SAXSdb — 7y38

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-capping enzyme nsP1,affinity-tag (strepII-3XFLAG)

Chikungunya virus strain S27-African prototype

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 14 RNA 1	RNA-directed RNA polymerase nsP4 × 1 ;RNA (5'-R(PCPCP*A)-3') ; × 1 ZINC ION × 12 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 12	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLN_CHIKS
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 A； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 B； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 B； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 C； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 C； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 D； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 D； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 E； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 E； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 F； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 F； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 G； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 G； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 H； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 H； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 I； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 I； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 J； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 J； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 K； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 K； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 L； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516 作者链 L； PDB构建体 553–570； UniProt 517–534 作者链 Y； PDB构建体 1–798； UniProt 536–1333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7y38
沉积日期 deposition_date	2022-06-10
结构标题 title	Molecular architecture of the chikungunya virus replication complex
关键词 keywords	;replicase, replication complex, viral RNA replication, capping, helicase, protease, RNA-dependent RNA polymerase, RdRp, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-RNA complex ;; VIRAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7y38__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7y38__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7y38__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	68.74 Å
Rg（电子密度）	68.60 Å
总 Rg	68.77 Å
原子数	53063
残基数	6707
排除体积	943120 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7y38__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	mRNA-capping enzyme nsP1,affinity-tag (strepII-3XFLAG)
分子量 formula_weight	64328.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-,2.7.7.-,2.1.1.-,2.7.7.-
突变 mutation	H37A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	53135

MDPVYVDIDADSAFLKALQRAYPMFEVEPRQVTPNDAANARAFSHLAIKLIEQEIDPDSTILDIGSAPARRMMSDRKYHCVCPMRSAEDPERLANYARKLASAAGKVLDRNISGKIGDLQAVMAVPDTETPTFCLHTDVSCRQRADVAIYQDVYAVHAPTSLYHQAIKGVRLAYWVGFDTTPFMYNAMAGAYPSYSTNWADEQVLKAKNIGLCSTDLTEGRRGKLSIMRGKKLEPCDRVLFSVGSTLYPESRKLLKSWHLPSVFHLKGKLSFTCRCDTVVSCEGYVVKRITMSPGLYGKTTGYAVTHHADGFLMCKTTDTVDGERVSFSVCTYVPATICDQMTGILATEVTPEDAQKLLVGLNQRIVVNGRTQRNTNTMKNYMIPVVAQAFSKWAKECRKDMEDEKLLGVRERTLTCCCLWAFKKQKTHTVYKRPDTQSIQKVQAEFDSFVVPSLWSSGLSIPLRTRIKWLLSKVPKTDLTPYSGDAQEARDAEKEAEEEREAELTLEALPPLQAAGGGGSWSHPQFEKMDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKQEDVQVEIDVEQLEDRAGNGL

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus strain S27-African prototype
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	371094
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase nsP4
分子量 formula_weight	68373.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.19,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

YIFSSDTGQGHLQQKSVRQTTLPVNIVEEVHEEKCYPPKLDEIKEQLLLKRLQESASTANRSRYQSRKVENMKAMIIHRLKEGCRLYLASDTPRVPSYRITYPAPIYSPSINIKLSNPETAVAVCNEFLARNYPTVASYQVTDEYDAYLDMVDGSESCLDRATFNPSKLRSYPKQHSYHAPTIRSAVPSPFQNTLQNVLAAATKRNCNVTQMRELPTMDSAAFNVECFKKYACNQEYWREFASSPIRVTTENLTTYVTKLKGPKAAALFAKTHNLLPLQEVPMDRFTMDMKRDVKVTPGTKHTEERPKVQVIQAAEPLATAYLCGIHRELVRRLNAVLLPNVHTLFDMSAEDFDAIIATHFKPGDAVLETDIASFDKSQDDSLALTAMMLLEDLGVDQPILDLIEAAFGEISSCHLPTGTRFKFGAMMKSGMFLTLFVNTLLNITIASRVLEERLTTSACAAFIGDDNIIHGVVSDALMAARCATWMNMEVKIIDAVVSVKAPYFCGGFILHDTVTGTACRVADPLKRLFKLGKPLAAGDEQDEDRRRALADEVTRWQRTGLVTELERAVYSRYEVQGITAVITSMATFASSKENFKKLRGPVVTLYGGPK

来源 Source

来源生物 organism	Onyong-nyong virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2169701
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protease nsP2
分子量 formula_weight	89599.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.33,3.4.22.-,3.6.1.15,3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

GIIETPRGAIKVTAQPTDHVVGEYLVLSPQTVLRSQKLSLIHALAEQVKTCTHSGRAGRYAVEAYDGRVLVPSGYAISPEDFQSLSESATMVYNEREFVNRKLHHIAMHGPALNTDEESYELVRAERTEHEYVYDVDQRRCCKKEEAAGLVLVGDLTNPPYHEFAYEGLKIRPACPYKIAVIGVFGVPGSGKSAIIKNLVTRQDLVTSGKKENCQEITTDVMRQRGLEISARTVDSLLLNGCNRPVDVLYVDEAFACHSGTLLALIALVRPRQKVVLCGDPKQCGFFNMMQMKVNYNHNICTQVYHKSISRRCTLPVTAIVSSLHYEGKMRTTNEYNKPIVVDTTGSTKPDPGDLVLTCFRGWVKQLQIDYRGHEVMTAAASQGLTRKGVYAVRQKVNENPLYASTSEHVNVLLTRTEGKLVWKTLSGDPWIKTLQNPPKGNFKATIKEWEVEHASIMAGICSHQMTFDTFQNKANVCWAKSLVPILETAGIKLNDRQWSQIIQAFKEDKAYSPEVALNEICTRMYGVDLDSGLFSKPLVSVYYADNHWDNRPGGKMFGFNPEAASILERKYPFTKGKWNINKQICVTTRRIEDFNPTTNIIPANRRLPHSLVAEHRPVKGERMEWLVNKINGHHVLLVSGCSLALPTKRVTWVAPLGVRGADYTYNLELGLPATLGRYDLVVINIHTPFRIHHYQQCVDHAMKLQMLGGDSLRLLKPGGSLLIRAYGYADRTSERVICVLGRKFRSSRALKPPCVTSNTEMFFLFSNFDNGRRNFTTHVMNNQLNAAFVGQATRAGC

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus strain S27-African prototype
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	371094
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PCPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	894.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

CCA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7y38Y01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	132510

Molecular architecture of the chikungunya virus replication complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-capping enzyme nsP1,affinity-tag (strepII-3XFLAG)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7y38__assembly_1__model_1

7y38__assembly_1__model_1 | I(q)

7y38__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Molecular architecture of the chikungunya virus replication complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-capping enzyme nsP1,affinity-tag (strepII-3XFLAG)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7y38__assembly_1__model_1

7y38__assembly_1__model_1 | I(q)

7y38__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)