7sj8

13pf wildtype microtubule from recombinant human tubulin decorated with kinesin

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 225.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

Homo sapiens

UniProt P68363

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–451 链 C; UniProt 1–451 链 E; UniProt 1–451 链 J; UniProt 1–451 链 K; UniProt 1–451 链 L; UniProt 1–451 未记录 Tubulin beta-3 chain × 6 (Q13509) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8;80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;30 second adsorption time onto grid. blot force 15, 4 second blot time, 37 degrees, and 100 percent humidity. 0.5 second drain time. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–457; UniProt 1–451 作者链 C; PDB构建体 1–457; UniProt 1–451 作者链 E; PDB构建体 1–457; UniProt 1–451 作者链 J; PDB构建体 1–457; UniProt 1–451 作者链 K; PDB构建体 1–457; UniProt 1–451 作者链 L; PDB构建体 1–457; UniProt 1–451

Tubulin beta-3 chain

Homo sapiens

UniProt Q13509

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–450 链 D; UniProt 1–450 链 F; UniProt 1–450 链 G; UniProt 1–450 链 H; UniProt 1–450 链 I; UniProt 1–450 未记录 Tubulin alpha-1B chain × 6 (P68363) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8;80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 5 mM MgCl2, 2 mM GTP, pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;30 second adsorption time onto grid. blot force 15, 4 second blot time, 37 degrees, and 100 percent humidity. 0.5 second drain time. 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 D; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 F; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 G; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 H; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450 作者链 I; PDB构建体 1–450; UniProt 1–450

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7sj8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7sj8
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7sj8
沉积日期 deposition_date2021-10-16
结构标题 title13pf wildtype microtubule from recombinant human tubulin decorated with kinesin
关键词 keywordsmicrotubule, cell division, cytoskeleton, GTPase, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.44
回转半径 Rg (电子) rg_electron66.47
零角强度 I(0) i05043810000.00
分子量 molecular_weight584930.0 kDa
排除体积 excluded_volume724470 ų
包络体积 envelope_volume1015000 ų
水化壳体积 shell_volume126470 ų
包络直径 envelope_diameter239.5
壳层 Rg shell_rg66.10
包络 Rg envelope_rg65.19
形状 Rg shape_rg66.48
总 Rg total_rg66.43
总原子数 total_atoms41056
残基数 n_residues5184
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax225.8
Rg (实空间) rg_real66.48
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.66
I(0) (实空间) i0_real5.0440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1220e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5042000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8754
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary75.3
偏度 Skewness skewness0.256
峰度 Kurtosis kurtosis-0.502
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha161200000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.738

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

结构域编号 domain_id7sj8A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8B03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id7sj8C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8D03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id7sj8E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8E02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8F01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8F02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8F03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id7sj8G01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8G02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8G03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id7sj8H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8H02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8H03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id7sj8I01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8I02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8I03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id7sj8J01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8J02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8K01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8K02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7sj8L01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7sj8L02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)