SAXSdb — 8xou

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein B

Escherichia phage Lambda

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	Major capsid protein × 30 （P03713）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PORTL_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B1； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B2； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B3； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B4； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B5； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b1； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b2； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b3； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b4； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b5； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533

Major capsid protein

Escherichia phage Lambda

UniProt P03713

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	Portal protein B × 12 （P03710）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A0； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 A1； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 A2； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 A3； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 A4； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C0； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C1； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C2； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C3； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 C4； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 D0； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 D1； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 D2； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 D3； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 D4； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 E0； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 E1； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 E2； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 E3； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 E4； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 F0； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 F1； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 F2； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 F3； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 F4； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G0； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G1； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G2； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G3； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 G4； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xou
沉积日期 deposition_date	2024-01-02
结构标题 title	Prohead portal vertex of bacteriophage lambda
关键词 keywords	;caudovirales, siphoviridae, portal vertex, portal, capsid, connector/neck, tail, delivery device, B-DNA, phage lambda, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8xou__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8xou__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8xou__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	91.90 Å
Rg（电子密度）	92.18 Å
总 Rg	92.21 Å
原子数	123582
残基数	15738
排除体积	2182700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8xou__assembly_1__model_1`	42-meric （42）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein B
分子量 formula_weight	59529.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b,B1,b1,B2,b2,B3,b3,B4,b4,B5,b5
原子数 atom_count	123582

MKTPTIPTLLGPDGMTSLREYAGYHGGGSGFGGQLRSWNPPSESVDAALLPNFTRGNARADDLVRNNGYAANAIQLHQDHIVGSFFRLSHRPSWRYLGIGEEEARAFSREVEAAWKEFAEDDCCCIDVERKRTFTMMIREGVAMHAFNGELFVQATWDTSSSRLFRTQFRMVSPKRISNPNNTGDSRNCRAGVQINDSGAALGYYVSEDGYPGWMPQKWTWIPRELPGGRASFIHVFEPVEDGQTRGANVFYSVMEQMKMLDTLQNTQLQSAIVKAMYAATIESELDTQSAMDFILGANSQEQRERLTGWIGEIAAYYAAAPVRLGGAKVPHLMPGDSLNLQTAQDTDNGYSVFEQSLLRYIAAGLGVSYEQLSRNYAQMSYSTARASANESWAYFMGRRKFVASRQASQMFLCWLEEAIVRRVVTLPSKARFSFQEARSAWGNCDWIGSGRMAIDGLKEVQEAVMLIEAGLSTYEKECAKRGDDYQEIFAQQVRETMERRAAGLKPPAWAAAAFESGLRQSTEEEKSDSRAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia phage Lambda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	38229.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	30

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A0,G0,C0,D0,E0,F0,A1,G1,C1,D1,E1,F1,A2,G2,C2,D2,E2,F2,A3,G3,C3,D3,E3,F3,A4,G4,C4,D4,E4,F4

MSMYTTAQLLAANEQKFKFDPLFLRLFFRESYPFTTEKVYLSQIPGLVNMALYVSPIVSGEVIRSRGGSTSEFTPGYVKPKHEVNPQMTLRRLPDEDPQNLADPAYRRRRIIMQNMRDEELAIAQVEEMQAVSAVLKGKYTMTGEAFDPVEVDMGRSEENNITQSGGTEWSKRDKSTYDPTDDIEAYALNASGVVNIIVFDPKGWALFRSFKAVKEKLDTRRGSNSELETAVKDLGKAVSYKGMYGDVAIVVYSGQYVENGVKKNFLPDNTMVLGNTQARGLRTYGCIQDADAQREGINASARYPKNWVTTGDPAREFTMIQSAPLMLLADPDEFVSVQLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia phage Lambda

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	5.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	50921

Prohead portal vertex of bacteriophage lambda

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8xou__assembly_1__model_1

8xou__assembly_1__model_1 | I(q)

8xou__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Prohead portal vertex of bacteriophage lambda

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8xou__assembly_1__model_1

8xou__assembly_1__model_1 | I(q)

8xou__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)