7t9i

Native human TSH bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 175.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein hormones alpha chain

物种未注明

UniProt P01215

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–116 未记录 Thyrotropin subunit beta × 1 (P01222) Nanobody 35 × 1 Thyrotropin receptor × 1 (A0A0A0MTJ0) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLHA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–92; UniProt 25–116

Thyrotropin subunit beta

物种未注明

UniProt P01222

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–132 未记录 Glycoprotein hormones alpha chain × 1 (P01215) Nanobody 35 × 1 Thyrotropin receptor × 1 (A0A0A0MTJ0) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TSHB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–112; UniProt 21–132

Thyrotropin receptor

Homo sapiens

UniProt A0A0A0MTJ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 22–764 未记录 Glycoprotein hormones alpha chain × 1 (P01215) Thyrotropin subunit beta × 1 (P01222) Nanobody 35 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0A0MTJ0_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 10–702; UniProt 22–764

Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Homo sapiens

UniProt P63092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 204–394 未记录 Glycoprotein hormones alpha chain × 1 (P01215) Thyrotropin subunit beta × 1 (P01222) Nanobody 35 × 1 Thyrotropin receptor × 1 (A0A0A0MTJ0) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、356 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAS2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 81–261; UniProt 204–394

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 2–340 未记录 Glycoprotein hormones alpha chain × 1 (P01215) Thyrotropin subunit beta × 1 (P01222) Nanobody 35 × 1 Thyrotropin receptor × 1 (A0A0A0MTJ0) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 32–370; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 1 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 Z; UniProt 1–71 未记录 Glycoprotein hormones alpha chain × 1 (P01215) Thyrotropin subunit beta × 1 (P01222) Nanobody 35 × 1 Thyrotropin receptor × 1 (A0A0A0MTJ0) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 Z; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7t9i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7t9i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7t9i
沉积日期 deposition_date2021-12-19
结构标题 titleNative human TSH bound to human Thyrotropin receptor in complex with miniGs399 (composite structure)
关键词 keywordsG protein-coupled receptor, Thyroid-stimulating hormone receptor, Thyrotropin receptor, TSH, Thyroid, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier57.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.90
零角强度 I(0) i0416591000.00
分子量 molecular_weight170660.0 kDa
排除体积 excluded_volume213820 ų
包络体积 envelope_volume321540 ų
水化壳体积 shell_volume51276 ų
包络直径 envelope_diameter191.7
壳层 Rg shell_rg50.90
包络 Rg envelope_rg56.32
形状 Rg shape_rg57.85
总 Rg total_rg57.84
总原子数 total_atoms23613
残基数 n_residues1532
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax175.9
Rg (实空间) rg_real58.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.38
I(0) (实空间) i0_real4.1660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.5020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.85
I(0) (倒空间) i0_reciprocal415600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6326
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary39.1
偏度 Skewness skewness0.408
峰度 Kurtosis kurtosis-1.055
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21060000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.315; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.276; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id7t9iN01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7t9iR01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id7t9iR02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id7t9iX01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id7t9iY01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)