SAXSdb — 7sj5

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

Escherichia phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–341 链 B； UniProt 1–341 链 C； UniProt 1–341 链 D； UniProt 1–341	突变：W308A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291.15 K；0.1 M bis-tris, 0.1 M ammonium sulfate, 5% v/v glycerol, 30% v/v PEG-3350	分辨率 2.69 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7SJ5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 420 PDB 声明：420-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VI9 Cryo-EM structure of bacteriophage lambda procapsid at 5.03 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.03 Å
7VIA Focused refinement of asymmetric unit of bacteriophage lambda procapsid at 3.88 Angstrom 提交 2021-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.88 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 840 PDB 声明：840-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：70-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：84-meric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VIK Asymmetric unit of cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 3.76 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.76 Å
8K39 Structure of the bacteriophage lambda portal vertex 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 0 1–341（341 aa）链 1 1–341（341 aa）链 2 1–341（341 aa）链 3 1–341（341 aa）链 4 1–341（341 aa）链 5 1–341（341 aa）链 6 1–341（341 aa）链 7 1–341（341 aa）链 A 1–341（341 aa）链 B 1–341（341 aa）链 C 1–341（341 aa）链 D 1–341（341 aa）链 E 1–341（341 aa）链 F 1–341（341 aa）链 G 1–341（341 aa）链 H 1–341（341 aa）链 I 1–341（341 aa）链 J 1–341（341 aa）链 K 1–341（341 aa）链 L 1–341（341 aa）链 M 1–341（341 aa）链 N 1–341（341 aa）链 O 1–341（341 aa）链 P 1–341（341 aa）链 Q 1–341（341 aa）链 R 1–341（341 aa）链 S 1–341（341 aa）链 T 1–341（341 aa）链 g 1–341（341 aa）链 h 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8XOU Prohead portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A0 1–341（341 aa）链 A1 1–341（341 aa）链 A2 1–341（341 aa）链 A3 1–341（341 aa）链 A4 1–341（341 aa）链 C0 1–341（341 aa）链 C1 1–341（341 aa）链 C2 1–341（341 aa）链 C3 1–341（341 aa）链 C4 1–341（341 aa）链 D0 1–341（341 aa）链 D1 1–341（341 aa）链 D2 1–341（341 aa）链 D3 1–341（341 aa）链 D4 1–341（341 aa）链 E0 1–341（341 aa）链 E1 1–341（341 aa）链 E2 1–341（341 aa）链 E3 1–341（341 aa）链 E4 1–341（341 aa）链 F0 1–341（341 aa）链 F1 1–341（341 aa）链 F2 1–341（341 aa）链 F3 1–341（341 aa）链 F4 1–341（341 aa）链 G0 1–341（341 aa）链 G1 1–341（341 aa）链 G2 1–341（341 aa）链 G3 1–341（341 aa）链 G4 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.58 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric	链 A0 1–341（341 aa）链 A1 1–341（341 aa）链 A2 1–341（341 aa）链 A3 1–341（341 aa）链 A4 1–341（341 aa）链 C0 1–341（341 aa）链 C1 1–341（341 aa）链 C2 1–341（341 aa）链 C3 1–341（341 aa）链 C4 1–341（341 aa）链 G0 1–341（341 aa）链 G1 1–341（341 aa）链 G2 1–341（341 aa）链 G3 1–341（341 aa）链 G4 1–341（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

共 7 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 B； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 D； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7sj5
沉积日期 deposition_date	2021-10-15
结构标题 title	Bacteriophage lambda major capsid protein mutant - W308A
关键词 keywords	major capsid protein, HK97-fold, assembly incompetent, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.00 Å
零角强度 I(0) i0	356279000.00
分子量 molecular_weight	151290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	188780 Å³
包络体积 envelope_volume	256830 Å³
水化壳体积 shell_volume	58000 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.5 Å
壳层 Rg shell_rg	43.75 Å
包络 Rg envelope_rg	35.41 Å
形状 Rg shape_rg	35.99 Å
总 Rg total_rg	36.54 Å
总原子数 total_atoms	10638
残基数 n_residues	1360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	356300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6770
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	63560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.048; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.969

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7sj5A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1930 — capsid protein of prophage fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — capsid protein of prophage domain

结构域编号 domain_id	7sj5B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1930 — capsid protein of prophage fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — capsid protein of prophage domain

结构域编号 domain_id	7sj5C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1930 — capsid protein of prophage fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — capsid protein of prophage domain

结构域编号 domain_id	7sj5D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1930 — capsid protein of prophage fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — capsid protein of prophage domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	170.153 Å
晶胞边长 b length_b	95.303 Å
晶胞边长 c length_c	113.121 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.695 Å
最低分辨率 resolution_low	29.750 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2074
R_free r_free	0.2295

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	38114.0 kDa
突变 mutation	W308A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10801

Bacteriophage lambda major capsid protein mutant - W308A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia phage lambda
通用名 common_name	Bacteriophage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	163

fit	/app/data/saxs_computation/sj/7sj5/7sj5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sj/7sj5/7sj5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sj/7sj5/7sj5.dat