7ryn

CD1a-sulfatide-gdTCR complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD1a

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1 × 1 （A0A0C4DH28,P01850） T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A1B0GX56,P01848） (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–280； UniProt 18–295

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 （P06126） T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1 × 1 （A0A0C4DH28,P01850） T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A1B0GX56,P01848） (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–102； UniProt 21–119

T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1

Homo sapiens

UniProt A0A0C4DH28

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 （P06126） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A1B0GX56,P01848） (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRGV4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–102； UniProt 19–118

T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1

Homo sapiens

UniProt P01850

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 （P06126） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A1B0GX56,P01848） (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRBC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 120–248； UniProt 1–129

T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant

Homo sapiens

UniProt A0A1B0GX56

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 （P06126） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1 × 1 （A0A0C4DH28,P01850） (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRDV1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–96； UniProt 21–115

T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant

Homo sapiens

UniProt P01848

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 （P06126） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1 × 1 （A0A0C4DH28,P01850） (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRAC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 117–209； UniProt 1–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ryn
沉积日期 deposition_date	2021-08-25
结构标题 title	CD1a-sulfatide-gdTCR complex
关键词 keywords	CD1, TCR, lipid antigen, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ryn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ryn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ryn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.65 Å
Rg（电子密度）	36.35 Å
总 Rg	36.63 Å
原子数	6077
残基数	781
排除体积	106970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ryn__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD1a
分子量 formula_weight	32593.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6091

DAATGLKEPLSFHVIWIASFYNHSWKQNLVSGWLSDLQTHTWDSNSSTIVFLWPWSRGNFSNEEWKELETLFRIRTIRSFEGIRRYAHELQFEYPFEIQVTGGCELHSGKVSGSFLQLAYQGSDFVSFQNNSWLPYPVAGNMAKHFCKVLNQNQHENDITHNLLSDTCPRFILGLLDAGKAHLQRQVKPEAWLSHGPSPGPGHLQLVCHVSGFYPKPVWVMWMRGEQEQQGTQRGDILPSADGTWYLRATLEVAAGEAADLSCRVKHSSLEGQDIVLYWEGSLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	12602.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DAGIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDMGSLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1
分子量 formula_weight	27987.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MASSNLEGRTKSVIRQTGSSAEITCDLAEGSTGYIHWYLHQEGKAPQRLLYYDSYTSSVVLESGISPGKYDTYGSTRKNLRMILRNLIENDSGVYYCATWDGDYYKKLFGSGTTLVVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant
分子量 formula_weight	23622.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAQKVTQAQSSVSMPVRKAVTLNCLYETSWWSYYIFWYKQLPSKEMIFLIRQGSDEQNAKSGRYSVNFKKAAKSVALTISALQLEDSAKYFCALGELRWPDKLIFGKGTRVTVEPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE
分子量 formula_weight	890.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7rynD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	234.633 Å
晶胞边长 b length_b	42.206 Å
晶胞边长 c length_c	123.065 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	42.930 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2321
R_free r_free	0.2683

CD1a-sulfatide-gdTCR complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD1a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ryn__assembly_1__model_1

7ryn__assembly_1__model_1 | I(q)

7ryn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains