Nucleoporin NIC96
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–839 链 Z; UniProt 1–839 | 未记录 | Nucleoporin NUP157 × 1 (P40064) Nucleoporin NUP170 × 1 (P38181) Nucleoporin NUP188 × 1 (P52593) Nucleoporin NUP192 × 1 (P47054) Nucleoporin NUP49/NSP49 × 2 (Q02199) Nucleoporin NUP57 × 2 (P48837) Nucleoporin NSP1 × 2 (P14907) | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 3.71 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 7WOO | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2QX5 Structure of nucleoporin Nic96 提交 2007-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
186–839(654 aa)
片段:residues 186-839
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.2;289 K;18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Potassium Thiocyanate, 1mM Cetyltrimethylammonium bromide, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.285 |
| 2QX5 Structure of nucleoporin Nic96 提交 2007-08-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
186–839(654 aa)
片段:residues 186-839
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.2;289 K;18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Potassium Thiocyanate, 1mM Cetyltrimethylammonium bromide, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.285 |
| 2RFO Crystral Structure of the nucleoporin Nic96 提交 2007-10-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
189–839(651 aa)
片段:UNP residues 189-839
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;3-10% PEG3350, 0.1M BisTris pH6.5, 0.05M lithium sulfate, 3% 1,6-hexandiole, 0.01mM DTE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.285 |
| 2RFO Crystral Structure of the nucleoporin Nic96 提交 2007-10-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
189–839(651 aa)
片段:UNP residues 189-839
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;3-10% PEG3350, 0.1M BisTris pH6.5, 0.05M lithium sulfate, 3% 1,6-hexandiole, 0.01mM DTE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.285 |
| 6X07 Nic96 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN12 提交 2020-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
186–839(654 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;8% PEG 8,000 and 0.1M tri-sodium citrate pH 5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.245 |
| 7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 Q
1–839(839 aa)
链 R
1–839(839 aa)
链 S
1–839(839 aa)
链 T
1–839(839 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric |
链 Q
1–839(839 aa)
链 R
1–839(839 aa)
链 S
1–839(839 aa)
链 T
1–839(839 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric |
链 Q
1–839(839 aa)
链 R
1–839(839 aa)
链 S
1–839(839 aa)
链 T
1–839(839 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 448 PDB 声明:448-meric |
链 Q
1–839(839 aa)
链 R
1–839(839 aa)
链 S
1–839(839 aa)
链 T
1–839(839 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:56-meric |
链 Q
1–839(839 aa)
链 R
1–839(839 aa)
链 S
1–839(839 aa)
链 T
1–839(839 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:56-meric |
链 Q
1–839(839 aa)
链 R
1–839(839 aa)
链 S
1–839(839 aa)
链 T
1–839(839 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7WOT Cryo-EM structure of the inner ring monomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric |
链 A
1–839(839 aa)
链 M
1–839(839 aa)
链 N
1–839(839 aa)
链 Z
1–839(839 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |
| 8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric |
链 Q
1–839(839 aa)
链 R
1–839(839 aa)
链 S
1–839(839 aa)
链 T
1–839(839 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | NIC96_YEAST |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–839; UniProt 1–839 作者链 Z; PDB构建体 1–839; UniProt 1–839 |