7s59

Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to a chimera made of human chemokines CCL7 and CCL8

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Evasin P974

Amblyomma cajennense

UniProt A0A023FDY8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 30–114 未记录 chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7 × 1 (P80075,P80098) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 2 M (NH4)2SO4 (Precipitant) 分辨率 2.39 Å R-free 0.268
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 30–114 未记录 chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7 × 1 (P80075,P80098) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 2 M (NH4)2SO4 (Precipitant) 分辨率 2.39 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EV974_AMBCJ
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–85; UniProt 30–114 作者链 3; PDB构建体 1–85; UniProt 30–114

chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7

Homo sapiens

UniProt P80075

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 24–38 未记录 Evasin P974 × 1 (A0A023FDY8) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 2 M (NH4)2SO4 (Precipitant) 分辨率 2.39 Å R-free 0.268
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 24–38 未记录 Evasin P974 × 1 (A0A023FDY8) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 2 M (NH4)2SO4 (Precipitant) 分辨率 2.39 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCL8_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–15; UniProt 24–38 作者链 4; PDB构建体 1–15; UniProt 24–38

chimera protein of C-C motif chemokine 7 and C-C motif chemokine 8,C-C motif chemokine 7

Homo sapiens

UniProt P80098

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 39–99 未记录 Evasin P974 × 1 (A0A023FDY8) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 2 M (NH4)2SO4 (Precipitant) 分辨率 2.39 Å R-free 0.268
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 39–99 未记录 Evasin P974 × 1 (A0A023FDY8) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 2 M (NH4)2SO4 (Precipitant) 分辨率 2.39 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCL7_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 16–76; UniProt 39–99 作者链 4; PDB构建体 16–76; UniProt 39–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7s59

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7s59
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7s59
沉积日期 deposition_date2021-09-10
结构标题 titleCrystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to a chimera made of human chemokines CCL7 and CCL8
关键词 keywordsInflammation, Evasin, Chemokine binder, Evasin-chemokine complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.91
零角强度 I(0) i020584600.00
分子量 molecular_weight32904.0 kDa
排除体积 excluded_volume40414 ų
包络体积 envelope_volume52238 ų
水化壳体积 shell_volume20058 ų
包络直径 envelope_diameter70.2
壳层 Rg shell_rg28.26
包络 Rg envelope_rg21.46
形状 Rg shape_rg21.94
总 Rg total_rg22.65
总原子数 total_atoms2293
残基数 n_residues306
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.0
Rg (实空间) rg_real22.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real2.0580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20580000.0000
解质量估计 total_estimate0.9183
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.4
偏度 Skewness skewness0.105
峰度 Kurtosis kurtosis-0.653
角度范围 angular_range— – 0.3500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2876000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)