7z1g

Crystal structure of nonphosphorylated (Tyr216) GSK3b in complex with CX-4945

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen synthase kinase-3 beta

Homo sapiens

UniProt P49841

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–383 未记录 3NG 5-[(3-chlorophenyl)amino]benzo[c][2,6]naphthyridine-8-carboxylic acid × 1 MLI MALONATE ION × 5 IMD IMIDAZOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293.15 K;1.0 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Imidazole pH 6.5, 0.2 M di-Sodium malonate 分辨率 2.85 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 114 个其他 PDB 条目、177 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSK3B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–358; UniProt 26–383

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7z1g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7z1g
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7z1g
沉积日期 deposition_date2022-02-24
结构标题 titleCrystal structure of nonphosphorylated (Tyr216) GSK3b in complex with CX-4945
关键词 keywordsKinase, diabetes, kinase inhibitor, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.24
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.14
零角强度 I(0) i026257900.00
分子量 molecular_weight39952.0 kDa
排除体积 excluded_volume50288 ų
包络体积 envelope_volume59081 ų
水化壳体积 shell_volume23316 ų
包络直径 envelope_diameter74.0
壳层 Rg shell_rg28.16
包络 Rg envelope_rg21.57
形状 Rg shape_rg21.16
总 Rg total_rg22.00
总原子数 total_atoms2821
残基数 n_residues356
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.7
Rg (实空间) rg_real22.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real2.6260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal26260000.0000
解质量估计 total_estimate0.8855
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary25.7
偏度 Skewness skewness0.287
峰度 Kurtosis kurtosis-0.298
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7446000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.989

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7z1gA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id7z1gA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)