7sxh

BIO-8546 bound GSK3beta-axin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen synthase kinase-3 beta

Homo sapiens

UniProt P49841

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 37–383 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) axin peptide × 1 D1E (4S,5R,8R)-4-ethyl-8-fluoro-4-[3-(3-fluoro-5-methoxypyridin-4-yl)phenyl]-7,7-dimethyl-4,5,6,7,8,9-hexahydro-2H-pyrazolo[3,4-b]quinolin-5-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;289 K;0.2M calcium acetate, 0.1M BisTRIS pH 7.0, 5% Glycerol and 17% PEG3350 分辨率 2.09 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 114 个其他 PDB 条目、177 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSK3B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–347; UniProt 37–383

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7sxh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7sxh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7sxh
沉积日期 deposition_date2021-11-23
结构标题 titleBIO-8546 bound GSK3beta-axin complex
关键词 keywordskinase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.16
零角强度 I(0) i025634900.00
分子量 molecular_weight39727.0 kDa
排除体积 excluded_volume50148 ų
包络体积 envelope_volume58569 ų
水化壳体积 shell_volume23127 ų
包络直径 envelope_diameter71.8
壳层 Rg shell_rg28.01
包络 Rg envelope_rg21.51
形状 Rg shape_rg21.18
总 Rg total_rg22.00
总原子数 total_atoms2807
残基数 n_residues356
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.2
Rg (实空间) rg_real22.23
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real2.5630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25640000.0000
解质量估计 total_estimate0.9033
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.5
偏度 Skewness skewness0.257
峰度 Kurtosis kurtosis-0.398
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7507000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)