7yxw

Structure of the p22phox A200G mutant in complex with p47phox peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-245 light chain

物种未注明

UniProt P13498

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 151–168 未记录 Neutrophil cytosol factor 1 × 1 (P14598) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;0.1 M HEPES pH 7.5, 1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 1:1 protein:precipitant ratio 分辨率 2.50 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CY24A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–18; UniProt 151–168

Neutrophil cytosol factor 1

Homo sapiens

UniProt P14598

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 156–285 突变:A200G Cytochrome b-245 light chain × 1 (P13498) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;0.1 M HEPES pH 7.5, 1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 1:1 protein:precipitant ratio 分辨率 2.50 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–131; UniProt 156–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7yxw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7yxw
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7yxw
沉积日期 deposition_date2022-02-16
结构标题 titleStructure of the p22phox A200G mutant in complex with p47phox peptide
关键词 keywordsNADPH oxidase complex, oxidoreductase activator, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.59
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.60
零角强度 I(0) i04476420.00
分子量 molecular_weight15464.0 kDa
排除体积 excluded_volume19440 ų
包络体积 envelope_volume22725 ų
水化壳体积 shell_volume12645 ų
包络直径 envelope_diameter55.8
壳层 Rg shell_rg20.89
包络 Rg envelope_rg15.88
形状 Rg shape_rg15.54
总 Rg total_rg16.81
总原子数 total_atoms1093
残基数 n_residues139
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.7
Rg (实空间) rg_real16.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34
I(0) (实空间) i0_real4.4760e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0190e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4476000.0000
解质量估计 total_estimate0.8637
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.7
偏度 Skewness skewness0.287
峰度 Kurtosis kurtosis-0.416
角度范围 angular_range— – 0.4800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1440000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 1.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)