7ysu

Cryo-EM Structure of FGF23-FGFR3c-aKlotho-HS Quaternary Complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 140.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Klotho

Homo sapiens

UniProt Q9UEF7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 34–975 未记录 Fibroblast growth factor receptor 3 × 2 (P22607) Fibroblast growth factor 23 × 1 (Q9GZV9) ;2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid ; × 1 ZN ZINC ION × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KLOT_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–942; UniProt 34–975

Fibroblast growth factor receptor 3

Homo sapiens

UniProt P22607

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 148–358 链 E; UniProt 148–358 未记录 Klotho × 1 (Q9UEF7) Fibroblast growth factor 23 × 1 (Q9GZV9) ;2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid ; × 1 ZN ZINC ION × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGFR3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–211; UniProt 148–358 作者链 E; PDB构建体 1–211; UniProt 148–358

Fibroblast growth factor 23

Homo sapiens

UniProt Q9GZV9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 25–203 未记录 Klotho × 1 (Q9UEF7) Fibroblast growth factor receptor 3 × 2 (P22607) ;2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid ; × 1 ZN ZINC ION × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGF23_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–179; UniProt 25–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ysu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ysu
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ysu
沉积日期 deposition_date2022-08-13
结构标题 titleCryo-EM Structure of FGF23-FGFR3c-aKlotho-HS Quaternary Complex
关键词 keywordsFGF hormones, FGF Receptor, Klotho Co-Receptor, Heparan Sulfate Glycosaminoglycans, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.26
零角强度 I(0) i0462312000.00
分子量 molecular_weight176190.0 kDa
排除体积 excluded_volume219820 ų
包络体积 envelope_volume301540 ų
水化壳体积 shell_volume57993 ų
包络直径 envelope_diameter141.7
壳层 Rg shell_rg48.38
包络 Rg envelope_rg42.32
形状 Rg shape_rg43.26
总 Rg total_rg43.51
总原子数 total_atoms12430
残基数 n_residues1521
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax140.8
Rg (实空间) rg_real43.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.19
I(0) (实空间) i0_real4.6230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.7750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal462300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8306
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.0
偏度 Skewness skewness0.210
峰度 Kurtosis kurtosis-0.687
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha53770000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7ysuA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)