SAXSdb — 7rxc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

Streptococcus sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Fab_8D3_2 heavy chain × 1 Fab_8D3_2 light chain × 1 Nb_KR × 1 ER lumen protein-retaining receptor 2 × 1 （Q5ZKX9） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A4Z0THX4_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–359； UniProt 27–384

Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

Streptococcus sp.

UniProt P06654

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Fab_8D3_2 heavy chain × 1 Fab_8D3_2 light chain × 1 Nb_KR × 1 ER lumen protein-retaining receptor 2 × 1 （Q5ZKX9） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPG1_STRSG
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 479–536； UniProt 295–352

Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

Streptococcus sp.

UniProt P99134

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Fab_8D3_2 heavy chain × 1 Fab_8D3_2 light chain × 1 Nb_KR × 1 ER lumen protein-retaining receptor 2 × 1 （Q5ZKX9） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPA_STAAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 360–467； UniProt 43–151

ER lumen protein-retaining receptor 2

Gallus gallus

UniProt Q5ZKX9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Fab_8D3_2 heavy chain × 1 Fab_8D3_2 light chain × 1 Nb_KR × 1 Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G × 1 （A0A4Z0THX4,P06654,P99134） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERD22_CHICK
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7rxc
沉积日期 deposition_date	2021-08-22
结构标题 title	CryoEM structure of KDELR with Legobody
关键词 keywords	protein A, maltose-binding protein, Fab, nanobody, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7rxc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7rxc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7rxc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.05 Å
Rg（电子密度）	43.36 Å
总 Rg	43.58 Å
原子数	9360
残基数	1178
排除体积	167840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7rxc__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab_8D3_2 heavy chain
分子量 formula_weight	25252.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	9360

DVQLVESGGGLVQPGKSLRLSCAASGFTFSNFGMHWVRQAPEMGLEWVAYISSGSTTKYYGDTVKGRFTISRDNPKNTLYLQMNSLRSEDTAMYYCARRPLYDGDYGYPMDYWGQGTSVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab_8D3_2 light chain
分子量 formula_weight	24095.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

NIMLTQSPSSLAVSAGERVTMSCKSTQSILYNSNQKTYLAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRASGVPDRFTGSGSGTDFTLTINSVQPEDLAVYYCHQYLSAWTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nb_KR
分子量 formula_weight	14698.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

QVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGFPVKRWSMTWYRQAPGKEREWVAAIRSAGHWTHYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNVKDEGDFSYWYDYWGQGTQVTVSSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
通用名 common_name	Alpaca, Lama pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
分子量 formula_weight	59233.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDQALAFAQILIMPNLTEEQRNGFIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNEHQAPKGGSGGAGSGDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAGGGSGGGSGGSAVTTYKLVINGKTLKGETTTKAVDAETAEKAFKQYANDNGVDGVWTYDDATKTFTVTEGSGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1306
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ER lumen protein-retaining receptor 2
分子量 formula_weight	30084.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNIFRLTGDLSHLAAIIILLLKIWKSRSCAGISGKSQLLFALVFTTRYLDLFTSFISLYNTSMKLIYIACSYATVYLIYMKFKATYDGNHDTFRVEFLIVPVGGLSFLVNHDFSPLEILWTFSIYLESVAILPQLFMISKTGEAETITTHYLFFLGLYRALYLVNWIWRYYFEGFFDLIAVVAGVVQTVLYCDFFYLYVTKVLKGKKLSLPAGSGGENLYFQSGGGMDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREP

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	7rxcB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	7rxcH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7rxcH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7rxcL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7rxcL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7rxcN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	246878

CryoEM structure of KDELR with Legobody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ER lumen protein-retaining receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7rxc__assembly_1__model_1

7rxc__assembly_1__model_1 | I(q)

7rxc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)