7ujs

Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B in complex with ADP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 7–274	突变：Q223K	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 1 （Q13224） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7UJS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2VZ6 Structure of human calcium calmodulin dependent protein kinase type II alpha (CAMK2A) in complex with Indirubin E804 提交 2008-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 13–302（290 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 13-302	未记录	FEF (2Z,3E)-2,3'-BIINDOLE-2',3(1H,1'H)-DIONE 3-{O-[(3R)-3,4-DIHYDROXYBUTYL]OXIME} × 1 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；12% PEG6000, 0.1M TRIS PH8.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.203
2VZ6 Structure of human calcium calmodulin dependent protein kinase type II alpha (CAMK2A) in complex with Indirubin E804 提交 2008-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 13–302（290 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 13-302	未记录	FEF (2Z,3E)-2,3'-BIINDOLE-2',3(1H,1'H)-DIONE 3-{O-[(3R)-3,4-DIHYDROXYBUTYL]OXIME} × 1 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；12% PEG6000, 0.1M TRIS PH8.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.203
3SOA Full-length human CaMKII 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–474（474 aa）	突变：K42M, D135N, T306V	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；288.15 K；1.2 M Ammonium Tartrate, 100 mM bistrispropane, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 288.15K	分辨率 3.55 Å R-free 0.327
5IG3 Crystal structure of the human CaMKII-alpha hub 提交 2016-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 345–475（131 aa）片段：UNP residues 345-475 链 B 345–475（131 aa）片段：UNP residues 345-475 链 C 345–475（131 aa）片段：UNP residues 345-475 链 D 345–475（131 aa）片段：UNP residues 345-475 链 E 345–475（131 aa）片段：UNP residues 345-475 链 F 345–475（131 aa）片段：UNP residues 345-475	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；295 K；35 % (v/v) MPD, 0.1 M HEPES pH 7.3	分辨率 2.75 Å R-free 0.268
6OF8 Structure of Thr354Asn, Glu355Gln, Thr412Asn, Ile414Met, Ile464His, and Phe467Met mutant human CamKII-alpha hub domain 提交 2019-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 345–475（131 aa）链 B 345–475（131 aa）链 C 345–475（131 aa）链 D 345–475（131 aa）链 E 345–475（131 aa）链 F 345–475（131 aa）链 G 345–475（131 aa）	突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M	K POTASSIUM ION × 10 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17 mg/mL mutant hub in 25 mM Tris, 150 mM KCl, 10% (v/v) glycerol, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, pH 8.0 was mixed 1:1 with 235 mM K3Citrate, 15% (w/v) PEG 3350, pH 8.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
6VZK Crystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain 提交 2020-02-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	HC4 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 6000, 50 mM HEPES, 3-Aminobenzene-sulfonic acid, 5-Sulfosalicylic acid dihydrate, p-Coumaric acid, PIPES, Terephthalic acid, Vanillic acid	分辨率 2.55 Å R-free 0.294
6W4O CaMKII alpha-30 Cryo-EM reconstruction 提交 2020-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 7–478（472 aa）链 B 7–478（472 aa）链 C 7–478（472 aa）链 D 7–478（472 aa）链 E 7–478（472 aa）链 F 7–478（472 aa）链 G 7–478（472 aa）链 I 7–478（472 aa）链 J 7–478（472 aa）链 K 7–478（472 aa）链 L 7–478（472 aa）链 M 7–478（472 aa）链 O 7–478（472 aa）	突变：K37M	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
6W4P CaMKII alpha-30 Cryo-EM reconstruction - Class B 提交 2020-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 7–478（472 aa）链 B 7–478（472 aa）链 C 7–478（472 aa）链 D 7–478（472 aa）链 E 7–478（472 aa）链 F 7–478（472 aa）链 G 7–478（472 aa）链 H 7–478（472 aa）链 I 7–478（472 aa）链 J 7–478（472 aa）链 K 7–478（472 aa）链 L 7–478（472 aa）链 M 7–478（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
6X5G Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and LRRC7 inhibitory domain 提交 2020-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	GOL GLYCEROL × 2 BCN BICINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；10% w/v PEG 20000, 2% v/v 1,4-Dioxane, 0.1 M Bicine	分辨率 1.85 Å R-free 0.227
6X5Q Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluA1 提交 2020-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1 M Tris, 28% w/v PEG 4000	分辨率 2.14 Å R-free 0.235
7KL0 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL0 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL1 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL1 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL2 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7, 20% PEG 3350	分辨率 2.56 Å R-free 0.293
7REC Structure of Thr354Asn, Glu355Gln, Thr412Asn, Ile414Met, Ile464His, and Phe467Met mutant human CaMKII alpha hub bound to 5-HDC 提交 2021-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 345–475（131 aa）片段：hub (UNP residues 345-475) 链 B 345–475（131 aa）片段：hub (UNP residues 345-475) 链 C 345–475（131 aa）片段：hub (UNP residues 345-475) 链 D 345–475（131 aa）片段：hub (UNP residues 345-475) 链 E 345–475（131 aa）片段：hub (UNP residues 345-475) 链 F 345–475（131 aa）片段：hub (UNP residues 345-475) 链 G 345–475（131 aa）片段：hub (UNP residues 345-475)	突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M	7ZV 5-hydroxydiclofenac × 12 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；100 nL protein + compound in 25 mM Tris, 150 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 10% v/v glycerol, pH 8.0, 10% DMSO + 100 nL well solution (200 mM potassium acetate, 20% w/v PEG3350, pH 8.1), equilibrated against 45 uL well solution	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
7UIQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and Tiam1 提交 2022-03-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 6000, 0.1% v/v Triton X-114	分辨率 3.11 Å R-free 0.309
7UIQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and Tiam1 提交 2022-03-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 6000, 0.1% v/v Triton X-114	分辨率 3.11 Å R-free 0.309
7UIR Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and Tiam1 in complex with ATP 提交 2022-03-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 6000, 0.1% v/v Triton X-114	分辨率 3.10 Å R-free 0.274
7UIR Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and Tiam1 in complex with ATP 提交 2022-03-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 6000, 0.1% v/v Triton X-114	分辨率 3.10 Å R-free 0.274
7UIS Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2022-03-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Bis-tris propane pH 6.5, 0.2 M Sodium chloride, 25% PEG 3350	分辨率 2.58 Å R-free 0.268
7UJP Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.56 Å R-free 0.281
7UJP Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.56 Å R-free 0.281
7UJQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.25 Å R-free 0.271
7UJQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.25 Å R-free 0.271
7UJR Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：Q223K	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 3350, 5% Ethanol	分辨率 1.95 Å R-free 0.252
7UJT Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) in complex with ATP 提交 2022-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–274（268 aa）	突变：D135N, Q223K	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.2 M Sodium chloride, 25% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.246
9EOY Structure of Thr354Asn, Glu355Gln, Thr412Asn, Ile414Met, Ile464His, and Phe467Met mutant human CaMKII alpha hub bound to PIPA 提交 2024-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 345–475（131 aa）链 B 345–475（131 aa）链 C 345–475（131 aa）链 D 345–475（131 aa）链 E 345–475（131 aa）链 F 345–475（131 aa）链 G 345–475（131 aa）	突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, and F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, and F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, and F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, and F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, and F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, and F467M 突变：T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, and F467M	ACT ACETATE ION × 12 A1H6K 2-[6-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-b]pyridazin-2-yl]ethanoic acid × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；500 nL protein + 2.65 mM compound in 25 mM Tris, 150 mM KCl, 10 mM imidazole, 1 mM DTT, 10% glycerol, pH 8.5, 10% DMSO + 1000 nL well solution (11% w/v PEG3350, 300 mM potassium acetate, pH 8.0), equilibrated against 50 uL well solution.	分辨率 2.10 Å R-free 0.251

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UniProt名称	KCC2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–268； UniProt 7–274

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

物种未注明

UniProt Q13224

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1289–1310	未记录	Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha × 1 （Q9UQM7） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7UJS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10EX SK5A-Matured apo state in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 59–845（787 aa）链 D 59–845（787 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
10EY SK5B-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
10EZ SK3D-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.76 Å
10FD SK5G-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
10FE OX1-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.55 Å
10FF SK5A-Matured glycine/glutamate in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.06 Å
10FL SK5G-Germline 提交 2026-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.81 Å
10FN SK5A-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.52 Å
10FO SK5B-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.46 Å
5EWJ CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH IFENPRODIL 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.77 Å R-free 0.211
5EWJ CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH IFENPRODIL 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.77 Å R-free 0.211
5EWL CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SL ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.98 Å R-free 0.217
5EWL CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SL ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.98 Å R-free 0.217
5EWM CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH EVT-101 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SM 5-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-4-fluoranyl-phenyl]-3-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]pyridazine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.76 Å R-free 0.211
5EWM CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH EVT-101 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SM 5-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-4-fluoranyl-phenyl]-3-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]pyridazine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.76 Å R-free 0.211
7EU8 Structure of the human GluN1-GluN2B NMDA receptor in complex with S-ketamine,glycine and glutamate 提交 2021-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–842（842 aa）链 D 1–842（842 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7KL0 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL0 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL1 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL1 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL2 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7, 20% PEG 3350	分辨率 2.56 Å R-free 0.293
7UIS Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2022-03-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Bis-tris propane pH 6.5, 0.2 M Sodium chloride, 25% PEG 3350	分辨率 2.58 Å R-free 0.268
7UJP Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1289–1310（22 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.56 Å R-free 0.281
7UJP Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1289–1310（22 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.56 Å R-free 0.281
7UJQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1289–1310（22 aa）	未记录	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.25 Å R-free 0.271
7UJQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1289–1310（22 aa）	未记录	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.25 Å R-free 0.271
7UJR Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1289–1310（22 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 3350, 5% Ethanol	分辨率 1.95 Å R-free 0.252
7UJT Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) in complex with ATP 提交 2022-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.2 M Sodium chloride, 25% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.246
8VUU Human GluN1-2B with Fab 007-168 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 31–845（815 aa）链 D 31–845（815 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
8VUV Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 31–387（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
9D37 Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C838S, C849S, C588S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
9D38 Open state of Gly-,Glu-,EU1622-240 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C588S, C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
9D39 Gly-,PPDA- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C588S, C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2JL (2S,3R)-1-(phenanthren-2-ylcarbonyl)piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
9D3A Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR (Low-res) 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.78 Å
9D3B Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C588S, C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1A15 4-{(3R,5S)-5-(4-chlorophenyl)-3-[4-(4-chlorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl]pyrazolidin-1-yl}-3,3-difluoro-4-oxobutanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
9D3C Gly-,Glu-,(S)-(+)-ketamine bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：S588C, C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
9IYP Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ bound state 提交 2024-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 35–842（808 aa）链 D 35–842（808 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9IYQ Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ free state 提交 2024-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–842（842 aa）链 D 1–842（842 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9OOQ Closed state of Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9OOR Open state Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9OOS Non-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9OOT Pre-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å

共 35 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDE2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–22； UniProt 1289–1310

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ujs
沉积日期 deposition_date	2022-03-31
结构标题 title	Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B in complex with ADP
关键词 keywords	CaMKII, Kinase, Human, CAMK2A, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.20 Å
零角强度 I(0) i0	17981900.00
分子量 molecular_weight	32265.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40426 Å³
包络体积 envelope_volume	46651 Å³
水化壳体积 shell_volume	20360 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.68 Å
包络 Rg envelope_rg	19.45 Å
形状 Rg shape_rg	19.22 Å
总 Rg total_rg	20.05 Å
总原子数 total_atoms	2280
残基数 n_residues	284
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7409
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.284
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.296
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5589000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.406; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.960

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
分子量 formula_weight	30549.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.17
突变 mutation	Q223K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2280

TRFTEEYQLFEELGKGAFSVVRRCVKVLAGQEYAAKIINTKKLSARDHQKLEREARICRLLKHPNIVRLHDSISEEGHHYLIFDLVTGGELFEDIVAREYYSEADASHCIQQILEAVLHCHQMGVVHRDLKPENLLLASKLKGAAVKLADFGLAIEVEGEQQAWFGFAGTPGYLSPEVLRKDPYGKPVDLWACGVILYILLVGYPPFWDEDQHRLYKQIKAGAYDFPSPEWDTVTPEAKDLINKMLTINPSKRITAAEALKHPWISHR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
分子量 formula_weight	2754.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KAQKKNRNKLRRQHSYDTFVDL

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.006 Å
晶胞边长 b length_b	65.233 Å
晶胞边长 c length_c	53.713 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	44.860 Å
R 因子 r_factor	0.2007
R_work r_work	0.1972
R_free r_free	0.2622

fit	/app/data/saxs_computation/uj/7ujs/7ujs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uj/7ujs/7ujs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uj/7ujs/7ujs.dat

Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B in complex with ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)