7sfv

CryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) TC-83 strain VLP in complex with Fab hVEEV-63

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E1

Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1200	hVEEV-63 Fab heavy chain × 240 hVEEV-63 Fab light chain × 240 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 720	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	hVEEV-63 Fab heavy chain × 4 hVEEV-63 Fab light chain × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 100	hVEEV-63 Fab heavy chain × 20 hVEEV-63 Fab light chain × 20 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	hVEEV-63 Fab heavy chain × 24 hVEEV-63 Fab light chain × 24 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 72	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	hVEEV-63 Fab heavy chain × 4 hVEEV-63 Fab light chain × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_EEVV8
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–440； UniProt 813–1252 作者链 D； PDB构建体 1–440； UniProt 813–1252 作者链 G； PDB构建体 1–440； UniProt 813–1252 作者链 J； PDB构建体 1–440； UniProt 813–1252 作者链 B； PDB构建体 1–418； UniProt 335–752 作者链 E； PDB构建体 1–418； UniProt 335–752 作者链 H； PDB构建体 1–418； UniProt 335–752 作者链 K； PDB构建体 1–418； UniProt 335–752 作者链 C； PDB构建体 1–159； UniProt 117–275 作者链 F； PDB构建体 1–159； UniProt 117–275 作者链 I； PDB构建体 1–159； UniProt 117–275 作者链 L； PDB构建体 1–159； UniProt 117–275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7sfv
沉积日期 deposition_date	2021-10-04
结构标题 title	CryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) TC-83 strain VLP in complex with Fab hVEEV-63
关键词 keywords	VLP, VEEV, viral protein, fab, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7sfv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7sfv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7sfv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	297.40 Å
总 Rg	296.40 Å
原子数	2552280
残基数	346560
排除体积	44900000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7sfv__assembly_1__model_1`	1200-meric （1200）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7sfv__assembly_2__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`7sfv__assembly_3__model_1`	100-meric （100）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`7sfv__assembly_4__model_1`	120-meric （120）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`7sfv__assembly_5__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	47699.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	42538

YEHATTMPSQAGISYNTIVNRAGYAPLPISITPTKIKLIPTVNLEYVTCHYKTGMDSPAIKCCGSQECTPTYRPDEQCKVFTGVYPFMWGGAYCFCDTENTQVSKAYVMKSDDCLADHAEAYKAHTASVQAFLNITVGEHSIVTTVYVNGETPVNFNGVKITAGPLSTAWTPFDRKIVQYAGEIYNYDFPEYGAGQPGAFGDIQSRTVSSSDLYANTNLVLQRPKAGAIHVPYTQAPSGFEQWKKDKAPSLKFTAPFGCEIYTNPIRAENCAVGSIPLAFDIPDALFTRVSETPTLSAAECTLNECVYSSDFGGIATVKYSASKSGKCAVHVPSGTATLKEAAVELTEQGSATIHFSTANIHPEFRLQICTSYVTCKGDCHPPKDHIVTHPQYHAQTFTAAVSKTAWTWLTSLLGGSAVIIIIGLVLATIVAMYVLTNQK

来源 Source

来源生物 organism	Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
通用名 common_name	VEEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11037
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E2
分子量 formula_weight	46556.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

STEELFNEYKLTRPYMARCIRCAVGSCHSPIAIEAVKSDGHDGYVRLQTSSQYGLDSSGNLKGRTMRYDMHGTIKEIPLHQVSLYTSRPCHIVDGHGYFLLARCPAGDSITMEFKKDSVRHSCSVPYEVKFNPVGRELYTHPPEHGVEQACQVYAHDAQNRGAYVEMHLPGSEVDSSLVSLSGSSVTVTPPDGTSALVECECGGTKISETINKTKQFSQCTKKEQCRAYRLQNDKWVYNSDKLPKAAGATLKGKLHVPFLLADGKCTVPLAPEPMITFGFRSVSLKLHPKNPTYLITRQLADEPHYTHELISEPAVRNFTVTEKGWEFVWGNHPPKRFWAQETAPGNPHGLPHEVITHYYHRYPMSTILGLSICAAIATVSVAASTWLFCRSRVACLTPYRLTPNARIPFCLAVLCCA

来源 Source

来源生物 organism	Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
通用名 common_name	VEEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11037
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	17781.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

RMVMKLESDKTFPIMLEGKINGYACVVGGKLFRPMHVEGKIDNDVLAALKTKKASKYDLEYADVPQNMRADTFKYTHEKPQGYYSWHHGAVQYENGRFTVPKGVGAKGDSGRPILDNQGRVVAIVLGGVNEGSRTALSVVMWNEKGVTVKYTPENCEQW

来源 Source

来源生物 organism	Venezuelan equine encephalitis virus (strain TC-83)
通用名 common_name	VEEV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11037
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	hVEEV-63 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23197.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,O,Q,S

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKSSGYTFTNYIIHWVRQAPGQRLEWMGWINAGNGNTKYSQKFQGRISVTRDTSASAAYMELSSLKSEDTALYYCATLQMDYGGNGDLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	hVEEV-63 Fab light chain
分子量 formula_weight	22480.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,P,R,T

YELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDALPKQYVYWYQQKPGQAPVLVIYKDSERPSGIPERFSGSSSGTTVTLTISGVQAEDDADYYCQAADSSNTEYVFGTGTKVTVLQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

结构域编号 domain_id	7sfvB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	7sfvE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	7sfvG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	7sfvH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	7sfvJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	7sfvK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	7sfvM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvP01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvP02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvQ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvR01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvR02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvS01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sfvT01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17500

CryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) TC-83 strain VLP in complex with Fab hVEEV-63

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7sfv__assembly_1__model_1

7sfv__assembly_1__model_1 | I(q)

7sfv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of Venezuelan Equine Encephalitis virus (VEEV) TC-83 strain VLP in complex with Fab hVEEV-63

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7sfv__assembly_1__model_1

7sfv__assembly_1__model_1 | I(q)

7sfv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

7. 引用文献 (1)