7soy

The structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 115.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P30153

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–589 未记录 Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) Protein phosphatase methylesterase 1 × 1 (Q9Y570) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–589; UniProt 1–589

Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

Homo sapiens

UniProt Q13362

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–449 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) Protein phosphatase methylesterase 1 × 1 (Q9Y570) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2A5G_HUMAN
Isoform Q13362-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) Protein phosphatase methylesterase 1 × 1 (Q9Y570) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309

Protein phosphatase methylesterase 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y570

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 1–386 突变:S156A Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (P30153) Isoform Gamma-1 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPME1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–386; UniProt 1–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7soy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7soy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7soy
沉积日期 deposition_date2021-11-01
结构标题 titleThe structure of the PP2A-B56gamma1 holoenzyme-PME-1 complex
关键词 keywordsThe structure of PP2A-B56gamma holoenzyme-PME-1 complex, RECOMBINATION; RECOMBINATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.70
零角强度 I(0) i0429541000.00
分子量 molecular_weight173150.0 kDa
排除体积 excluded_volume218480 ų
包络体积 envelope_volume283770 ų
水化壳体积 shell_volume60646 ų
包络直径 envelope_diameter117.8
壳层 Rg shell_rg45.87
包络 Rg envelope_rg36.67
形状 Rg shape_rg37.67
总 Rg total_rg38.26
总原子数 total_atoms12180
残基数 n_residues1529
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.5
Rg (实空间) rg_real38.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83
I(0) (实空间) i0_real4.2950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal429600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9056
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.5
偏度 Skewness skewness-0.007
峰度 Kurtosis kurtosis-0.627
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha54730000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.942

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7soyA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id7soyB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id7soyC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)