SAXSdb — 7xby

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiotensin-converting enzyme

Equus caballus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Spike protein S1 × 1 （P0DTC2） ZINC ION × 1 BROMIDE ION × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F6V9L3_HORSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–805； UniProt 1–805

Spike protein S1

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

UniProt P0DTC2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Angiotensin-converting enzyme × 1 （F6V9L3） ZINC ION × 1 BROMIDE ION × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_SARS2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–223； UniProt 319–541

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7xby
沉积日期 deposition_date	2022-03-22
结构标题 title	The crystal structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 variant RBD in complex with equine ACE2
关键词 keywords	complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7xby__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7xby__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7xby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.69 Å
Rg（电子密度）	31.34 Å
总 Rg	31.90 Å
原子数	6437
残基数	791
排除体积	114110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7xby__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme
分子量 formula_weight	92299.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6437

MSGSSWLLLSLVAVTAAQSTTEDLAKTFLEKFNSEAEELSHQSSLASWSYNTNITDENVQKMNEAGARWSAFYEEQCKLAKTYPLEEIQNLTVKRQLQALQQSGSSVLSADKSKRLNEILNTMSTIYSTGKVCNPSNPQECLLLEPGLDAIMENSKDYNQRLWAWEGWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARANNYEDYGDYWRGDYEAEGPSGYDYSRDQLIEDVERTFAEIKPLYEHLHAYVRAKLMDTYPSHINPTGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQSWDAKRIFEEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTEPGDGRKVVCHPTAWDLGKGDFRIKMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYAVQPYLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPNHLKAIGLLPPDFYEDSETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKEEWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYCDPAALFHVANDYSFIRYYTRTIYQFQFQEALCQTAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLLQMLSLGKSEPWTLALERIVGVKNMDVRPLLNYFEPLFTWLKDQNKNSFVGWSTNWSPYADQSIKVRISLKSALGEKSYEWNDNEMYLFQSSVAYAMRVYFLKAKNQTILFGEEDVWVSDLKPRISFNFFVTSPKNASDIIPRTDVEEAIRMSRSRINDAFRLDDNTLEFLGIQPTLGPPYQPPVTVWLIAFGVVMGLVVVGIVVLIATGIRGRRKKNQARSEENPYASVDLSKGENNPGFQNGDDVQTSF

来源 Source

来源生物 organism	Equus caballus
通用名 common_name	horse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9796
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	25415.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RVQPTESIVRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNLAPFFTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVSGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGFNCYFPLRSYSFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV,SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	113.975 Å
晶胞边长 b length_b	113.975 Å
晶胞边长 c length_c	152.738 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	32.900 Å
R 因子 r_factor	0.2298
R_work r_work	0.2282
R_free r_free	0.2626

The crystal structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 variant RBD in complex with equine ACE2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiotensin-converting enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Spike protein S1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xby__assembly_1__model_1

7xby__assembly_1__model_1 | I(q)

7xby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 variant RBD in complex with equine ACE2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiotensin-converting enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spike protein S1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xby__assembly_1__model_1

7xby__assembly_1__model_1 | I(q)

7xby__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)