7whz

SARS-CoV-2 spike protein in complex with three human neutralizing antibodies

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S1

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	XMA04 heavy chain variable domain × 1 XMA01 heavy chain variable domain × 1 IGL c4029_light_IGKV1-39_IGKJ2 × 1 （A0A5C2G4I7） IG c934_light_IGKV1-5_IGKJ1 × 1 （A0A5C2GTV1） XMA09 heavy chain variable domain × 1 IG c1437_light_IGLV1-40_IGLJ1 × 1 （A0A5C2GVU3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 333–527

IGL c4029_light_IGKV1-39_IGKJ2

Homo sapiens

UniProt A0A5C2G4I7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Spike protein S1 × 1 （P0DTC2） XMA04 heavy chain variable domain × 1 XMA01 heavy chain variable domain × 1 IG c934_light_IGKV1-5_IGKJ1 × 1 （A0A5C2GTV1） XMA09 heavy chain variable domain × 1 IG c1437_light_IGLV1-40_IGLJ1 × 1 （A0A5C2GVU3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5C2G4I7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–107； UniProt 1–107

IG c934_light_IGKV1-5_IGKJ1

Homo sapiens

UniProt A0A5C2GTV1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Spike protein S1 × 1 （P0DTC2） XMA04 heavy chain variable domain × 1 XMA01 heavy chain variable domain × 1 IGL c4029_light_IGKV1-39_IGKJ2 × 1 （A0A5C2G4I7） XMA09 heavy chain variable domain × 1 IG c1437_light_IGLV1-40_IGLJ1 × 1 （A0A5C2GVU3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5C2GTV1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–107； UniProt 1–107

IG c1437_light_IGLV1-40_IGLJ1

Homo sapiens

UniProt A0A5C2GVU3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Spike protein S1 × 1 （P0DTC2） XMA04 heavy chain variable domain × 1 XMA01 heavy chain variable domain × 1 IGL c4029_light_IGKV1-39_IGKJ2 × 1 （A0A5C2G4I7） IG c934_light_IGKV1-5_IGKJ1 × 1 （A0A5C2GTV1） XMA09 heavy chain variable domain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5C2GVU3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–110； UniProt 1–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7whz
沉积日期 deposition_date	2022-01-01
结构标题 title	SARS-CoV-2 spike protein in complex with three human neutralizing antibodies
关键词 keywords	SARS-CoV-2, Omicron, Spike protein, Neutralizing antibody, Cryo-EM, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7whz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7whz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7whz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.59 Å
Rg（电子密度）	31.01 Å
总 Rg	31.79 Å
原子数	6810
残基数	887
排除体积	120020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7whz__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	21873.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6810

TNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGP

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	XMA04 heavy chain variable domain
分子量 formula_weight	13517.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFRTYAMHWVRQAPGKGLEWVAVMWNDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLEMNSLRAEDTAVYYCAREGVAAAGSSSDAFDIWGQGTMVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	XMA01 heavy chain variable domain
分子量 formula_weight	13198.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCSASGFTFSSYAMHWVRQAPGKGLEYVSSISSNGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMSSLRVEDAAVYYCVKHYQQQLLWGGPDVWGQGTTVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	IGL c4029_light_IGKV1-39_IGKJ2
分子量 formula_weight	11616.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISNFLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTLYSFGQGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	IG c934_light_IGKV1-5_IGKJ1
分子量 formula_weight	11781.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DIQMTQSPVSLSASVGDRVTITCRASQSISTWLAWYQQKPGKAPKLLIYETSSLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQFNSYPWTFGQGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	XMA09 heavy chain variable domain
分子量 formula_weight	13272.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSFAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPIYGTANYAQKFQGRVTITADESTSTAYMDLSSLRSEDTAVYYCARDGSSTYYPHNWFDPWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	IG c1437_light_IGLV1-40_IGLJ1
分子量 formula_weight	11374.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSSSNIGSGYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGVFGTGTKVTVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	7whzB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7whzC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7whzD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7whzE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7whzH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7whzL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.42 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	721486

SARS-CoV-2 spike protein in complex with three human neutralizing antibodies

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IGL c4029_light_IGKV1-39_IGKJ2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IG c934_light_IGKV1-5_IGKJ1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IG c1437_light_IGLV1-40_IGLJ1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7whz__assembly_1__model_1

7whz__assembly_1__model_1 | I(q)

7whz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)