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7wr0

P32 of caspase-4 C258A mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-4

Homo sapiens

UniProt P49662

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 102–377 突变：C258A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium chloride 分辨率 2.80 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7WR0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6KMZ caspase-4 P22/P10 C258A in complex with human GSDMD-C domain 提交 2019-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 105–289（185 aa）
链 B 105–289（185 aa）
链 a 290–377（88 aa）
链 b 290–377（88 aa）
突变：C258A 突变：C258A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM sodium tartrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 5% glycerol and 4% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol
分辨率 3.61 Å R-free 0.319
6KMZ caspase-4 P22/P10 C258A in complex with human GSDMD-C domain 提交 2019-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 105–289（185 aa）
链 D 105–289（185 aa）
链 c 290–377（88 aa）
链 d 290–377（88 aa）
突变：C258A 突变：C258A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM sodium tartrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 5% glycerol and 4% 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol
分辨率 3.61 Å R-free 0.319
6NRY Crystal structure of human caspase-4 提交 2019-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 92–377（286 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25mM Bis-Tris, 20% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.237
7WR1 P32 of caspase-4 C258A mutant in complex with OspC3 C-terminal ankyrin-repeat domain 提交 2022-01-26 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 102–377（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；5% PEG8000, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, % 2-propanol
分辨率 2.13 Å R-free 0.200
7WR1 P32 of caspase-4 C258A mutant in complex with OspC3 C-terminal ankyrin-repeat domain 提交 2022-01-26 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 102–377（276 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；5% PEG8000, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, % 2-propanol
分辨率 2.13 Å R-free 0.200
7WR4 Crystal structure of OspC3-calmodulin-caspase-4 complex 提交 2022-01-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 102–377（276 aa）
突变：C258A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.2 M Ammonium sulfate, 0.3 M NDSB-195
分辨率 2.75 Å R-free 0.270
7WR5 Crystal structure of OspC3-calmodulin-caspase-4 complex binding with 2'-aF-NAD+ 提交 2022-01-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 102–377（276 aa）
突变：C258A 5ZV [[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(3-aminocarbonylpyridin-1-yl)-4-fluoranyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2 M Potassium acetate
分辨率 3.10 Å R-free 0.272
7WR6 Crystal structure of ADP-riboxanated caspase-4 in complex with Af1521 提交 2022-01-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 102–377（276 aa）
突变：C258A 5ZY [[(3~{a}~{S},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-2-azanylidene-3-[(4~{R})-4-azanyl-5-oxidanylidene-pentyl]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxazol-5-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；27% PEG 3350, 0.05M CAPSO pH 9.0
分辨率 1.96 Å R-free 0.228
8J6K Crystal structure of pro-interleukin-18 and caspase-4 complex 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 102–270（169 aa）
链 a 290–377（88 aa）
突变：C258A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Calcium acetate, 0.1M Tris-HCl pH 9.0, 13% PEG 8000, 0.01 M L-Glutathione reduced, 0.01 M L-Glutathione oxidized
分辨率 3.12 Å R-free 0.269
8SPB Caspase-4/Pro-IL-18 complex 提交 2023-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 94–270（177 aa）
链 B 290–377（88 aa）
链 a 94–270（177 aa）
链 b 290–377（88 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CASP4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–280； UniProt 102–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7wr0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7wr0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7wr0
沉积日期 deposition_date2022-01-26
结构标题 titleP32 of caspase-4 C258A mutant
关键词 keywordsprotease, mutant, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.73 Å
零角强度 I(0) i013482100.00
分子量 molecular_weight27374.0 kDa
排除体积 excluded_volume34238 ų
包络体积 envelope_volume39122 ų
水化壳体积 shell_volume18404 ų
包络直径 envelope_diameter65.8 Å
壳层 Rg shell_rg24.19 Å
包络 Rg envelope_rg18.10 Å
形状 Rg shape_rg17.72 Å
总 Rg total_rg18.75 Å
总原子数 total_atoms1921
残基数 n_residues237
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13480000.0000
解质量估计 total_estimate0.7345
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.2 Å
偏度 Skewness skewness0.215
峰度 Kurtosis kurtosis-0.261
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2973000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.540; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)