7u8p

Structure of porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 274.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase catalytic subunit A

物种未注明

UniProt Q29048

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–617 链 B; UniProt 1–617 链 C; UniProt 1–617 未记录 Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 VATA_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–617; UniProt 1–617 作者链 B; PDB构建体 1–617; UniProt 1–617 作者链 C; PDB构建体 1–617; UniProt 1–617

Vacuolar proton pump subunit B

物种未注明

UniProt A0A4X1W9K3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–515 链 E; UniProt 1–515 链 F; UniProt 1–515 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 A0A4X1W9K3_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–515; UniProt 1–515 作者链 E; PDB构建体 1–515; UniProt 1–515 作者链 F; PDB构建体 1–515; UniProt 1–515

V-type proton ATPase subunit C

物种未注明

UniProt F1S0R4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–382 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 F1S0R4_PIG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–382; UniProt 1–382

V-type proton ATPase subunit D

物种未注明

UniProt A0A286ZJL5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–247 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 A0A286ZJL5_PIG
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–247; UniProt 1–247

V-type proton ATPase subunit E 1

物种未注明

UniProt K9J4U3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–226 链 J; UniProt 1–226 链 K; UniProt 1–226 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 K9J4U3_PIG
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–226; UniProt 1–226 作者链 J; PDB构建体 1–226; UniProt 1–226 作者链 K; PDB构建体 1–226; UniProt 1–226

V-type proton ATPase subunit F

物种未注明

UniProt F1SMN6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–119 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 F1SMN6_PIG
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–119; UniProt 1–119

V-type proton ATPase subunit G

物种未注明

UniProt A0A4X1UZN2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–118 链 N; UniProt 1–118 链 O; UniProt 1–118 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A4X1UZN2_PIG
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–118; UniProt 1–118 作者链 N; PDB构建体 1–118; UniProt 1–118 作者链 O; PDB构建体 1–118; UniProt 1–118

Bacterial effector protein SidK

Legionella pneumophila

UniProt Q5ZWW6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 1–337 链 R; UniProt 1–337 链 S; UniProt 1–337 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 Q5ZWW6_LEGPH
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–337; UniProt 1–337 作者链 R; PDB构建体 1–337; UniProt 1–337 作者链 S; PDB构建体 1–337; UniProt 1–337

V-type proton ATPase subunit H

物种未注明

UniProt Q9TVC1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 T; UniProt 1–483 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VATH_PIG
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 1–483; UniProt 1–483

V-type proton ATPase subunit a

物种未注明

UniProt A0A4X1U3K4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–838 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A4X1U3K4_PIG
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–838; UniProt 1–838

V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1

物种未注明

UniProt A0A480L444

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 b; UniProt 1–205 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A480L444_PIG
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 b; PDB构建体 1–205; UniProt 1–205

ATPase H+ transporting accessory protein 1

物种未注明

UniProt K9IWA3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 c; UniProt 1–469 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 K9IWA3_PIG
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 c; PDB构建体 1–469; UniProt 1–469

V-type proton ATPase subunit

物种未注明

UniProt A0A4X1UJS8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 d; UniProt 1–351 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A4X1UJS8_PIG
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 d; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351

V-type proton ATPase subunit

物种未注明

UniProt A0A4X1U843

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 e; UniProt 1–81 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A4X1U843_PIG
Isoform
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 e; PDB构建体 1–81; UniProt 1–81

Ribonuclease kappa

物种未注明

UniProt A0A480L8C4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 f; UniProt 118–215 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 A0A480L8C4_PIG
Isoform
PDB实体 15
链与序列区间 作者链 f; PDB构建体 1–98; UniProt 118–215

V-type proton ATPase proteolipid subunit

物种未注明

UniProt A0A4X1VUN6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 g; UniProt 1–155 链 h; UniProt 1–155 链 i; UniProt 1–155 链 j; UniProt 1–155 链 k; UniProt 1–155 链 l; UniProt 1–155 链 m; UniProt 1–155 链 n; UniProt 1–155 链 o; UniProt 1–155 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 × 1 (A0A287AJK1) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A4X1VUN6_PIG
Isoform
PDB实体 16
链与序列区间 作者链 g; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 h; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 i; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 j; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 k; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 l; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 m; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 n; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 o; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155

ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2

物种未注明

UniProt A0A287AJK1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 p; UniProt 1–351 未记录 V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 (Q29048) Vacuolar proton pump subunit B × 3 (A0A4X1W9K3) V-type proton ATPase subunit C × 1 (F1S0R4) V-type proton ATPase subunit D × 1 (A0A286ZJL5) V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 (K9J4U3) V-type proton ATPase subunit F × 1 (F1SMN6) V-type proton ATPase subunit G × 3 (A0A4X1UZN2) Bacterial effector protein SidK × 3 (Q5ZWW6) V-type proton ATPase subunit H × 1 (Q9TVC1) V-type proton ATPase subunit a × 1 (A0A4X1U3K4) V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit isoform 1 × 1 (A0A480L444) ATPase H+ transporting accessory protein 1 × 1 (K9IWA3) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1UJS8) V-type proton ATPase subunit × 1 (A0A4X1U843) Ribonuclease kappa × 1 (A0A480L8C4) V-type proton ATPase proteolipid subunit × 9 (A0A4X1VUN6) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A287AJK1_PIG
Isoform
PDB实体 17
链与序列区间 作者链 p; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7u8p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7u8p
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7u8p
沉积日期 deposition_date2022-03-09
结构标题 titleStructure of porcine kidney V-ATPase with SidK, Rotary State 1
关键词 keywordsproton translocation, complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier80.21
回转半径 Rg (电子) rg_electron81.00
零角强度 I(0) i012719700000.00
分子量 molecular_weight992580.0 kDa
排除体积 excluded_volume1255500 ų
包络体积 envelope_volume1927900 ų
水化壳体积 shell_volume198290 ų
包络直径 envelope_diameter278.4
壳层 Rg shell_rg80.82
包络 Rg envelope_rg77.66
形状 Rg shape_rg81.03
总 Rg total_rg80.87
总原子数 total_atoms69827
残基数 n_residues8978
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax274.7
Rg (实空间) rg_real83.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.45
I(0) (实空间) i0_real1.2720e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8480e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal79.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12690000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8682
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary72.3
偏度 Skewness skewness0.468
峰度 Kurtosis kurtosis-0.362
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.2710
最高正则化参数 α highest_alpha1452000000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 0.894; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.082

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)