SAXSdb — 7t4f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail tube protein

Escherichia virus Lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–246 链 B； UniProt 2–246 链 C； UniProt 2–246 链 D； UniProt 2–246	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7T4F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K4Q The Solution Structure of gpV, the Major Tail Protein from Bacteriophage Lambda 提交 2008-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–153（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 50 mM sodium phosphate, 0.6 mM DSS, 200 mM sodium chloride, 8-10 % D2O, 0.1% % sodium azide, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gpV protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gpV protein, 90-99 % D2O, 0.6 mM DSS, 50 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 90% D2O, 10% H2O \| 90% D2O, 10% H2O	分辨率未提供
2L04 The Solution Structure of the C-terminal Ig-like Domain of the Bacteriophage Lambda Tail Tube Protein 提交 2010-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 160–246（87 aa）片段：C-terminal, UNP residues 160-246	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）.2；压力 ambient NMR样品组成 50 mM sodium phosphate-1, 200 mM sodium chloride-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 50 mM sodium phosphate-3, 200 mM sodium chloride-4, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6P3E Mobile loops and electrostatic interactions maintain the flexible lambda tail tube 提交 2019-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 K 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）链 M 1–246（246 aa）链 N 1–246（246 aa）链 O 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
7T2E Structure of bacteriophage lambda tube protein V in C6 提交 2021-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–157（156 aa）链 B 2–157（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8IYD Tail cap of phage lambda tail 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）链 M 1–246（246 aa）链 N 1–246（246 aa）链 O 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 S 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 X 1–246（246 aa）链 Y 1–246（246 aa）链 a 1–246（246 aa）链 b 1–246（246 aa）链 c 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
8IYK Tail tip conformation 1 of phage lambda tail 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 S 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 U 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 W 1–246（246 aa）链 X 1–246（246 aa）链 a 1–246（246 aa）链 b 1–246（246 aa）链 c 1–246（246 aa）链 d 1–246（246 aa）链 i 1–246（246 aa）链 j 1–246（246 aa）链 k 1–246（246 aa）链 l 1–246（246 aa）链 n 1–246（246 aa）链 o 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 2.95 Å
8IYL Tail tip conformation 2 of phage lambda tail 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 O 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 S 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 U 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 W 1–246（246 aa）链 a 1–246（246 aa）链 b 1–246（246 aa）链 c 1–246（246 aa）链 g 1–246（246 aa）链 h 1–246（246 aa）链 i 1–246（246 aa）链 j 1–246（246 aa）链 k 1–246（246 aa）链 l 1–246（246 aa）链 n 1–246（246 aa）链 o 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
8K35 Structure of the bacteriophage lambda tail tip complex 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 L 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 U 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 W 1–246（246 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8K36 Structure of the bacteriophage lambda tail tube 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 K 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.48 Å
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 K 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8KGE Dimeric tail tube protein gpVs of bacteriophage lambda 提交 2023-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.80 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric	链 O 1–246（246 aa）链 O1 1–246（246 aa）链 O2 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 P1 1–246（246 aa）链 P2 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 Q1 1–246（246 aa）链 Q2 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 R1 1–246（246 aa）链 R2 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 V1 1–246（246 aa）链 V2 1–246（246 aa）链 o 1–246（246 aa）链 o1 1–246（246 aa）链 o2 1–246（246 aa）链 p 1–246（246 aa）链 p1 1–246（246 aa）链 p2 1–246（246 aa）链 q 1–246（246 aa）链 q1 1–246（246 aa）链 q2 1–246（246 aa）链 r 1–246（246 aa）链 r1 1–246（246 aa）链 r2 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）链 v1 1–246（246 aa）链 v2 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å
9E7M In situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail tip complex 提交 2024-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 Va 3–157（155 aa）链 Vb 3–157（155 aa）链 Vc 3–157（155 aa）链 Vd 3–157（155 aa）链 Ve 3–157（155 aa）链 Vf 3–157（155 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TUBE_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–245； UniProt 2–246 作者链 B； PDB构建体 1–245； UniProt 2–246 作者链 C； PDB构建体 1–245； UniProt 2–246 作者链 D； PDB构建体 1–245； UniProt 2–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7t4f
沉积日期 deposition_date	2021-12-09
结构标题 title	Structure of bacteriophage lambda tube protein V in C3
关键词 keywords	Virus, Phage, Lambda, Siphoviridae, Tail, Tube; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.86 Å
零角强度 I(0) i0	169201000.00
分子量 molecular_weight	102630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127840 Å³
包络体积 envelope_volume	188120 Å³
水化壳体积 shell_volume	44096 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.76 Å
包络 Rg envelope_rg	35.66 Å
形状 Rg shape_rg	35.86 Å
总 Rg total_rg	36.31 Å
总原子数 total_atoms	7224
残基数 n_residues	980
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.4 Å
Rg (实空间) rg_real	36.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8899
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.247
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.360
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	20420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	7t4fA01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	7t4fA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 —

结构域编号 domain_id	7t4fB01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	7t4fB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 —

结构域编号 domain_id	7t4fC01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	7t4fC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 —

结构域编号 domain_id	7t4fD01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	7t4fD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	653608

描述 description	Tail tube protein
分子量 formula_weight	25700.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7224

Structure of bacteriophage lambda tube protein V in C3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail tube protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia virus Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/t4/7t4f/7t4f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t4/7t4f/7t4f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t4/7t4f/7t4f.dat