8xou

Prohead portal vertex of bacteriophage lambda

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 247.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xou
沉积日期 deposition_date	2024-01-02
结构标题 title	Prohead portal vertex of bacteriophage lambda
关键词 keywords	;caudovirales, siphoviridae, portal vertex, portal, capsid, connector/neck, tail, delivery device, B-DNA, phage lambda, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	91.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	92.18 Å
零角强度 I(0) i0	44055600000.00
分子量 molecular_weight	1756500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2182700 Å³
包络体积 envelope_volume	3631300 Å³
水化壳体积 shell_volume	318640 Å³
包络直径 envelope_diameter	291.3 Å
壳层 Rg shell_rg	94.71 Å
包络 Rg envelope_rg	90.13 Å
形状 Rg shape_rg	92.17 Å
总 Rg total_rg	92.21 Å
总原子数 total_atoms	123582
残基数 n_residues	15738
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	247.8 Å
Rg (实空间) rg_real	89.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2230e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1530e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	91.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44050000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9076
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	102.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.493
角度范围 angular_range	— – 0.0850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9439
最高正则化参数 α highest_alpha	3509000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	18
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.985; Stabil: 0.948; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein B
分子量 formula_weight	59529.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b,B1,b1,B2,b2,B3,b3,B4,b4,B5,b5
原子数 atom_count	123582

MKTPTIPTLLGPDGMTSLREYAGYHGGGSGFGGQLRSWNPPSESVDAALLPNFTRGNARADDLVRNNGYAANAIQLHQDHIVGSFFRLSHRPSWRYLGIGEEEARAFSREVEAAWKEFAEDDCCCIDVERKRTFTMMIREGVAMHAFNGELFVQATWDTSSSRLFRTQFRMVSPKRISNPNNTGDSRNCRAGVQINDSGAALGYYVSEDGYPGWMPQKWTWIPRELPGGRASFIHVFEPVEDGQTRGANVFYSVMEQMKMLDTLQNTQLQSAIVKAMYAATIESELDTQSAMDFILGANSQEQRERLTGWIGEIAAYYAAAPVRLGGAKVPHLMPGDSLNLQTAQDTDNGYSVFEQSLLRYIAAGLGVSYEQLSRNYAQMSYSTARASANESWAYFMGRRKFVASRQASQMFLCWLEEAIVRRVVTLPSKARFSFQEARSAWGNCDWIGSGRMAIDGLKEVQEAVMLIEAGLSTYEKECAKRGDDYQEIFAQQVRETMERRAAGLKPPAWAAAAFESGLRQSTEEEKSDSRAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia phage Lambda

Entity 2 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	38229.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	30

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A0,G0,C0,D0,E0,F0,A1,G1,C1,D1,E1,F1,A2,G2,C2,D2,E2,F2,A3,G3,C3,D3,E3,F3,A4,G4,C4,D4,E4,F4

MSMYTTAQLLAANEQKFKFDPLFLRLFFRESYPFTTEKVYLSQIPGLVNMALYVSPIVSGEVIRSRGGSTSEFTPGYVKPKHEVNPQMTLRRLPDEDPQNLADPAYRRRRIIMQNMRDEELAIAQVEEMQAVSAVLKGKYTMTGEAFDPVEVDMGRSEENNITQSGGTEWSKRDKSTYDPTDDIEAYALNASGVVNIIVFDPKGWALFRSFKAVKEKLDTRRGSNSELETAVKDLGKAVSYKGMYGDVAIVVYSGQYVENGVKKNFLPDNTMVLGNTQARGLRTYGCIQDADAQREGINASARYPKNWVTTGDPAREFTMIQSAPLMLLADPDEFVSVQLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia phage Lambda

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	5.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	50921

fit	/app/data/saxs_computation/xo/8xou/8xou.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xo/8xou/8xou.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xo/8xou/8xou.dat

Prohead portal vertex of bacteriophage lambda

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)