7woo

Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 246.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NIC96

物种未注明

UniProt P34077

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–839 链 Z; UniProt 1–839 未记录 Nucleoporin NUP157 × 1 (P40064) Nucleoporin NUP170 × 1 (P38181) Nucleoporin NUP188 × 1 (P52593) Nucleoporin NUP192 × 1 (P47054) Nucleoporin NUP49/NSP49 × 2 (Q02199) Nucleoporin NUP57 × 2 (P48837) Nucleoporin NSP1 × 2 (P14907) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NIC96_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–839; UniProt 1–839 作者链 Z; PDB构建体 1–839; UniProt 1–839

Nucleoporin NUP157

物种未注明

UniProt P40064

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–1391 未记录 Nucleoporin NIC96 × 2 (P34077) Nucleoporin NUP170 × 1 (P38181) Nucleoporin NUP188 × 1 (P52593) Nucleoporin NUP192 × 1 (P47054) Nucleoporin NUP49/NSP49 × 2 (Q02199) Nucleoporin NUP57 × 2 (P48837) Nucleoporin NSP1 × 2 (P14907) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU157_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1391; UniProt 1–1391

Nucleoporin NUP170

物种未注明

UniProt P38181

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–1502 未记录 Nucleoporin NIC96 × 2 (P34077) Nucleoporin NUP157 × 1 (P40064) Nucleoporin NUP188 × 1 (P52593) Nucleoporin NUP192 × 1 (P47054) Nucleoporin NUP49/NSP49 × 2 (Q02199) Nucleoporin NUP57 × 2 (P48837) Nucleoporin NSP1 × 2 (P14907) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 NU170_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–1502; UniProt 1–1502

Nucleoporin NUP188

物种未注明

UniProt P52593

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–1655 未记录 Nucleoporin NIC96 × 2 (P34077) Nucleoporin NUP157 × 1 (P40064) Nucleoporin NUP170 × 1 (P38181) Nucleoporin NUP192 × 1 (P47054) Nucleoporin NUP49/NSP49 × 2 (Q02199) Nucleoporin NUP57 × 2 (P48837) Nucleoporin NSP1 × 2 (P14907) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 NU188_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–1655; UniProt 1–1655

Nucleoporin NUP192

物种未注明

UniProt P47054

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–1683 未记录 Nucleoporin NIC96 × 2 (P34077) Nucleoporin NUP157 × 1 (P40064) Nucleoporin NUP170 × 1 (P38181) Nucleoporin NUP188 × 1 (P52593) Nucleoporin NUP49/NSP49 × 2 (Q02199) Nucleoporin NUP57 × 2 (P48837) Nucleoporin NSP1 × 2 (P14907) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU192_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–1683; UniProt 1–1683

Nucleoporin NUP49/NSP49

物种未注明

UniProt Q02199

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–472 链 J; UniProt 1–472 未记录 Nucleoporin NIC96 × 2 (P34077) Nucleoporin NUP157 × 1 (P40064) Nucleoporin NUP170 × 1 (P38181) Nucleoporin NUP188 × 1 (P52593) Nucleoporin NUP192 × 1 (P47054) Nucleoporin NUP57 × 2 (P48837) Nucleoporin NSP1 × 2 (P14907) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP49_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472 作者链 J; PDB构建体 1–472; UniProt 1–472

Nucleoporin NUP57

物种未注明

UniProt P48837

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–541 链 K; UniProt 1–541 未记录 Nucleoporin NIC96 × 2 (P34077) Nucleoporin NUP157 × 1 (P40064) Nucleoporin NUP170 × 1 (P38181) Nucleoporin NUP188 × 1 (P52593) Nucleoporin NUP192 × 1 (P47054) Nucleoporin NUP49/NSP49 × 2 (Q02199) Nucleoporin NSP1 × 2 (P14907) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP57_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–541; UniProt 1–541 作者链 K; PDB构建体 1–541; UniProt 1–541

Nucleoporin NSP1

物种未注明

UniProt P14907

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–823 链 L; UniProt 1–823 未记录 Nucleoporin NIC96 × 2 (P34077) Nucleoporin NUP157 × 1 (P40064) Nucleoporin NUP170 × 1 (P38181) Nucleoporin NUP188 × 1 (P52593) Nucleoporin NUP192 × 1 (P47054) Nucleoporin NUP49/NSP49 × 2 (Q02199) Nucleoporin NUP57 × 2 (P48837) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NSP1_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–823; UniProt 1–823 作者链 L; PDB构建体 1–823; UniProt 1–823

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7woo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7woo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7woo
沉积日期 deposition_date2022-01-22
结构标题 titleCryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex
关键词 keywordsnuclear pore complex, inner ring, protomer, Saccharomyces cerevisiae, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier92.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron93.25
零角强度 I(0) i011953900000.00
分子量 molecular_weight948550.0 kDa
排除体积 excluded_volume1194600 ų
包络体积 envelope_volume2277900 ų
水化壳体积 shell_volume218570 ų
包络直径 envelope_diameter382.8
壳层 Rg shell_rg79.18
包络 Rg envelope_rg90.58
形状 Rg shape_rg93.21
总 Rg total_rg93.22
总原子数 total_atoms66949
残基数 n_residues8644
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax246.6
Rg (实空间) rg_real86.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real1.1380e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1060e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal89.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11860000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9162
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary101.5
偏度 Skewness skewness0.245
峰度 Kurtosis kurtosis-0.555
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.7811
最高正则化参数 α highest_alpha634100000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.003; Oscil: 1.000; Stabil: 0.971; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)