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7xsu

Cardiac sodium channel in complex with LqhIII

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 130.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein

Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP

UniProt B7UCZ6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 512–750 未记录 Alpha-like toxin Lqh3 × 1 （P56678） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 BMA beta-D-mannopyranose × 1 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7XSU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6ZQO EYFP mutant - F165G 提交 2020-07-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 512–750（239 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5.7 mg/ml in 20mM Tris 8.0 200 mM NaCl mixed with a 1.44M (NH4)2SO4, 60mM Bicine pH 9.0 reservoir solution.
分辨率 2.20 Å R-free 0.340
7EYE Cryo-EM (SPA) structure of Nup155 N-terminus (19-863) at 5.1 Angstrom resolution 提交 2021-05-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 512–750（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was freshly made.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.10 Å
7EYQ Cryo-EM (SPA) structure of human Nup155 Longer N-terminus (19-1069) at 5.4 Angstrom resolution 提交 2021-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 512–750（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was freshly made.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.40 Å
7FBS structure of a channel 提交 2021-07-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 512–750（239 aa）
突变：I1487Q,F1488Q,M1489Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 11 4Y4 1-[2-[(2R)-2-oxidanyl-3-(propylamino)propoxy]phenyl]-3-phenyl-propan-1-one × 1 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9NTM SPEF1 bound to 14-pf microtubule 提交 2025-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 89 PDB 声明：89-meric
链 1A 512–750（239 aa）
链 1B 512–750（239 aa）
链 1C 512–750（239 aa）
链 1D 512–750（239 aa）
链 1E 512–750（239 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 42 MG MAGNESIUM ION × 42 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 42 TA1 TAXOL × 42 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B7UCZ6_9RHAB
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1590–1828； UniProt 512–750

Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein

Recombinant vesicular stomatitis Indiana virus rVSV-G/GFP

UniProt P15389

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–461 链 A； UniProt 659–1068 链 A； UniProt 1190–1898 未记录 Alpha-like toxin Lqh3 × 1 （P56678） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 BMA beta-D-mannopyranose × 1 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7XSU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6UZ0 Cardiac sodium channel with flecainide 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1898（1898 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 5 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 11 K4D Flecainide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；waiting for 20s, blot for 2.5-3.5s before plunging
分辨率 3.24 Å
6UZ3 Cardiac sodium channel 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1898（1898 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 5 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；waiting for 20s, blot for 2.5-3.5s before plunging
分辨率 3.50 Å
7FBS structure of a channel 提交 2021-07-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–461（461 aa）
链 A 659–1068（410 aa）
链 A 1190–1898（709 aa）
突变：I1487Q,F1488Q,M1489Q 突变：I1487Q,F1488Q,M1489Q 突变：I1487Q,F1488Q,M1489Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 11 4Y4 1-[2-[(2R)-2-oxidanyl-3-(propylamino)propoxy]phenyl]-3-phenyl-propan-1-one × 1 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7K18 Cardiac Sodium channel with toxin bound 提交 2020-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1898（1898 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8F6P Rat Cardiac Sodium Channel with Ranolazine Bound 提交 2022-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–461（461 aa）
链 A 659–1068（410 aa）
链 A 1137–1845（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 BMA beta-D-mannopyranose × 3 XHO (R)-ranolazine × 1 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8T6L Cryo-EM structure of rat cardiac sodium channel NaV1.5 with batrachotoxin analog BTX-B 提交 2023-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1931（1931 aa）
突变：A33T,G214D NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 10 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 11 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 2 YIJ (1R)-1-[(5aR,7aR,9R,11aS,11bS,12R,13aR)-9,12-dihydroxy-2,11a-dimethyl-1,2,3,4,7a,8,9,10,11,11a,12,13-dodecahydro-7H-9,11b-epoxy-13a,5a-prop[1]enophenanthro[2,1-f][1,4]oxazepin-14-yl]ethyl benzoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SCN5A_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–461； UniProt 1–461 作者链 A； PDB构建体 462–871； UniProt 659–1068 作者链 A； PDB构建体 872–1580； UniProt 1190–1898

Alpha-like toxin Lqh3

物种未注明

UniProt P56678

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–67 未记录 Sodium channel protein type 5 subunit alpha,G protein/GFP fusion protein × 1 （P15389,B7UCZ6） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 BMA beta-D-mannopyranose × 1 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.1 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7XSU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BMR ALPHA-LIKE TOXIN LQH III FROM SCORPION LEIURUS QUINQUESTRIATUS HEBRAEUS, NMR, 25 STRUCTURES 提交 1998-07-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–67（67 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；311 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM PHOSPHATE BUFFER；压力 1
NMR样品组成 90% WATER/10% D2O
分辨率未提供
1FH3 NMR STRUCTURES OF LQH III ALPHA-LIKE SCORPION TOXIN FROM LEIURUS QUINQUESTRIATUS CORRESPONDING TO THE MAJOR CONFORMER IN SOLUTION 提交 2000-07-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–67（67 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；311 K；离子强度（mmCIF原始值）NA；压力 1
NMR样品组成 2mM LqhIII; 100 mM phosphate buffer pH 5.8; 90% H2O 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7K18 Cardiac Sodium channel with toxin bound 提交 2020-09-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–67（67 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SCL3_LEIHE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7xsu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7xsu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7xsu
沉积日期 deposition_date2022-05-15
结构标题 titleCardiac sodium channel in complex with LqhIII
关键词 keywordscardiac sodium channel, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-TOXIN complex; MEMBRANE PROTEIN/TOXIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.21 Å
零角强度 I(0) i0211424000.00
分子量 molecular_weight127320.0 kDa
排除体积 excluded_volume163530 ų
包络体积 envelope_volume222660 ų
水化壳体积 shell_volume52613 ų
包络直径 envelope_diameter140.6 Å
壳层 Rg shell_rg41.48 Å
包络 Rg envelope_rg35.79 Å
形状 Rg shape_rg35.21 Å
总 Rg total_rg35.67 Å
总原子数 total_atoms8969
残基数 n_residues1152
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.7 Å
Rg (实空间) rg_real36.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal211400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8487
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.5 Å
偏度 Skewness skewness0.295
峰度 Kurtosis kurtosis-0.135
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha23980000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.681; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)