SAXSdb — 7un3

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Nucleosome assembly protein 1-like 1 × 2 （P55209）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 126–382； UniProt 1–257 作者链 D； PDB构建体 126–382； UniProt 1–257

Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

Homo sapiens

UniProt P62987

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Nucleosome assembly protein 1-like 1 × 2 （P55209）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL40_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 48–123； UniProt 1–76 作者链 D； PDB构建体 48–123； UniProt 1–76

Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

Homo sapiens

UniProt Q9C0C9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Nucleosome assembly protein 1-like 1 × 2 （P55209）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBE2O_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 453–1744； UniProt 1–1292 作者链 D； PDB构建体 453–1744； UniProt 1–1292

Nucleosome assembly protein 1-like 1

Homo sapiens

UniProt P55209

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion × 2 （P62917,P62987,Q9C0C9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NP1L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 27–416； UniProt 2–391 作者链 C； PDB构建体 27–416； UniProt 2–391

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7un3
沉积日期 deposition_date	2022-04-08
结构标题 title	Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2
关键词 keywords	Ubiquitylation, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7un3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7un3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7un3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.41 Å
Rg（电子密度）	43.38 Å
总 Rg	43.64 Å
原子数	9423
残基数	1164
排除体积	168850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7un3__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion
分子量 formula_weight	190728.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A
原子数 atom_count	9423

MASWSHPQFEKGAWSHPQFEKGSWSHPQFEKGPAGSENLYFQGSGIRMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGVGSMGRVIRGQRKGAGSVFRAHVKHRKGAARLRAVDFAERHGYIKGIVKDIIHDPGRGAPLAKVVFRDPYRFKKRTELFIAAEGIHTGQFVYCGKKAQLNVGNVLPVGTMPEGTIVCCLEEKPGDRGKLARASGNYATVISHNPETKKTRVKLPSGSKKVISSANRAVVGVVAGGGRIDKPILKAGRAYHKYKAKRNCWPRVRGVAMNPVEHPFGGGNHQHIGKPSTIRRDAPAGRKVGLIAARRTGRLRGTKTVQEKENGGSGLEVLFQGPGGSGGGSGLEVLFQGPGGSGYPYDVPDYAGYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAGSAIRDRTMADPAAPTPAAPAPAQAPAPAPEAVPAPAAAPVPAPAPASDSASGPSSDSGPEAGSQRLLFSHDLVSGRYRGSVHFGLVRLIHGEDSDSEGEEEGRGSSGCSEAGGAGHEEGRASPLRRGYVRVQWYPEGVKQHVKETKLKLEDRSVVPRDVVRHMRSTDSQCGTVIDVNIDCAVKLIGTNCIIYPVNSKDLQHIWPFMYGDYIAYDCWLGKVYDLKNQIILKLSNGARCSMNTEDGAKLYDVCPHVSDSGLFFDDSYGFYPGQVLIGPAKIFSSVQWLSGVKPVLSTKSKFRVVVEEVQVVELKVTWITKSFCPGGTDSVSPPPSVITQENLGRVKRLGCFDHAQRQLGERCLYVFPAKVEPAKIAWECPEKNCAQGEGSMAKKVKRLLKKQVVRIMSCSPDTQCSRDHSMEDPDKKGESKTKSEAESASPEETPDGSASPVEMQDEGAEEPHEAGEQLPPFLLKEGRDDRLHSAEQDADDEAADDTDDTSSVTSSASSTTSSQSGSGTSRKKSIPLSIKNLKRKHKRKKNKITRDFKPGDRVAVEVVTTMTSADVMWQDGSVECNIRSNDLFPVHHLDNNEFCPGDFVVDKRVQSCPDPAVYGVVQSGDHIGRTCMVKWFKLRPSGDDVELIGEEEDVSVYDIADHPDFRFRTTDIVIRIGNTEDGAPHKEDEPSVGQVARVDVSSKVEVVWADNSKTIILPQHLYNIESEIEESDYDSVEGSTSGASSDEWEDDSDSWETDNGLVEDEHPKIEEPPIPPLEQPVAPEDKGVVISEEAATAAVQGAVAMAAPMAGLMEKAGKDGPPKSFRELKEAIKILESLKNMTVEQLLTGSPTSPTVEPEKPTREKKFLDDIKKLQENLKKTLDNVAIVEEEKMEAVPDVERKEDKPEGQSPVKAEWPSETPVLCQQCGGKPGVTFTSAKGEVFSVLEFAPSNHSFKKIEFQPPEAKKFFSTVRKEMALLATSLPEGIMVKTFEDRMDLFSALIKGPTRTPYEDGLYLFDIQLPNIYPAVPPHFCYLSQCSGRLNPNLYDNGKVKVSLLGTWIGKGTERWTSKSSLLQVLISIQGLILVNEPYYNEAGFDSDRGLQEGYENSRCYNEMALIRVVQSMTQLVRRPPEVFEQEIRQHFSTGGWRLVNRIESWLETHALLEKAQALPNGVPKASSSPEPPAVAELSDSGQQEPEDGGPAPGEASQGSDSEGGAQGLASASRDHTDQTSETAPDASVPPSVKPKKRRKSYRSFLPEKSGYPDIGFPLFPLSKGFIKSIRGVLTQFRAALLEAGMPECTEDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleosome assembly protein 1-like 1
分子量 formula_weight	48363.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKAGSADIDNKEQSELDQDLDDVEEVEEEETGEETKLKARQLTVQMMQNPQILAALQERLDGLVETPTGYIESLPRVVKRRVNALKNLQVKCAQIEAKFYEEVHDLERKYAVLYQPLFDKRFEIINAIYEPTEEECEWKPDEEDEISEELKEKAKIEDEKKDEEKEDPKGIPEFWLTVFKNVDLLSDMVQEHDEPILKHLKDIKVKFSDAGQPMSFVLEFHFEPNEYFTNEVLTKTYRMRSEPDDSDPFSFDGPEIMGCTGCQIDWKKGKNVTLKTIKKKQKHKGRGTVRTVTKTVSNDSFFNFFAPPEVPESGDLDDDAEAILAADFEIGHFLRERIIPRSVLYFTGEAIEDDDDDYDEEGEEADEEGEEEGDEENDPDYDPKKDQNPAECKQQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	201743

Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleosome assembly protein 1-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7un3__assembly_1__model_1

7un3__assembly_1__model_1 | I(q)

7un3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin,60S ribosomal protein L8,(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme fusion

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleosome assembly protein 1-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7un3__assembly_1__model_1

7un3__assembly_1__model_1 | I(q)

7un3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)