7y5k

Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup C2221

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin assembly factor 1 subunit A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 442–714	未记录	Histone-binding protein RBBP4 × 1 （Q09028） Chromatin assembly factor 1 subunit B × 1 （Q13112） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.48 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7Y5K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7Y5L Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup C2 提交 2022-06-17	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 442–714（273 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.42 Å R-free 0.237
7Y5L Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup C2 提交 2022-06-17	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 442–714（273 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.42 Å R-free 0.237
7Y5O Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup P21 提交 2022-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 442–714（273 aa）链 D 442–714（273 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.57 Å R-free 0.232
7Y5U Cryo-EM structure of the monomeric human CAF1LC-H3-H4 complex 提交 2022-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 442–853（412 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7Y5V Cryo-EM structure of the dimeric human CAF1LC-H3-H4 complex 提交 2022-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 442–853（412 aa）链 F 442–853（412 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7Y60 Cryo-EM structure of human CAF1LC bound right-handed Di-tetrasome 提交 2022-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 442–853（412 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7Y61 Cryo-EM structure of the two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome 提交 2022-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 K 442–853（412 aa）链 M 442–853（412 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
8IQF Cryo-EM structure of the dimeric human CAF1-H3-H4 complex 提交 2023-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–956（956 aa）链 F 1–956（956 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8IQG Cryo-EM structure of the monomeric human CAF1-H3-H4 complex 提交 2023-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–956（956 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8J6S Cryo-EM structure of the single CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–956（956 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8J6T Cryo-EM structure of the double CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 K 1–956（956 aa）链 M 1–956（956 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	CAF1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–273； UniProt 442–714

Histone-binding protein RBBP4

Homo sapiens

UniProt Q09028

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–425	未记录	Chromatin assembly factor 1 subunit A × 1 （Q13111） Chromatin assembly factor 1 subunit B × 1 （Q13112） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.48 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7Y5K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2XU7 Structural basis for RbAp48 binding to FOG-1 提交 2010-10-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NA-MALONATE PH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
2XU7 Structural basis for RbAp48 binding to FOG-1 提交 2010-10-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NA-MALONATE PH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
3GFC Crystal Structure of Histone-binding protein RBBP4 提交 2009-02-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
4PBY Structure of the human RbAp48-MTA1(656-686) complex 提交 2014-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEGMME 550, 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, and 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.225
4PBY Structure of the human RbAp48-MTA1(656-686) complex 提交 2014-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEGMME 550, 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, and 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.225
4PBZ Structure of the human RbAp48-MTA1(670-695) complex 提交 2014-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, and 0.1 M MES/imidazole pH 6.5.	分辨率 2.15 Å R-free 0.231
4PC0 Structure of the human RbAp48-MTA1(670-711) complex 提交 2014-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M calcium acetate and 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
4PC0 Structure of the human RbAp48-MTA1(670-711) complex 提交 2014-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M calcium acetate and 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
4R7A Crystal Structure of RBBP4 bound to PHF6 peptide 提交 2014-08-27	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M potassium thiocyanate,30% PEGMME2000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.85 Å R-free 0.207
5FXY Structure of the human RBBP4:MTA1(464-546) complex 提交 2016-03-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.21 M AMMONIUM CITRATE AND 19% PEG 3350, pH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.291
5FXY Structure of the human RBBP4:MTA1(464-546) complex 提交 2016-03-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.21 M AMMONIUM CITRATE AND 19% PEG 3350, pH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.291
5FXY Structure of the human RBBP4:MTA1(464-546) complex 提交 2016-03-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.21 M AMMONIUM CITRATE AND 19% PEG 3350, pH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.291
5FXY Structure of the human RBBP4:MTA1(464-546) complex 提交 2016-03-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.21 M AMMONIUM CITRATE AND 19% PEG 3350, pH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.291
5VTB Crystal structure of RBBP4 bound to BCL11a peptide 提交 2017-05-16	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate	分辨率 2.40 Å R-free 0.244
5WAI Crystal Structure of a Suz12-Rbbp4-Jarid2-Aebp2 Heterotetrameric Complex 提交 2017-06-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG6000, 5%v/v(+/-)-2-Methyl-2,4-pentaneediol (MPD) and 100mM HEPES pH 7.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.216
5WAI Crystal Structure of a Suz12-Rbbp4-Jarid2-Aebp2 Heterotetrameric Complex 提交 2017-06-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG6000, 5%v/v(+/-)-2-Methyl-2,4-pentaneediol (MPD) and 100mM HEPES pH 7.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.216
5WAK Crystal Structure of a Suz12-Rbbp4 Binary Complex 提交 2017-06-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% polyethylene glycol (PEG) 3350, 100 mM ammonium citrate tribasic and 100 mM Tris-HCl, pH 8.6	分辨率 3.20 Å R-free 0.251
5XWR Crystal Structure of RBBP4-peptide complex 提交 2017-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–425（425 aa）链 B 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Bis-Tris, pH5.5, 25% PEG 3,350	分辨率 2.69 Å R-free 0.256
5XXQ Crystal structure of RBBP4: ZNF827 and its function in telomere 提交 2017-07-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5 , 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
5XXQ Crystal structure of RBBP4: ZNF827 and its function in telomere 提交 2017-07-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5 , 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
5Y1U Crystal structure of RBBP4 bound to AEBP2 RRK motif 提交 2017-07-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5 , 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 2.14 Å R-free 0.219
5Y1U Crystal structure of RBBP4 bound to AEBP2 RRK motif 提交 2017-07-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5 , 30%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 2.14 Å R-free 0.219
6BW3 Crystal structure of RBBP4 in complex with PRDM3 N-terminal peptide 提交 2017-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–425（425 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M BisTris	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
6BW3 Crystal structure of RBBP4 in complex with PRDM3 N-terminal peptide 提交 2017-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M BisTris	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
6BW4 Crystal structure of RBBP4 in complex with PRDM16 N-terminal peptide 提交 2017-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；22% PEG3350, 0.2 M Sodium malonate, 0.1 M BisTris	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
6BW4 Crystal structure of RBBP4 in complex with PRDM16 N-terminal peptide 提交 2017-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；22% PEG3350, 0.2 M Sodium malonate, 0.1 M BisTris	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
6C23 Cryo-EM structure of PRC2 bound to cofactors AEBP2 and JARID2 in the Compact Active State 提交 2018-01-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 N 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6C24 Cryo-EM structure of PRC2 bound to cofactors AEBP2 and JARID2 in the Extended Active State 提交 2018-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 N 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6G16 Structure of the human RBBP4:MTA1(464-546) complex showing loop exchange 提交 2018-03-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.21 M AMMONIUM CITRATE, 19% PEG 3350, 15 mM MALTOSE pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.263
6G16 Structure of the human RBBP4:MTA1(464-546) complex showing loop exchange 提交 2018-03-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.21 M AMMONIUM CITRATE, 19% PEG 3350, 15 mM MALTOSE pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.263
6G16 Structure of the human RBBP4:MTA1(464-546) complex showing loop exchange 提交 2018-03-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.21 M AMMONIUM CITRATE, 19% PEG 3350, 15 mM MALTOSE pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.263
6G16 Structure of the human RBBP4:MTA1(464-546) complex showing loop exchange 提交 2018-03-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.21 M AMMONIUM CITRATE, 19% PEG 3350, 15 mM MALTOSE pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.263
6NQ3 Crystal Structure of a SUZ12-RBBP4-PHF19-JARID2 Heterotetrameric Complex 提交 2019-01-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1M Sodium Malonate, pH6.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.230
6NQ3 Crystal Structure of a SUZ12-RBBP4-PHF19-JARID2 Heterotetrameric Complex 提交 2019-01-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1M Sodium Malonate, pH6.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.230
6WKR PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome 提交 2020-04-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric	链 N 1–425（425 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6ZRC Structure of the human RBAP48 in complex with a macrocyclic peptide cyclized via a xylene linker attached to two cysteines 提交 2020-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	PXY PARA-XYLENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；293 K；20% PEG3350 0.15M DL-malic acid pH 7.1	分辨率 2.60 Å R-free 0.293
6ZRC Structure of the human RBAP48 in complex with a macrocyclic peptide cyclized via a xylene linker attached to two cysteines 提交 2020-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	PXY PARA-XYLENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；293 K；20% PEG3350 0.15M DL-malic acid pH 7.1	分辨率 2.60 Å R-free 0.293
6ZRD STRUCTURE OF THE HUMAN RBAP48 in complex with a macrocyclic peptide cyclized via a xylene linker attached to two cysteines 提交 2020-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	SEZ 1,3,5-trimethylbenzene × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG3350 0.2M ammonium acetate 0.1M Bis-TRIS pH 5.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
6ZRD STRUCTURE OF THE HUMAN RBAP48 in complex with a macrocyclic peptide cyclized via a xylene linker attached to two cysteines 提交 2020-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	SEZ 1,3,5-trimethylbenzene × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG3350 0.2M ammonium acetate 0.1M Bis-TRIS pH 5.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
7AOA Structure of the extended MTA1/HDAC1/MBD2/RBBP4 NURD deacetylase complex 提交 2020-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–425（425 aa）链 G 1–425（425 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds, blot force 10	分辨率 19.40 Å
7KSO Cryo-EM structure of PRC2:EZH1-AEBP2-JARID2 提交 2020-11-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7KSR PRC2:EZH1_A from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7KTP PRC2:EZH1_B from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7M40 Discovery of small molecule antagonists of human Retinoblastoma Binding Protein 4 (RBBP4) 提交 2021-03-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	YQJ N~3~-{4-[3-(dimethylamino)pyrrolidin-1-yl]-6,7-dimethoxyquinazolin-2-yl}-N~1~,N~1~-dimethylpropane-1,3-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；23% PEG3350, 0.2N ammonium acetate, 0.1M Bis-tris pH5.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.236
7M40 Discovery of small molecule antagonists of human Retinoblastoma Binding Protein 4 (RBBP4) 提交 2021-03-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	YQJ N~3~-{4-[3-(dimethylamino)pyrrolidin-1-yl]-6,7-dimethoxyquinazolin-2-yl}-N~1~,N~1~-dimethylpropane-1,3-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；23% PEG3350, 0.2N ammonium acetate, 0.1M Bis-tris pH5.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.236
7N40 Crystal structure of LIN9-RbAp48-LIN37, a MuvB subcomplex 提交 2021-06-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20% PEG3350, 0.2 M sodium tartrate	分辨率 2.55 Å R-free 0.249
7R1D Structure of MuvB complex 提交 2022-02-02	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7Y5L Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup C2 提交 2022-06-17	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.42 Å R-free 0.237
7Y5L Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup C2 提交 2022-06-17	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–425（425 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.42 Å R-free 0.237
7Y5O Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup P21 提交 2022-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–425（425 aa）链 F 1–425（425 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.57 Å R-free 0.232
7Y5U Cryo-EM structure of the monomeric human CAF1LC-H3-H4 complex 提交 2022-06-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7Y5V Cryo-EM structure of the dimeric human CAF1LC-H3-H4 complex 提交 2022-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 1–425（425 aa）链 H 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
8EQV Cryo-EM structure of PRC2 in complex with the long isoform of AEBP2 提交 2022-10-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；200 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.5, 1 mM TCEP, 0.01% NP-40 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotting 3 seconds	分辨率 3.64 Å
8FYH G4 RNA-mediated PRC2 dimer 提交 2023-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric	链 D 1–425（425 aa）链 J 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1mM TCEP). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3s of single side blotting	分辨率 3.40 Å
8IQF Cryo-EM structure of the dimeric human CAF1-H3-H4 complex 提交 2023-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 1–425（425 aa）链 H 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8IQG Cryo-EM structure of the monomeric human CAF1-H3-H4 complex 提交 2023-03-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8T9G Automethylated PRC2 dimer bound to nucleosome 提交 2023-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 L 1–425（425 aa）链 O 1–425（425 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 O 1–425（425 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8TB9 PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome 提交 2023-06-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 O 1–425（425 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8TX8 Crystal Structure of RBBP4 bound to ZNF512B peptide 提交 2023-08-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；Condition Morpheus G2 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 40% v/v ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000, 0.1 M mixture of carboxylic acids	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
8TX8 Crystal Structure of RBBP4 bound to ZNF512B peptide 提交 2023-08-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 1 OXM OXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；Condition Morpheus G2 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 40% v/v ethylene glycol; 20 % w/v PEG 8000, 0.1 M mixture of carboxylic acids	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
8VMI PRC2_AJ119-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 N 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8VML PRC2_AJ1-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 N 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8VNV PRC2_AJ1-450 bound to H3K36me3 with histone H3 tail engaged 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 N 1–425（425 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8VNZ PRC2_AJ1-450 bound to H3K36me3-modified nucleosome with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 N 1–425（425 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9C8U Human PRC2 - RvLEAM (short) (1:6 molar ratio), cross-linked 10 min 提交 2024-06-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9DCH Single-stranded RNA-mediated PRC2 dimer 提交 2024-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric	链 D 1–425（425 aa）链 K 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1 mM TCEP) EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1 mM TCEP) EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1 mM TCEP). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；2-3s of single side blotting	分辨率 3.40 Å
9V5M The crystal structure of RBBP4-H3 complex 提交 2025-05-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.211
9XZI Crystal Structure of the SUZ12-RBBP4-PHF19-EPOP PRC2.1 Subcomplex 提交 2025-08-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–425（425 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium Citrate, Sodium Acetate, PEG 4000	分辨率 2.69 Å R-free 0.253

共 49 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBBP4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425

Chromatin assembly factor 1 subunit B

Homo sapiens

UniProt Q13112

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–419	未记录	Chromatin assembly factor 1 subunit A × 1 （Q13111） Histone-binding protein RBBP4 × 1 （Q09028） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.48 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7Y5K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7Y5L Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup C2 提交 2022-06-17	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–419（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.42 Å R-free 0.237
7Y5L Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup C2 提交 2022-06-17	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–419（419 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.42 Å R-free 0.237
7Y5O Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup P21 提交 2022-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–419（419 aa）链 E 1–419（419 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate	分辨率 3.57 Å R-free 0.232
7Y5U Cryo-EM structure of the monomeric human CAF1LC-H3-H4 complex 提交 2022-06-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–419（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7Y5V Cryo-EM structure of the dimeric human CAF1LC-H3-H4 complex 提交 2022-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 1–419（419 aa）链 G 1–419（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7Y60 Cryo-EM structure of human CAF1LC bound right-handed Di-tetrasome 提交 2022-06-18	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–419（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7Y61 Cryo-EM structure of the two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome 提交 2022-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 L 1–419（419 aa）链 N 1–419（419 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
8IQF Cryo-EM structure of the dimeric human CAF1-H3-H4 complex 提交 2023-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 1–559（559 aa）链 G 1–559（559 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8IQG Cryo-EM structure of the monomeric human CAF1-H3-H4 complex 提交 2023-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–559（559 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8J6S Cryo-EM structure of the single CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–559（559 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8J6T Cryo-EM structure of the double CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome 提交 2023-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 L 1–559（559 aa）链 N 1–559（559 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAF1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–419； UniProt 1–419

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7y5k
沉积日期 deposition_date	2022-06-17
结构标题 title	Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup C2221
关键词 keywords	Histone chaperone, Chromatin assembly factor, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.41 Å
零角强度 I(0) i0	184809000.00
分子量 molecular_weight	110390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137650 Å³
包络体积 envelope_volume	192250 Å³
水化壳体积 shell_volume	38748 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.63 Å
包络 Rg envelope_rg	40.90 Å
形状 Rg shape_rg	42.38 Å
总 Rg total_rg	42.72 Å
总原子数 total_atoms	7786
残基数 n_residues	987
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.4 Å
Rg (实空间) rg_real	42.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	184700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7166
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.301
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.016
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.555; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.631; Smooth: 0.015

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromatin assembly factor 1 subunit A
分子量 formula_weight	31295.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7788

KAEITRFFQKPKTPQAPKTLAGSCGKFAPFEIKEHMVLAPRRRTAFHPDLCSQLDQLLQQQSGEFSFLKDLKGRQPLRSGPTHVSTRNADIFNSDVVIVERGKGDGVPERRKFGRMKLLQFCENHRPAYWGTWNKKTALIRARDPWAQDTKLLDYEVDSDEEWEEEEPGESLSHSEGDDDDDMGEDEDEDDGFFVPHGYLSEDEGVTEECADPENHKVRQKLKAKEWDEFLAKGKRFRVLQPVKIGCVWAADRDCAGDDLKVLQQFAACFLET

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone-binding protein RBBP4
分子量 formula_weight	47709.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MADKEAAFDDAVEERVINEEYKIWKKNTPFLYDLVMTHALEWPSLTAQWLPDVTRPEGKDFSIHRLVLGTHTSDEQNHLVIASVQLPNDDAQFDASHYDSEKGEFGGFGSVSGKIEIEIKINHEGEVNRARYMPQNPCIIATKTPSSDVLVFDYTKHPSKPDPSGECNPDLRLRGHQKEGYGLSWNPNLSGHLLSASDDHTICLWDISAVPKEGKVVDAKTIFTGHTAVVEDVSWHLLHESLFGSVADDQKLMIWDTRSNNTSKPSHSVDAHTAEVNCLSFNPYSEFILATGSADKTVALWDLRNLKLKLHSFESHKDEIFQVQWSPHNETILASSGTDRRLNVWDLSKIGEEQSPEDAEDGPPELLFIHGGHTAKISDFSWNPNEPWVICSVSEDNIMQVWQMAENIYNDEDPEGSVDPEGQGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Chromatin assembly factor 1 subunit B
分子量 formula_weight	46714.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKVITCEIAWHNKEPVYSLDFQHGTAGRIHRLASAGVDTNVRIWKVEKGPDGKAIVEFLSNLARHTKAVNVVRFSPTGEILASGGDDAVILLWKVNDNKEPEQIAFQDEDEAQLNKENWTVVKTLRGHLEDVYDICWATDGNLMASASVDNTAIIWDVSKGQKISIFNEHKSYVQGVTWDPLGQYVATLSCDRVLRVYSIQKKRVAFNVSKMLSGIGAEGEARSYRMFHDDSMKSFFRRLSFTPDGSLLLTPAGCVESGENVMNTTYVFSRKNLKRPIAHLPCPGKATLAVRCCPVYFELRPVVETGVELMSLPYRLVFAVASEDSVLLYDTQQSFPFGYVSNIHYHTLSDISWSSDGAFLAISSTDGYCSFVTFEKDELGIPLKEKPVLNMRTPDTAKKTKSQTHRGSSPGPRPVEGT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	108.870 Å
晶胞边长 b length_b	169.843 Å
晶胞边长 c length_c	153.314 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.480 Å
最低分辨率 resolution_low	39.330 Å
R 因子 r_factor	0.2285
R_work r_work	0.2253
R_free r_free	0.2574

fit	/app/data/saxs_computation/y5/7y5k/7y5k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y5/7y5k/7y5k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y5/7y5k/7y5k.dat

Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup C2221

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin assembly factor 1 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone-binding protein RBBP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chromatin assembly factor 1 subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)