxy-2,2-dimethyltetrahydro-2H-pyran-4-yl carbamate 提交 2019-11-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–119（116 aa）	未记录	NOV NOVOBIOCIN × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M ammoniumnitrat and 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.67 Å R-free 0.212
7R9W LC3A in complex with Fragment 1-1 提交 2021-06-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	JO4 4-phenoxybenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Sodium formate, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.213
7R9Z LC3A in complex with Fragment 2-3 提交 2021-06-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	2LZ (5-fluoro-1H-indol-3-yl)acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Sodium formate, 20% PEG 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.218
8T2L Crystal structure of LC3A in complex with the LIR of NSs4 提交 2023-06-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）片段：GS is the remain of the removed expression tag. The N terminus of Nss has been fused with Q9H492 to facilitate the crystalization.	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M Na-citrate, 5% Isopropanol, 0.1M MES buffer PH 6.5	分辨率 2.24 Å R-free 0.276
8T2L Crystal structure of LC3A in complex with the LIR of NSs4 提交 2023-06-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–121（121 aa）片段：GS is the remain of the removed expression tag. The N terminus of Nss has been fused with Q9H492 to facilitate the crystalization.	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M Na-citrate, 5% Isopropanol, 0.1M MES buffer PH 6.5	分辨率 2.24 Å R-free 0.276
8T35 Crystal structure of K51 acetylated LC3A in complex with the LIR of TP53INP2/DOR 提交 2023-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG4000, 0.1M Na-citrate pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
8T36 Crystal structure of K49 acetylated LC3A in complex with the LIR of TP53INP2/DOR 提交 2023-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）片段：;GS is the remain of the removed expression tag. TP53INP2 Q8IXH6 peptide is fused to the N- terminal of the Q9H492 to facilitate the crystallization. ;	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% PEG3350, 0.1M Na-citrate, 5% isopropanol, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
8T4T Crystal structure of LC3A in complex with the LIR of TP53INP2/DOR 提交 2023-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12.5% PEG3350, 0.2M NH4-citrate, 5% isopropanol, 0.1M MES pH6.5	分辨率 2.36 Å R-free 0.272
8T4T Crystal structure of LC3A in complex with the LIR of TP53INP2/DOR 提交 2023-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12.5% PEG3350, 0.2M NH4-citrate, 5% isopropanol, 0.1M MES pH6.5	分辨率 2.36 Å R-free 0.272

共 13 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLP3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–122； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ra0
沉积日期 deposition_date	2021-06-29
结构标题 title	LC3A in complex with Fragment 2-10
关键词 keywords	mAtg8, autophagy, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.14 Å
零角强度 I(0) i0	3825810.00
分子量 molecular_weight	14025.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17728 Å³
包络体积 envelope_volume	20275 Å³
水化壳体积 shell_volume	12261 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.7 Å
壳层 Rg shell_rg	19.72 Å
包络 Rg envelope_rg	14.38 Å
形状 Rg shape_rg	14.14 Å
总 Rg total_rg	15.39 Å
总原子数 total_atoms	989
残基数 n_residues	115
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8260e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0340e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3826000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8938
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.088
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.442
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	688600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.983

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
分子量 formula_weight	14290.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1121

GSMPSDRPFKQRRSFADRCKEVQQIRDQHPSKIPVIIERYKGEKQLPVLDKTKFLVPDHVNMSELVKIIRRRLQLNPTQAFFLLVNQHSMVSVSTPIADIYEQEKDEDGFLYMVYASQETFG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(5-ethyl-2-methyl-1H-indol-3-yl)acetic acid
分子量 formula_weight	217.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	114

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	93.622 Å
晶胞边长 b length_b	93.622 Å
晶胞边长 c length_c	32.843 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.360 Å
最低分辨率 resolution_low	33.100 Å
R 因子 r_factor	0.1931
R_work r_work	0.1926
R_free r_free	0.2011

fit	/app/data/saxs_computation/ra/7ra0/7ra0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ra/7ra0/7ra0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ra/7ra0/7ra0.dat

LC3A in complex with Fragment 2-10

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction