7v0x

Local refinement of ankyrin-1 (C-terminal half), class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 105.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ankyrin-1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–1881	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds.	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7V0X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N11 D34 REGION OF HUMAN ANKYRIN-R AND LINKER 提交 2002-10-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 402–827（426 aa）片段：D34 region	未记录	BR BROMIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG400, HEPES, NaBr, CaCl2, acetonitrile, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.303
2YQF Solution structure of the death domain of Ankyrin-1 提交 2007-03-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1394–1497（104 aa）片段：death domain, UNP residues 1394-1497	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YVI Crystal structure of a death domain of human ankryn protein 提交 2007-04-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1394–1497（104 aa）片段：UNP residues 1394-1497, death domain	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M NaCl, 0.1M TrisCl pH8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.92 Å R-free 0.217
2YVI Crystal structure of a death domain of human ankryn protein 提交 2007-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1394–1497（104 aa）片段：UNP residues 1394-1497, death domain	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M NaCl, 0.1M TrisCl pH8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.92 Å R-free 0.217
3F59 Crystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of human erythroid ankyrin 提交 2008-11-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 911–1068（158 aa）片段：ZU5-ANK, spectrin binding region of human erythroid ankyrin: UNP residues 911-1068	未记录	BR BROMIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；20% PEG 4000, 0.25 M KBr, 10 mM DTT, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3F59 Crystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of human erythroid ankyrin 提交 2008-11-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 911–1068（158 aa）片段：ZU5-ANK, spectrin binding region of human erythroid ankyrin: UNP residues 911-1068	未记录	BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；20% PEG 4000, 0.25 M KBr, 10 mM DTT, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3F59 Crystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of human erythroid ankyrin 提交 2008-11-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 911–1068（158 aa）片段：ZU5-ANK, spectrin binding region of human erythroid ankyrin: UNP residues 911-1068	未记录	BR BROMIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；20% PEG 4000, 0.25 M KBr, 10 mM DTT, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3F59 Crystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of human erythroid ankyrin 提交 2008-11-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 911–1068（158 aa）片段：ZU5-ANK, spectrin binding region of human erythroid ankyrin: UNP residues 911-1068	未记录	BR BROMIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；20% PEG 4000, 0.25 M KBr, 10 mM DTT, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3KBT Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK) 提交 2009-10-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 911–1068（158 aa）片段：UNP residues 911-1068	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.292
3KBT Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK) 提交 2009-10-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 911–1068（158 aa）片段：UNP residues 911-1068	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.292
3KBU Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK), EMTS derivative 提交 2009-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 911–1068（158 aa）片段：UNP residues 911-1068	未记录	HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.277
3KBU Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK), EMTS derivative 提交 2009-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 911–1068（158 aa）片段：UNP residues 911-1068	未记录	HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.277
3UD1 Crystal structure of ZU5A-ZU5B domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 911–1233（323 aa）片段：ZU5A-ZU5B Ankyrin-R, UNP residues 911-1233	未记录	EOH ETHANOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
3UD1 Crystal structure of ZU5A-ZU5B domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 911–1233（323 aa）片段：ZU5A-ZU5B Ankyrin-R, UNP residues 911-1233	未记录	EOH ETHANOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
3UD1 Crystal structure of ZU5A-ZU5B domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 911–1233（323 aa）片段：ZU5A-ZU5B Ankyrin-R, UNP residues 911-1233	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
3UD2 Crystal structure of Selenomethionine ZU5A-ZU5B protein domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 911–1233（323 aa）片段：SeMet ZU5A-ZU5B Ankyrin-R,UNP residues 911-1233	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
3UD2 Crystal structure of Selenomethionine ZU5A-ZU5B protein domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 911–1233（323 aa）片段：SeMet ZU5A-ZU5B Ankyrin-R,UNP residues 911-1233	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 16 EOH ETHANOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
3UD2 Crystal structure of Selenomethionine ZU5A-ZU5B protein domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 911–1233（323 aa）片段：SeMet ZU5A-ZU5B Ankyrin-R,UNP residues 911-1233	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
7TW3 Cryo-EM structure of human ankyrin complex (B2P1A1) from red blood cell 提交 2022-02-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7TW5 Cryo-EM structure of human ankyrin complex (B2P1A2) from red blood cell 提交 2022-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 1–1881（1881 aa）链 H 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
7TW6 Cryo-EM structure of human ankyrin complex (B4P1A1) from red blood cell 提交 2022-02-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
7UZQ Local refinement of RhAG-RhCE-ANK1(AR1-5), from consensus refinement of all classes 提交 2022-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 1–201（201 aa）片段：AR1-5 (UNP residues 1-201)	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 AJP Digitonin × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL and 0.01% ( w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.17 Å
7UZU Ankyrin-1 (N-terminal region of membrane binding domain, local refinement from consensus reconstruction; bound to N-terminal peptide from band 3) 提交 2022-05-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL and 0.01% ( w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.30 Å
7V0K Consensus refinement of human erythrocyte ankyrin-1 complex (Composite map) 提交 2022-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 1–1881（1881 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 6 AJP Digitonin × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PLC DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.40 Å
7V0M Local refinement of ankyrin-1 (N-terminal half), class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-10	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.70 Å
7V0S Local refinement of RhAG/CE trimer, class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 1–1881（1881 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 AJP Digitonin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.50 Å
8CS9 Composite reconstruction of Class 1 of the erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 8 AJP Digitonin × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.74 Å
8CSL Sub-tomogram averaging of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-12	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；130 mM KCl, 10 mM HEPES, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 25.00 Å
8CSV Local refinement of Anykyrin-1 (N-terminal half of membrane binding domain) in Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.70 Å
8CTE Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex (Composite map) 提交 2022-05-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 10 AJP Digitonin × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.90 Å

共 20 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ANK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–1881； UniProt 1–1881

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7v0x
沉积日期 deposition_date	2022-05-11
结构标题 title	Local refinement of ankyrin-1 (C-terminal half), class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex
关键词 keywords	Membrane Protein, ankyrin complex, Erythrocyte, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.24 Å
零角强度 I(0) i0	26549800.00
分子量 molecular_weight	39875.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49940 Å³
包络体积 envelope_volume	62385 Å³
水化壳体积 shell_volume	19915 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.0 Å
壳层 Rg shell_rg	32.69 Å
包络 Rg envelope_rg	29.58 Å
形状 Rg shape_rg	29.19 Å
总 Rg total_rg	29.76 Å
总原子数 total_atoms	2807
残基数 n_residues	375
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6980
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.563
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.498
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.342; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.098; Smooth: 0.946

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ankyrin-1
分子量 formula_weight	206522.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J
原子数 atom_count	2818

MPYSVGFREADAATSFLRAARSGNLDKALDHLRNGVDINTCNQNGLNGLHLASKEGHVKMVVELLHKEIILETTTKKGNTALHIAALAGQDEVVRELVNYGANVNAQSQKGFTPLYMAAQENHLEVVKFLLENGANQNVATEDGFTPLAVALQQGHENVVAHLINYGTKGKVRLPALHIAARNDDTRTAAVLLQNDPNPDVLSKTGFTPLHIAAHYENLNVAQLLLNRGASVNFTPQNGITPLHIASRRGNVIMVRLLLDRGAQIETKTKDELTPLHCAARNGHVRISEILLDHGAPIQAKTKNGLSPIHMAAQGDHLDCVRLLLQYDAEIDDITLDHLTPLHVAAHCGHHRVAKVLLDKGAKPNSRALNGFTPLHIACKKNHVRVMELLLKTGASIDAVTESGLTPLHVASFMGHLPIVKNLLQRGASPNVSNVKVETPLHMAARAGHTEVAKYLLQNKAKVNAKAKDDQTPLHCAARIGHTNMVKLLLENNANPNLATTAGHTPLHIAAREGHVETVLALLEKEASQACMTKKGFTPLHVAAKYGKVRVAELLLERDAHPNAAGKNGLTPLHVAVHHNNLDIVKLLLPRGGSPHSPAWNGYTPLHIAAKQNQVEVARSLLQYGGSANAESVQGVTPLHLAAQEGHAEMVALLLSKQANGNLGNKSGLTPLHLVAQEGHVPVADVLIKHGVMVDATTRMGYTPLHVASHYGNIKLVKFLLQHQADVNAKTKLGYSPLHQAAQQGHTDIVTLLLKNGASPNEVSSDGTTPLAIAKRLGYISVTDVLKVVTDETSFVLVSDKHRMSFPETVDEILDVSEDEGEELISFKAERRDSRDVDEEKELLDFVPKLDQVVESPAIPRIPCAMPETVVIRSEEQEQASKEYDEDSLIPSSPATETSDNISPVASPVHTGFLVSFMVDARGGSMRGSRHNGLRVVIPPRTCAAPTRITCRLVKPQKLSTPPPLAEEEGLASRIIALGPTGAQFLSPVIVEIPHFASHGRGDRELVVLRSENGSVWKEHRSRYGESYLDQILNGMDEELGSLEELEKKRVCRIITTDFPLYFVIMSRLCQDYDTIGPEGGSLKSKLVPLVQATFPENAVTKRVKLALQAQPVPDELVTKLLGNQATFSPIVTVEPRRRKFHRPIGLRIPLPPSWTDNPRDSGEGDTTSLRLLCSVIGGTDQAQWEDITGTTKLVYANECANFTTNVSARFWLSDCPRTAEAVNFATLLYKELTAVPYMAKFVIFAKMNDPREGRLRCYCMTDDKVDKTLEQHENFVEVARSRDIEVLEGMSLFAELSGNLVPVKKAAQQRSFHFQSFRENRLAMPVKVRDSSREPGGSLSFLRKAMKYEDTQHILCHLNITMPPCAKGSGAEDRRRTPTPLALRYSILSESTPGSLSGTEQAEMKMAVISEHLGLSWAELARELQFSVEDINRIRVENPNSLLEQSVALLNLWVIREGQNANMENLYTALQSIDRGEIVNMLEGSGRQSRNLKPDRRHTDRDYSLSPSQMNGYSSLQDELLSPASLGCALSSPLRADQYWNEVAVLDAIPLAATEHDTMLEMSDMQVWSAGLTPSLVTAEDSSLECSKAEDSDATGHEWKLEGALSEEPRGPELGSLELVEDDTVDSDATNGLIDLLEQEEGQRSEEKLPGSKRQDDATGAGQDSENEVSLVSGHQRGQARITHSPTVSQVTERSQDRLQDWDADGSIVSYLQDAAQGSWQEEVTQGPHSFQGTSTMTEGLEPGGSQEYEKVLVSVSEHTWTEQPEAESSQADRDRRQQGQEEQVQEAKNTFTQVVQGNEFQNIPGEQVTEEQFTDEQGNIVTKKIIRKVVRQIDLSSADAAQEHEEVTVEGPLEDPSELEVDIDYFMKHSKDHTSTPNP

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	126197

fit	/app/data/saxs_computation/v0/7v0x/7v0x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v0/7v0x/7v0x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v0/7v0x/7v0x.dat