7xfg

NMR solution structures of p300 TAZ2 domain in complex with BRD4-NUT F1c domain binding motif #1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 54.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase p300

Homo sapiens

UniProt Q09472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1723–1812 片段:TAZ2 domain 突变:C1738A, C1746A, C1789A, C1790A NUT family member 1 × 1 (Q86Y26) ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.3;298 K;离子强度(mmCIF原始值)null;压力 1 NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p300 TAZ2 domain, 1.5 mM BRD4-NUT fusion protein F1c domain binding motif #1, 200 mM sodium phosphate, 3.0 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p300 TAZ2 domain, 1.5 mM BRD4-NUT fusion protein F1c domain binding motif #1, 200 mM sodium phosphate, 3.0 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、92 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EP300_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–94; UniProt 1723–1812

NUT family member 1

物种未注明

UniProt Q86Y26

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 403–418 未记录 Histone acetyltransferase p300 × 1 (Q09472) ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.3;298 K;离子强度(mmCIF原始值)null;压力 1 NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p300 TAZ2 domain, 1.5 mM BRD4-NUT fusion protein F1c domain binding motif #1, 200 mM sodium phosphate, 3.0 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p300 TAZ2 domain, 1.5 mM BRD4-NUT fusion protein F1c domain binding motif #1, 200 mM sodium phosphate, 3.0 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUTM1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–16; UniProt 403–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7xfg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7xfg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7xfg
沉积日期 deposition_date2022-04-01
结构标题 titleNMR solution structures of p300 TAZ2 domain in complex with BRD4-NUT F1c domain binding motif #1
关键词 keywordsBRD4-NUT fusion protein, CBP/p300, TAZ2 domain, F1c domain, NUT carcinoma, PEPTIDE BINDING PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.54
零角强度 I(0) i01125840000.00
分子量 molecular_weight261080.0 kDa
排除体积 excluded_volume317930 ų
包络体积 envelope_volume36343 ų
水化壳体积 shell_volume17111 ų
包络直径 envelope_diameter64.5
壳层 Rg shell_rg24.37
包络 Rg envelope_rg19.12
形状 Rg shape_rg14.53
总 Rg total_rg14.75
总原子数 total_atoms35920
残基数 n_residues2360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.4
Rg (实空间) rg_real15.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real1.1260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1126000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6071
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary19.3
偏度 Skewness skewness0.403
峰度 Kurtosis kurtosis0.110
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha266500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.621; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7xfgA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1020 — CREB-binding Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — TAZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)